Синдром ускоренного СОЭ: симптомы, причины, диагностика
Согласно данным медицинской статистики, примерно у 5-10% здоровых людей обнаруживается повышенный показатель скорости оседания эритроцитов, не падающий на протяжении длительного времени. Подобный синдром ускоренного СОЭ далеко не всегда означает патологический процесс, а в случае с пожилыми людьми является следствием возрастных изменений.
Показатели в норме в зависимости от возраста и пола пациентов
Показатели нормы СОЭ напрямую зависят от возраста и пола пациента. В среднем, стандартными показателями скорости оседания эритроцитов являются:
- Новорожденные дети: 1-2 мм/час. Отклонения данных показателей встречаются редко и, как правило, указывают на низкую концентрацию белка, гиперхолестеринемию или ацидоз.
- До полугодовалого возраста показатели СОЭ у детей колеблются в пределах 12-17 мм/час.
- В старшем возрасте у детей показатели СОЭ падают, и нормой считается 1-8 мм/час.
- Для взрослого мужчины нормой СОЭ считается более 10 мм/час.
- У представительниц прекрасного пола показатели могут быть разбросаны между 2 и 15 мм/час. Подобный разброс обусловлен изменениями в гормональном балансе женского организма. В зависимости от периода, возраста и состояния жизни женщины показатели СОЭ могут значительно отличаться. Например, во втором триместре беременности скорость оседания эритроцитов возрастает и к родам может быть уже 55 мм/час, что также считается нормой.
После родоразрешения показатели крови приходят к нормальным значениям. Увеличение СОЭ на фоне вынашивания ребенка объясняется повышенными объемами крови, а также глобулинов, холестерина и сниженным количеством кальция.
Причины данного синдрома
Синдром ускоренного СОЭ код по МКБ имеет R70. При определенных патологических состояниях повышение СОЭ может достигать 100 мм/час и даже выше. Подобные показатели характерны для таких заболеваний, как ОРВИ, гайморит, туберкулез, пневмония, цистит, бронхит, гепатит вирусного генеза, пиелонефрит, а также опухолевые образования злокачественного характера. При обнаружении симптомов какого-либо заболевания необходимо пройти обследование для его выявления и лечения.
Заболевания инфекционной природы
Синдром ускоренного СОЭ (по МКБ-10 R70) наблюдается также при заболеваниях инфекционной природы, в том числе ангинах, отитах и синуситах, патологиях мочеполовой и дыхательной системы, а также сепсисе и менингите.
Ранняя диагностика позволяет выявить патологию и изучить ее патогенез. Это помогает назначить действенное лечение и предотвратить осложнения и последствия. Встречаются также случаи, когда скорость оседания эритроцитов повышается без видимых на то причин.
Симптомы при данной патологии
Синдром ускоренного СОЭ может не сопровождаться какими-либо внешними проявлениями. В данном случае об имеющихся отклонениях человек узнает только при сдаче крови на анализ, то есть чаще всего об аномалии узнают случайно.
Как выявляется отклонение от нормы?
В любое профилактическое обследование включается исследование скорости оседания эритроцитов. Если в ходе дальнейшего обследования у пациента не обнаружены иные отклонения и заболевания, то синдром ускоренного СОЭ как самостоятельный симптом не является поводом для тревоги и не считается патологией. Тем не менее пациенту рекомендуется проводить регулярные обследования, так как заболевание может находиться в латентной форме течения.
Дифференциальная диагностика при данной патологии
Прежде чем делать вывод об отклонении в показателях как о безопасном для пациента явлении, специалисту необходимо провести дифференциальную диагностику синдрома ускоренного СОЭ и следующих заболеваний:
- Патологии вирусного, бактериального и инфекционного генеза.
- Воспалительные процессы системного или локального характера.
- Злокачественные новообразования.
- Ревматические заболевания и иные аутоиммунные состояния.
- Заболевания, проявляющиеся некротическими процессами в тканях, такие как туберкулез, инсульт мозга, инфаркты миокарда и т. д.
- Заболевания крови, в том числе анемия.
- Травмы, интоксикация, продолжительный стресс.
- Нарушение обменных процессов в организме, например, при сахарном диабете.
Дополнительные исследования при данном отклонении
Синдром ускоренного СОЭ может свидетельствовать об имеющейся патологии или зарождающемся заболевании в организме. При обнаружении отклонения по результатам анализа проводится повторное исследование крови для подтверждения показателей. Если результаты совпадают, пациенту назначается более детальное обследование, которое будет включать в себя сбор подробного анамнеза, рентгенографию, исследование крови, ЭКГ, УЗИ, пальпацию органов и другие методы диагностики. Если СОЭ ускорилась на фоне заболевания, то устранение причины отклонения приведет показатели крови в норму.
Мы рассмотрели, как проявляется такая патология, как синдром ускоренного СОЭ.
МКБ-11
Значение кодов МКБ для оказания медицинской помощи, а также для финансирования здравоохранения и медицинского страхования таково, что врачи, группы пациентов, страховые компании и другие категории предельно серьезно относятся к использованию МКБ. Многие группы нередко занимают жесткую позицию относительно того, должно ли то или иное состояние быть включено в классификацию или к какой категории его следует отнести.
Например, некоторые специалисты в области инсульта давно выступают за то, чтобы исключить инсульт из категории цереброваскулярных болезней, в рамках которой он фигурировал в течение шестидесяти лет, и перенести его в категорию неврологических заболеваний, к которой его отныне относит МКБ-11. Выступавшие за этот перенос приводили в качестве основного довода важные последствия, значимые для лечения этой болезни и регистрации случаев смерти.
Критически важный аспект взаимодействия с МКБ состоит в том, что включение или исключение того или иного состояния не является суждением о его обоснованности или об эффективности лечения. Соответственно, происходящее впервые включение традиционной медицины рассматривается как способ регистрации эпидемиологических данных о расстройствах, описанных в древнекитайской медицине, которая широко применяется в Китае, Японии, Корее и других регионах мира.
Пересмотр включения в классификацию состояний, имеющих отношение к сексуальному здоровью, иногда осуществляется в случаях, когда культурные представления не подтверждаются медицинскими фактами. Например, в МКБ-6, опубликованной в 1948 г., гомосексуальность классифицировалась как психическое расстройство на основе допущения, что это предполагаемое отклонение от нормы отражает определенное личностное расстройство; позднее в 1970-е годы гомосексульность была исключена из МКБ и других систем классификации болезней.
В свою очередь, гендерное несоответствие тоже было перенесено из раздела психических расстройств МКБ в раздел состояний, имеющих отношение к сексуальному здоровью. Обоснованием этому служит тот факт, что, хотя в настоящее время со всей очевидностью доказано, что гендерное несоответствие не является психическим расстройством, а его включение в классификацию в действительности может повлечь за собой сильно выраженную стигматизацию трансгендерных людей, у них все же имеются значительные потребности в медицинской помощи, которые могут быть удовлетворены полнее, если это состояние будет обозначено кодом в рамках МКБ.
Коды МКБ играют особенно важную роль в том, что касается нарушений психического здоровья, так как МКБ служит диагностическим инструментом, а потому именно эти состояния нередко привлекают к себе особый интерес, когда речь заходит о МКБ. Сюда относится игровое расстройство (gaming disorder), которое, как свидетельствуют фактические данные, представляет собой достаточно серьезную проблему для здоровья, чтобы возникла необходимость отслеживать его распространенность с помощью МКБ. В МКБ-11 отныне включены и другие виды аддиктивного поведения, такие как патологическое накопительство, тогда как такое состояние, как «повышенное половое влечение» было переквалифицировано как «компульсивное расстройство сексуального поведения».
Значительные изменения в разделе психических расстройств МКБ-11 связаны с попыткой статистиков по возможности упростить коды, с тем чтобы классифицировать нарушения психического здоровья с помощью кодов могли не только специалисты в области психического здоровья, но и в первую очередь провайдеры первичной медицинской помощи. Это чрезвычайно важный шаг, учитывая, что в мире все еще не хватает специалистов в области психического здоровья. Так, из десяти человек, нуждающихся в помощи в области психического здоровья, вплоть до девяти не получают такой помощи.
Увеличение СОЭ — причины, диагностика и лечение
Увеличение СОЭ – это превышение показателя скорости оседания эритроцитов в крови более 10 мм/ч у мужчин и 15 мм/ч у женщин. Ускорение СОЭ является неспецифическим лабораторным маркером, его причиной могут быть инфекционные, воспалительные, аутоиммунные и онкологические заболевания. Очень часто возникает вместе с лейкоцитозом и лихорадкой. Основная клиническая картина определяется патологией, на фоне которой возникло увеличение СОЭ. Показатель СОЭ исследуется ручным либо автоматическим методом в венозной или капиллярной крови, обычно в утреннее время до приема пищи и лекарств. Для коррекции показателя проводят лечение той болезни, которая послужила причиной увеличения СОЭ.
Классификация
Четких цифровых градаций для разделения повышения СОЭ по степеням нет. Условно выделяется умеренная и высокая степень. По механизму возникновения различают:
- Истинное увеличение СОЭ
- Ложное увеличение СОЭ. Ложное ускорение СОЭ наблюдается при анемиях, азотемии, алкалозе, высоком уровне холестерина в крови. Причиной данного феномена выступают различные патологические процессы, при которых СОЭ повышается из-за изменения количества или формы красных телец крови, белково-липидного состава плазмы, сдвига pH крови, присутствия других химических соединений.
Причины увеличения СОЭ
Физиологические состояния
Увеличение СОЭ далеко не всегда свидетельствует о патологическом процессе. Некоторые физиологические состояния также вызывают увеличение СОЭ. Например, причиной такого повышения СОЭ может стать прием пищи, недостаточное потребление жидкости, интенсивная физическая нагрузка. Увеличение СОЭ также происходит во время беременности, С каждым триместром показатель увеличивается, достигая максимума к родам. В ходе многочисленных исследований было отмечено, что СОЭ постепенно повышается вместе с возрастом (каждые 5 лет на 0,8 мм/час). Поэтому практически у всех пожилых людей в крови наблюдается СОЭ до 40-50 мм/час. Примерно у 10-15% абсолютно здоровых людей встречается увеличение СОЭ.
Инфекции
Самой частой причиной повышения СОЭ в крови признаны инфекционные заболевания. Патогенетический механизм заключается в том, что образующиеся воспалительные белки (фибриноген, С-реактивный белок) и иммуноглобулины (антитела) к чужеродным микроорганизмам, которые имеют положительный заряд, адсорбируются на поверхности эритроцитов, уменьшая их отрицательный заряд. Это ослабляет силу взаимного отталкивания красных кровяных телец, что приводит к их агглютинации, агрегации («склеиванию»), образованию «монетных столбиков», из-за чего они оседают быстрее, чем в норме.
- Острые инфекции. Увеличение СОЭ происходит несколько позднее дебюта клинических симптомов патологии, появления лейкоцитоза в крови и лихорадки, коррелирует с тяжестью инфекции. При бактериальных, грибковых инфекциях (ангина, сальмонеллез, кандидоз) СОЭ намного выше, чем при вирусных (грипп, корь, краснуха). Она достигает максимума уже после обратного развития патологических процессов, сохраняется некоторое время после выздоровления, затем постепенно снижается.
- Хронические инфекции. Распространенной причиной стойко увеличенной СОЭ признаны хронические инфекции мочевыделительной системы, полости рта. Довольно часто увеличение СОЭ может быть единственным проявлением таких вялотекущих инфекционных воспалительных процессов, как туберкулез, глистные инвазии, хронический вирусный гепатит С.
Асептическое воспаление
Причиной высокой СОЭ также выступают патологические состояния, сопровождающиеся повреждением и распадом тканей. Это инфаркты различных органов (миокарда, легкого, почек), оперативные вмешательства, неинфекционное воспаление органов желудочно-кишечного тракта (панкреатит, холецистит). Под влиянием тканевых продуктов распада вырабатываются белки острой фазы воспаления, главным образом, фибриноген, связывающийся с мембраной эритроцитов, что вызывает их агрегацию. Увеличение СОЭ возникает не сразу, а примерно на 2-3 сутки, усиленно нарастает в конце 1-ой недели, когда уровень лейкоцитов в крови начинает снижаться. Этот феномен особенно типичен для инфаркта миокарда и называется «симптомом перекреста».
Иммунное воспаление
Изменение отрицательного заряда эритроцитов при нозологиях, характеризующихся иммунопатологическими реакциями, обусловлено осаждением на мембране красных клеток крови иммунных комплексов и гамма-глобулинов. Увеличение СОЭ развивается постепенно, отражает активность воспалительного процесса, нормализуется в период ремиссии. СОЭ служит индикатором эффективности патогенетического лечения. Примечательно то, что ее увеличение наступает намного раньше возникновения симптомов этих заболеваний (болей в суставах, кожных высыпаний и т.д.).
Из данной группы болезней наиболее частыми причинами повышения СОЭ у детей считается острая ревматическая лихорадка, у взрослых – ревматоидный артрит, у пожилых – ревматическая полимиалгия.
- Болезни суставов: анкилозирующий спондилоартрит (болезнь Бехтерева), реактивный артрит.
- Диффузные болезни соединительной ткани (коллагенозы): системная красная волчанка, синдром Шегрена, системная склеродермия, дерматомиозит.
- Системные васкулиты: гигантоклеточный артериит, гранулематоз с полиангиитом, узелковый полиартериит.
- Воспалительные заболевания кишечника: болезнь Крона, неспецифический язвенный колит.
- Другие аутоиммунные патологии: гломерулонефрит, аутоиммунный гепатит, тиреоидит.
Гемобластозы
Причиной выраженного увеличения СОЭ (до 100 мм/час и выше) являются опухоли системы B-лимфоцитов (парапротеинемические гемобластозы). К ним относятся множественная миелома, макроглобулинемия Вальденстрема, болезнь тяжелых цепей. Данные патологии характеризуются секрецией большого количества парапротеинов (аномальных белков), вызывающих гипервязкость крови и изменяющих мембранный потенциал эритроцитов. Причем увеличение СОЭ нередко развивается за несколько лет до возникновения первых симптомов (кожного зуда, оссалгий, кровотечений). Увеличение СОЭ, хоть и менее резкое, встречается у больных другими онкогематологическими патологиями (лейкозы, лимфомы).Онкологические болезни
Иногда причиной увеличения в крови СОЭ становятся солидные (негемопоэтические) опухоли. Увеличение СОЭ объясняется двумя механизмами: возрастанием уровня фибриногена, опухолевых маркеров и распадом злокачественного образования. Степень повышения СОЭ определяется не гистологическим строением опухоли, а ее размерами и поражением окружающих тканей. Часто появление в крови повышенной СОЭ опережает клиническую симптоматику.
Редкие причины
Диагностика
Любое, даже бессимптомное увеличение СОЭ, требует обращения к врачу для выяснения причины. Врач подробно расспрашивает больного, имелось ли повышение температуры тела, испытывал ли пациент боли в суставах, мышцах, появилась ли утомляемость и пр. Это может помочь в диагностическом поиске. Назначается дополнительное обследование, в зависимости от того, какая нозология подозревается:
- Анализы крови. Измеряется концентрация гемоглобина, форменных элементов крови (эритроцитов, тромбоцитов, лейкоцитов). Очень часто обнаруживается увеличение уровня фибриногена, С-реактивного белка. Кровь проверяется на наличие аутоагрессивных антител (аЦЦП, антинейтрофильные цитоплазматические антитела, антитела к двуспиральной ДНК). При тяжелых бактериальных инфекциях в крови наблюдаются высокий пресепсин, прокальцитонин.
- Идентификация инфекционного возбудителя. Определяются антитела к антигенам вирусов, бактерий, паразитов с помощью методов ИФА и серологических тестов. Посредством ПЦР выявляются ДНК и РНК микроорганизмов. Проводятся микроскопия, бактериологический посев мочи, мокроты, крови. Выполняется анализ кала на яйца глист.
- Рентгенография. При туберкулезе на рентгенограмме легких отмечается увеличение медиастинальных лимфатических узлов, инфильтрация в верхних долях легких. При парапротеинемических гемобластозах на рентгенограмме костей обнаруживаются многочисленные очаги деструкции костной ткани. Для множественной миеломы характерен «симптом пробойника» на рентгенограмме черепа.
- УЗИ. На эхографии брюшной полости при холецистите выявляется утолщение стенок желчного пузыря, при панкреатите – увеличение и диффузные изменения паренхимы поджелудочной железы, при гемобластозах – увеличение печени и селезенки.
- Ангиография. При инфарктах различных органов, вызванных тромбозами, на рентгенографии или компьютерной томографии с контрастом определяется дефект наполнения в месте окклюзии сосуда. При системных васкулитах (артериит Хортона, Такаясу) видны участки стенозирования сосудов.
- Гистологические исследования. Если причиной повышенной СОЭ является онкологическая патология, обязательно выполняется биопсия. Общим признаком считается обнаружение большого количества атипичных клеток. У больных злокачественными болезнями крови в пунктате костного мозга отмечается преобладание бластных клеток, в биоптате лимфоузла – атипичная лимфоидная пролиферация.
Коррекция
Консервативная терапия
Транзиторное увеличение СОЭ после физической нагрузки, приема пищи или лекарственных препаратов не требует коррекции. Пожилым людям с высокой СОЭ без других клинико-лабораторных признаков какой-либо патологии также не нужно никакое вмешательство. Для нормализации патологического увеличения СОЭ необходимо проводить лечение нозологии, послужившей причиной для ее развития.
- Борьба с инфекцией. При бактериальных инфекциях назначаются антибиотики в соответствии с чувствительностью. При тяжелом состоянии пациента, требующем немедленного лечения, используются антибиотики широкого спектра действия (пенициллины, цефалоспорины, фторхинолоны). При гриппе применяется осельтамивир, при других острых вирусных инфекциях – симптоматическая терапия. Для лечения хронических вирусных гепатитов эффективны комбинации пелигированного интерферона с рибавирином, энтекавиром.
- Противовоспалительная терапия. При заболеваниях, сопровождающихся иммунным воспалением, необходимы противовоспалительные средства – глюкокортикоиды (преднизолон), цитостатики (азатиоприн, метотрексат), производные 5-аминосалициловой кислоты (сульфасалазин). При их неэффективности применяются ингибиторы фактора некроза опухоли – моноклональные антитела (инфликсимаб).
- Разжижжение крови. Если причиной инфаркта стал тромбоз или эмболия, назначаются антиагреганты (клопидогрел, ацетилсалициловая кислота), антикоагулянты (гепарин, варфарин, дабигатран). Для растворения тромба используются тромболитики (стрептокиназа).
- Химиотерапия. Для лечения онкологических заболеваний применяются противоопухолевые препараты (алкилирующие агенты, антиметаболиты). Злокачественные болезни крови требуют комбинации из нескольких химиотерапевтических препаратов.
Хирургическое лечение
При острой абдоминальной патологии (холецистит, панкреатит) необходимо проведение хирургической (иногда экстренной) операции – резекции поджелудочной железы, лапароскопической холецистэктомии. Для удаления тромба выполняют эндоваскулярную тромбэктомию. При инфаркте миокарда проводится чрескожное коронарное вмешательство (установка стента). Безуспешная консервативная терапия онкогематологических болезней считается показанием к трансплантации костного мозга.
Прогноз
Физиологическое повышение СОЭ абсолютно доброкачественно и быстро проходит самостоятельно. При длительном увеличении СОЭ необходимо обследование и лечение заболевания, послужившего причиной. Прогноз определяется основной патологией. Он благоприятный при некоторых вирусных инфекциях, своевременном лечении аутоиммунных болезней. Большая вероятность летальных исходов наблюдается у пациентов с обширными инфарктами, злокачественными новообразованиями.
Страница не найдена |
Страница не найдена |404. Страница не найдена
Архив за месяц
ПнВтСрЧтПтСбВс
22232425262728
2930
12
12
1
3031
12
15161718192021
25262728293031
123
45678910
12
17181920212223
31
2728293031
1
1234
567891011
12
891011121314
11121314151617
28293031
1234
12
12345
6789101112
567891011
12131415161718
19202122232425
3456789
17181920212223
24252627282930
12345
13141516171819
20212223242526
2728293031
15161718192021
22232425262728
2930
Архивы
Метки
Настройки
для слабовидящих
Активация тромбоцитов и образование агрегатов тромбоцитов и моноцитов запускают экспрессию тканевого фактора у пациентов с тяжелой формой COVID-19 | Кровь
Образцы крови отбирали в кислотно-цитрат-декстрозную смесь и центрифугировали (200 г , 20 минут, комнатная температура) для получения плазмы, обогащенной тромбоцитами (PRP). К PRP добавляли 100 нМ простагландина E 1 (PGE 1 , Cayman 13010) и повторно центрифугировали (500 г , 20 минут, комнатная температура) для образования осадка тромбоцитов.Тромбоциты ресуспендировали в 2,5 мл фосфатно-солевого буфера (PBS; 137 мМ NaCl, 2,7 мМ KCl, 8,1 мМ Na 2 HPO 4 , 1,5 мМ KH 2 PO 4 ; pH 7,4), содержащего 2 мМ ЭДТА, 0,5% сывороточного альбумина человека и 100 нМ PGE 1 , и инкубировали с антителами против CD45 (1: 200) в течение 10 минут и конъюгатами с магнитными шариками (1: 100) в течение дополнительных 15 минут с последующим магнитным удалением. лейкоцитов в течение 10 минут (набор для истощения CD45 + человека; STEMCELL Technologies).Очищенные тромбоциты промывали в 25 мл трубок-физиологический раствор-глюкоза (5 мМ C 8 H 18 N 2 O 6 S 2 , 145 мМ NaCl, 4 мМ KCl, 50 мкМ Na 2 HPO 4 , 1 мМ MgCl 2 × 6H 2 O, 5,5 мМ глюкозы; pH 6,8), содержащий 100 нМ PGE 1 , снова центрифугировали (500 г , 20 минут, комнатная температура) и ресуспендировали в среде 199 (Lonza) до концентрации 10 9 тромбоцитов на миллилитр.
Мононуклеарные клетки периферической крови были выделены из цельной крови после удаления PRP (нижний клеточный слой после первого центрифугирования, упомянутого в этом разделе) с использованием градиентного центрифугирования Ficoll-Paque (GE Healthcare). Мононуклеарные клетки периферической крови ресуспендировали в PBS, содержащем 1 мМ ЭДТА и 2% фетальной бычьей сыворотки до концентрации 10 8 клеток на миллилитр, и инкубировали с антителами против CD14 (1:10) в течение 10 минут (конъюгаты с магнитными шариками [ 1:20] инкубировали в течение дополнительных 10 минут) с последующим магнитным извлечением моноцитов в течение 5 минут.Извлеченные моноциты ресуспендировали в PBS, содержащем 1 мМ ЭДТА и 2% фетальной бычьей сыворотки, и подвергали еще 2 циклам отбора в магните в соответствии с инструкциями производителя (набор для селекции Easy Sep human CD14 + ; STEMCELL Technologies). Чистота препаратов моноцитов (> 98% клеток CD14 + ) была подтверждена с помощью проточной цитометрии.
Геморрагическая болезнь кроликов (RHD) и вирус геморрагической болезни кроликов (RHDV): обзор | Ветеринарные исследования
Лю SJ, Xue HP, Pu BQ, Qian NH: новое вирусное заболевание у кроликов. Anim Husb Vet Med. 1984, 16: 253-255.
Google ученый
Xu WY: Вирусная геморрагическая болезнь кроликов в Китайской Народной Республике: эпидемиология и характеристика вируса. Rev Sci Tech. 1991, 10: 393-408.
CAS PubMed Google ученый
Park NY, Chong CY, Kim JH, Cho SM, Cha YH, Jung BT, Kim DS, Yoon JB: Вспышка вирусной геморрагической пневмонии (предварительное название) кроликов в Корее.J Korean Vet Med Assoc. 1987, 23: 603-610.
Google ученый
Канселотти Ф.М., Ренци М: Эпидемиология и текущая ситуация с вирусной геморрагической болезнью кроликов и синдромом европейского бурого зайца в Италии. Rev Sci Tech. 1991, 10: 409-422.
CAS PubMed Google ученый
Делибес-Матеос М., Делибес М., Феррерас П., Виллафуэрте Р. Ключевая роль европейских кроликов в сохранении горячей точки бассейна Западного Средиземноморья.Conserv Biol. 2008, 22: 1106-1117. 10.1111 / j.1523-1739.2008.00993.x.
PubMed Google ученый
Argüello JL, Llanos A, Pérez LI: Enfermedad hemorrágica del conejo en España. Med Vet. 1988, 5: 645-650. (на испанском языке)
Google ученый
Аноним: Doença hemorrágica a vírus do Coelho em Portugal. Rev Port Ciênc Vet. 1989, 84: 57-58. (на португальском языке)
Google ученый
Villafuerte R, Calvete C, Blanco JC, Lucientes J: Заболеваемость вирусной геморрагической болезнью в популяциях диких кроликов в Испании. Млекопитающие. 1995, 59: 651-660.
Google ученый
Делибес-Матеос М., Феррерас П., Виллафуэрте Р.: Популяции кроликов и управление охотой: ситуация после 15 лет геморрагической болезни кроликов в центральной части юга Испании. Biodivers Conserv. 2008, 17: 559-574. 10.1007 / s10531-007-9272-5.
Google ученый
Morisse JP, Le Gall G, Boilletot E: Гепатит вирусного происхождения у Leporidae: введение и этиологические гипотезы. Rev Sci Tech. 1991, 10: 283-295.
Google ученый
Грегг Д.А., Дом C, Мейер Р., Бернингер М.: Вирусная геморрагическая болезнь кроликов в Мексике: эпидемиология и вирусная характеристика. Rev Sci Tech. 1991, 10: 435-451.
CAS PubMed Google ученый
Инфекция калицивируса кроликов подтверждена в кроличьем хозяйстве Айовы. J Am Vet Med Assoc. 2000, 216: 1537-
Фарнос О., Родригес Д., Вальдес О., Чионг М., Парра Ф., Толедо Д. Р., Фернандес Е., Ллеонарт Р., Суарес М.: Молекулярная и антигенная характеристика вируса геморрагической болезни кроликов, выделенного в Куба указывает на отдельный антигенный подтип. Arch Virol. 2007, 152: 1215-1221. 10.1007 / s00705-006-0926-5.
CAS PubMed Google ученый
Le Gall-Recule G, Zwingelstein F, Laurent S, de Boisseson C, Portejoie Y, Rasschaert D: Филогенетический анализ вируса геморрагической болезни кроликов во Франции между 1993 и 2000 годами и характеристика антигенных вариантов RHDV. Arch Virol. 2003, 148: 65-81. 10.1007 / s00705-002-0908-1.
CAS PubMed Google ученый
Делибес-Матеос М., Редпат С.М., Ангуло Э, Феррерас П., Виллафуэрте Р. Кролики как ключевой вид в южной Европе.Биол Консерв. 2007, 137: 149-156. 10.1016 / j.biocon.2007.01.024.
Google ученый
Mitro S, Krauss H: Геморрагическая болезнь кроликов: обзор с особым упором на ее эпизоотологию. Eur J Epidemiol. 1993, 9: 70-78. 10.1007 / BF00463093.
CAS PubMed Google ученый
Гибб Дж. А., Уильямс Дж. М.: Кролик в Новой Зеландии. Европейский кролик: история и биология успешного колонизатора.Под редакцией: Корбет Дж. Б., Флюкс Дж. Э., Роджерс П. М., Артур С. П., Соригер Р. К., Майерс К., Парер I, Вуд Д., Кук Б. Д., Гибб Дж. А. Уильямс Дж. М., Феннер Ф., Рис Дж., Томпсон Х. В., Кинг С. М.. 1994, Оксфорд: Издательство Оксфордского университета, 158-200.
Google ученый
Феннер Ф: Преднамеренная интродукция европейского кролика Oryctolagus cuniculus в Австралию. Rev Sci Tech. 2010, 29: 103-111.
CAS PubMed Google ученый
Cooke BD: Геморрагическая болезнь кроликов: полевая эпидемиология и управление популяциями диких кроликов. Rev Sci Tech. 2002, 21: 347-358.
CAS PubMed Google ученый
Cooke BD, Fenner F: Геморрагическая болезнь кроликов и биологический контроль над дикими кроликами, Oryctolagus cuniculus, в Австралии и Новой Зеландии. Wildl Res. 2002, 29: 689-706. 10.1071 / WR02010.
Google ученый
Mutze G, Cooke B, Alexander P: Первоначальное влияние геморрагической болезни кроликов на популяции европейских кроликов в Южной Австралии. J Wildl Dis. 1998, 34: 221-227.
CAS PubMed Google ученый
Томпсон Дж., Кларк Дж .: Калицивирусная болезнь кроликов установлена в Новой Зеландии. Наблюдение. 1997, 24: 5-6.
Google ученый
O’Keefe JS, Tempero J, Atkinson PH, Pacciarini L, Fallacara F, Horner GW, Motha J: Типирование вируса геморрагической болезни кроликов от новозеландских диких кроликов.N Z Vet J. 1998, 46: 42-43. 10.1080 / 00480169.1998.36053.
PubMed Google ученый
Ан С. Х., Ким Б. Х., Ли Дж. Б., Сон Дж. Ю, Пак Б. К., Квон Ю. Б., Юнг Дж. С., Ли Ю. С.: Исследования пикорнавирусной геморрагической лихорадки (предварительное название) на кроликах. 1. Физико-химические свойства казуативного вируса. Res Rep Rural Dev Adm.1988, 30: 55-61.
Google ученый
Грегг Д.А., Дом C: Некротический гепатит кроликов в Мексике: парвовирус.Vet Rec. 1989, 125: 603-604.
CAS PubMed Google ученый
Мейерс Г., Вирблих С., Тиль Х. Дж .: Вирус геморрагической болезни кроликов — молекулярное клонирование и нуклеотидное секвенирование генома калицивируса. Вирусология. 1991, 184: 664-676. 10.1016 / 0042-6822 (91)
-Ф.CAS PubMed Google ученый
Олингер В.Ф., Хаас Б., Мейерс Дж., Вейланд Ф., Тиль Х. Дж .: Идентификация и характеристика вируса, вызывающего геморрагическую болезнь кроликов.J Virol. 1990, 64: 3331-3336.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Парра Ф., Прието М: Очистка и характеристика калицивируса как возбудителя летальной геморрагической болезни у кроликов. J Virol. 1990, 64: 4013-4015.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Родак Л., Смид Б., Валичек Л., Веселы Т., Степанек Дж., Хампл Дж., Джурак Е: иммуноферментный анализ антител к вирусу геморрагической болезни кроликов и определение его основных структурных белков.J Gen Virol. 1990, 71: 1075-1080. 10.1099 / 0022-1317-71-5-1075.
CAS PubMed Google ученый
Moussa A, Chasey D, Lavazza A, Capucci L, Smid B, Meyers G, Rossi C, Thiel HJ, Vlasak R, Ronsholt L, Nowotny N, McCullough K, Gavier-Widen D: геморрагическая болезнь зайцеобразные: свидетельство калицивируса. Vet Microbiol. 1992, 33: 375-381. 10.1016 / 0378-1135 (92)
-2.
CAS PubMed Google ученый
Оливер С.Л., Асобайре Э., Дастджерди А.М., Бриджер Дж.С.: Геномная характеристика неклассифицированного кишечного вируса крупного рогатого скота Агент-1 Ньюбери (Newbury1) подтверждает новый род в семействе Caliciviridae. Вирусология. 2006, 350: 240-250. 10.1016 / j.virol.2006.02.027.
CAS PubMed Google ученый
Farkas T, Sestak K, Wei C, Jiang X: Характеристика калицивируса макаки-резуса, представляющего новый род Caliciviridae.J Virol. 2008, 82: 5408-5416. 10.1128 / JVI.00070-08.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
L’Homme Y, Sansregret R, Plante-Fortier E, Lamontagne AM, Ouardani M, Lacroix G, Simard C: Геномная характеристика калицивирусов свиней, представляющих новый род Caliciviridae. Гены вирусов. 2009, 39: 66-75. 10.1007 / s11262-009-0360-3.
PubMed Google ученый
Гавье-Виден Д., Морнер Т.: Описательное эпизоотологическое исследование синдрома европейского бурого зайца в Швеции. J Wildl Dis. 1993, 29: 15-20.
CAS PubMed Google ученый
Capucci L, Scicluna MT, Lavazza A: Диагностика вирусной геморрагической болезни кроликов и синдрома европейского бурого зайца. Rev Sci Tech. 1991, 10: 347-370.
CAS PubMed Google ученый
Чейзи Д., Лукас М., Уэсткотт Д., Уильямс М.: Синдром европейского коричневого зайца в Великобритании; калицивирус, связанный с вирусной геморрагической болезнью кроликов, но отличный от него. Arch Virol. 1992, 124: 363-370. 10.1007 / BF01309816.
CAS PubMed Google ученый
Fuchs A, Weissenbock H: Сравнительное гистопатологическое исследование геморрагической болезни кроликов (RHD) и синдрома европейского бурого зайца (EBHS). J Comp Pathol.1992, 107: 103-113. 10.1016 / 0021-9975 (92)
CAS PubMed Google ученый
Marcato PS, Benazzi C, Vecchi G, Galeotti M, Della Salda L, Sarli G, Lucidi P: Клинические и патологические особенности вирусной геморрагической болезни кроликов и синдрома европейского коричневого зайца. Rev Sci Tech. 1991, 10: 371-392.
CAS PubMed Google ученый
Wirblich C, Meyers G, Ohlinger VF, Capucci L, Eskens U, Haas B, Thiel HJ: вирус синдрома европейского коричневого зайца: связь с вирусом геморрагической болезни кроликов и другими калицивирусами. J Virol. 1994, 68: 5164-5173.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Lavazza A, Scicluna MT, Capucci L: Восприимчивость зайцев и кроликов к вирусу синдрома европейского коричневого зайца (EBHSV) и вирусу геморрагической болезни кроликов (RHDV) в экспериментальных условиях.Zentralbl Veterinarmed B. 1996, 43: 401-410.
CAS PubMed Google ученый
Thouvenin E, Laurent S, Madelaine MF, Rasschaert D, Vautherot JF, Hewat EA: Бивалентное связывание нейтрализующего антитела с калицивирусом связано с торсионной гибкостью шарнира антитела. J Mol Biol. 1997, 270: 238-246. 10.1006 / jmbi.1997.1095.
CAS PubMed Google ученый
Валичек Л., Смид Б., Родак Л., Кудрна Дж .: Электронная и иммуноэлектронная микроскопия вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV). Arch Virol. 1990, 112: 271-275. 10.1007 / BF01323171.
CAS PubMed Google ученый
Barcena J, Verdaguer N, Roca R, Morales M, Angulo I, Risco C, Carrascosa JL, Torres JM, Caston JR: белок оболочки вируса геморрагической болезни кроликов содержит молекулярный переключатель на N-конце область, обращенная к внутренней поверхности капсида.Вирусология. 2004, 322: 118-134. 10.1016 / j.virol.2004.01.021.
CAS PubMed Google ученый
Capucci L, Frigoli G, Ronshold L, Lavazza A, Brocchi E, Rossi C: Антигенность вируса геморрагической болезни кроликов, изученная по его реактивности с моноклональными антителами. Virus Res. 1995, 37: 221-238. 10.1016 / 0168-1702 (95) 00033-М.
CAS PubMed Google ученый
Hu Z, Tian X, Zhai Y, Xu W., Zheng D, Sun F: Реконструкции с помощью криоэлектронной микроскопии двух типов вирусов геморрагической болезни диких кроликов, характеризующие структурные особенности Lagovirus. Белковая клетка. 2010, 1: 48-58. 10.1007 / s13238-010-0007-0.
PubMed Google ученый
Prasad BV, Rothnagel R, Jiang X, Estes MK: Трехмерная структура капсидов вируса Norwalk, экспрессируемого бакуловирусом. J Virol. 1994, 68: 5117-5125.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Neill JD: Нуклеотидная последовательность гена капсидного белка двух серотипов вируса морского льва Сан-Мигель: идентификация консервативных и неконсервативных аминокислотных последовательностей среди капсидных белков калицивируса. Virus Res. 1992, 24: 211-222. 10.1016 / 0168-1702 (92) -З.
CAS PubMed Google ученый
Martinez-Torrecuadrada JL, Cortes E, Vela C, Langeveld JP, Meloen RH, Dalsgaard K, Hamilton WD, Casal JI: Антигенная структура капсидного белка вируса геморрагической болезни кроликов. J Gen Virol. 1998, 79: 1901-1909.
CAS PubMed Google ученый
Эстевес П.Дж., Абрантес Дж., Карнейро М., Мюллер А., Томпсон Г., Ван дер Лу В. Обнаружение положительного отбора в главном капсидном белке VP60 вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV).Virus Res. 2008, 137: 253-256. 10.1016 / j.virusres.2008.07.025.
CAS PubMed Google ученый
Kinnear M, Linde CC: Дивергенция гена капсида в вирусе геморрагической болезни кроликов. J Gen Virol. 2010, 91: 174-181. 10.1099 / vir.0.014076-0.
CAS PubMed Google ученый
Бу В., Мамедова А., Тан М., Ся М., Цзян X, Хегде RS: Структурная основа специфичности связывания рецептора вируса Норуолк.J Virol. 2008, 82: 5340-5347. 10.1128 / JVI.00135-08.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Cao S, Lou Z, Tan M, Chen Y, Liu Y, Zhang Z, Zhang XC, Jiang X, Li X, Rao Z: Структурная основа для распознавания трисахаридов группы крови норовирусом. J Virol. 2007, 81: 5949-5957. 10.1128 / JVI.00219-07.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Чой Дж. М., Хатсон А. М., Эстес М. К., Прасад Б. В.: Структурная характеристика с атомным разрешением распознавания антигенов гистологической группы крови вирусом Норуолк. Proc Natl Acad Sci USA. 2008, 105: 9175-9180. 10.1073 / pnas.0803275105.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Lavazza A, Capucci L: Сколько калицивирусов содержится у кроликов? Обзор биологии RHDV и коррелированных вирусов зайцеобразных. Под редакцией: Alves PC, Ferrand N, Hackländer K.2008, Springer Berlin Heidelberg, 263-278.
Google ученый
Granzow H, Weiland F, Strebelow HG, Liu CM, Schirrmeier H: вирус геморрагической болезни кроликов (RHDV): ультраструктурные и биохимические исследования типичных и сердцевидных частиц, присутствующих в гомогенатах печени. Virus Res. 1996, 41: 163-172. 10.1016 / 0168-1702 (96) 01285-3.
CAS PubMed Google ученый
Александров М., Пешев Р., Божков С., Янчев И., Доуманова Л: Электронно-иммуноэлектронно-микроскопические исследования вируса геморрагической болезни кроликов. Comp Immunol Microbiol Infect Dis. 1993, 16: 21-27. 10.1016 / 0147-9571 (93)-С.
CAS PubMed Google ученый
Мейерс Г., Вирблих С., Тиль Х. Дж., Тумфарт Дж. О.: Вирус геморрагической болезни кроликов: организация генома и процессинг полипротеина калицивируса, изученный после временной экспрессии конструкций кДНК.Вирусология. 2000, 276: 349-363. 10.1006 / viro.2000.0545.
CAS PubMed Google ученый
Миллер В.А., Коев G: Синтез субгеномных РНК вирусами с положительной цепью РНК. Вирусология. 2000, 273: 1-8. 10.1006 / viro.2000.0421.
CAS PubMed Google ученый
Sibilia M, Boniotti MB, Angoscini P, Capucci L, Rossi C: два независимых пути экспрессии приводят к самосборке капсидного белка вируса геморрагической болезни кроликов.J Virol. 1995, 69: 5812-5815.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Бога Дж. А., Марин М. С., Касаис Р., Прието М., Парра Ф .: Трансляция in vitro субгеномной мРНК из очищенных вирионов испанского полевого изолята AST / 89 вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV). Virus Res. 1992, 26: 33-40. 10.1016 / 0168-1702 (92)
-Х.CAS PubMed Google ученый
Нил Дж. Д., Рирдон И. М., Хейнриксон Р. Л.: Нуклеотидная последовательность и экспрессия гена капсидного белка калицивируса кошек. J Virol. 1991, 65: 5440-5447.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Машин А., Мартин Алонсо Дж. М., Парра Ф .: Идентификация аминокислотного остатка, участвующего в уридилилировании вируса геморрагической болезни кроликов VPg. J Biol Chem. 2001, 276: 27787-27792. 10.1074 / jbc.M100707200.
CAS PubMed Google ученый
Бониотти Б., Вирблих С., Сибилия М., Мейерс Г., Тиль Х. Дж., Росси С. Идентификация и характеристика 3C-подобной протеазы из вируса геморрагической болезни кроликов, калицивируса. J Virol. 1994, 68: 6487-6495.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Konig M, Thiel HJ, Meyers G: Обнаружение вирусных белков после инфицирования культивируемых гепатоцитов вирусом геморрагической болезни кроликов. J Virol. 1998, 72: 4492-4497.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Wirblich C, Thiel HJ, Meyers G: Генетическая карта вируса геморрагической болезни кроликов калицивируса, полученная в результате исследований трансляции in vitro. J Virol. 1996, 70: 7974-7983.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Лопес Васкес А., Мартин Алонсо Дж. М., Касаис Р., Бога Дж. А., Парра Ф .: Экспрессия ферментативно активной РНК-зависимой РНК-полимеразы вируса геморрагической болезни кроликов в Escherichia coli.J Virol. 1998, 72: 2999-3004.
Google ученый
Marin MS, Casais R, Alonso JM, Parra F: связывание АТФ и активности АТФазы, связанные с рекомбинантным 2С-подобным полипептидом вируса геморрагической болезни кроликов. J Virol. 2000, 74: 10846-10851. 10.1128 / JVI.74.22.10846-10851.2000.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Машин А., Мартин Алонсо Дж. М., Далтон К. П., Парра Ф .: Функциональные различия между предшественником и зрелыми формами РНК-зависимой РНК-полимеразы вируса геморрагической болезни кроликов.J Gen Virol. 2009, 90: 2114-2118. 10.1099 / vir.0.011296-0.
CAS PubMed Google ученый
Goodfellow I, Chaudhry Y, Gioldasi I, Gerondopoulos A, Natoni A, Labrie L, Laliberte JF, Roberts L: Для инициации трансляции калицивируса требуется взаимодействие между VPg и eIF 4 E. EMBO Rep. 2005, 6: 968-972. 10.1038 / sj.embor.7400510.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Лю Дж, Ни З, Юн Т., Ю Б., Чен Л., Чжао В., Хуа Дж., Чен Дж.: ДНК-запущенная система обратной генетики для вируса геморрагической болезни кроликов показывает, что белок VP2 не важен для инфекционности вируса. J Gen Virol. 2008, 89: 3080-3085. 10.1099 / vir.0.2008 / 003525-0.
CAS PubMed Google ученый
Chen L, Liu G, Ni Z, Yu B, Yun T, Song Y, Hua J, Li S, Chen J: Незначительный структурный белок VP2 в вирусе геморрагической болезни кроликов подавляет экспрессию вирусного капсидного белка. VP60.J Gen Virol. 2009, 90: 2952-2955. 10.1099 / vir.0.015081-0.
CAS PubMed Google ученый
Xu ZJ, Chen WX: вирусная геморрагическая болезнь у кроликов: обзор. Vet Res Commun. 1989, 13: 205-212. 10.1007 / BF00142046.
CAS PubMed Google ученый
Паттон Н.М.: Вирусная геморрагическая болезнь. Серьезная новая проблема кроликов. Rabbit Res.1989, 12: 64-67.
Google ученый
Алонсо К., Овьедо Дж. М., Мартин-Алонсо Дж. М., Диас Е., Бога Дж. А., Парра Ф .: Запрограммированная гибель клеток в патогенезе геморрагической болезни кроликов. Arch Virol. 1998, 143: 321-332. 10.1007 / s007050050289.
CAS PubMed Google ученый
Park JH, Lee YS, Itakura C: Патогенез острого некротического гепатита при геморрагической болезни кроликов.Lab Anim Sci. 1995, 45: 445-449.
CAS PubMed Google ученый
Ueda K, Park JH, Ochiai K, Itakura C: Диссеминированная внутрисосудистая коагуляция (ДВС) при геморрагической болезни кроликов. Jpn J Vet Res. 1992, 40: 133-141.
CAS PubMed Google ученый
Маркес Р.М., Коста ЕКА, Агуас А.П., Тейшейра Л., Феррейра П.Г .: Раннее острое истощение лимфоцитов у взрослых кроликов, инфицированных калицивирусом.Vet Res Commun. 2010, 34: 659-668. 10.1007 / s11259-010-9437-7.
PubMed Google ученый
Асгари С., Харди Дж. Р., Синклер Р. Г., Кук Б. Д.: Полевые доказательства механической передачи вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) мухами (Diptera: Calliphoridae) среди диких кроликов в Австралии. Virus Res. 1998, 54: 123-132. 10.1016 / S0168-1702 (98) 00017-3.
CAS PubMed Google ученый
Ohlinger VF, Haas B, Thiel HJ: Геморрагическая болезнь кроликов (RHD): характеристика возбудителя калицивируса. Vet Res. 1993, 24: 103-116.
CAS PubMed Google ученый
Chasey D: Возможное происхождение геморрагической болезни кроликов в Соединенном Королевстве. Vet Rec. 1994, 135: 496-499. 10.1136 / vr.135.21.496.
CAS PubMed Google ученый
Фролих К., Клима Ф., Дедек Дж .: Антитела против вируса геморрагической болезни кроликов у рыжих лисиц из Германии на свободном выгуле. J Wildl Dis. 1998, 34: 436-442.
CAS PubMed Google ученый
Ruvoen-Clouet N, Ganiere JP, Andre-Fontaine G, Blanchard D, Le Pendu J: Связывание вируса геморрагической болезни кроликов с антигенами семейства гистокровных ABH. J Virol. 2000, 74: 11950-11954. 10.1128 / JVI.74.24.11950-11954.2000.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Макколл К.А., Моррисси К.Дж., Коллинз Б.Дж., Вестбери Х.А.: Персистенция вируса геморрагической болезни кроликов в разлагающихся тушах кроликов. Aust Vet J. 2002, 80: 298-299. 10.1111 / j.1751-0813.2002.tb10848.x.
CAS PubMed Google ученый
Хеннинг Дж., Меерс Дж., Дэвис П.Р., Моррис Р.С.: Выживание вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) в окружающей среде.Epidemiol Infect. 2005, 133: 719-730. 10.1017 / S0950268805003766.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Mutze G, Bird P, Kovaliski J, Peacock D, Jennings S, Cooke B: Новые эпидемиологические закономерности геморрагической болезни кроликов, ее взаимодействие с миксоматозом и их влияние на популяции кроликов в Южной Австралии. Wildl Res. 2002, 29: 577-590. 10.1071 / WR00100.
Google ученый
Mutze G, Bird P, Cooke B., Henzell R: Географические и сезонные вариации воздействия геморрагической болезни кроликов на европейских кроликов, Oryctolagus cuniculus и повреждение кроликов в Австралии. Биология зайцеобразных. 2008, Springer Berlin Heidelberg, 279–293.
Google ученый
Calvete C: Моделирование влияния динамики популяции на влияние геморрагической болезни кроликов. Conserv Biol. 2006, 20: 1232-1241. 10.1111 / j.1523-1739.2006.00371.x.
PubMed Google ученый
Fouchet D, Le Pendu J, Guitton JS, Guiserix M, Marchandeau S, Pontier D: Эволюция микропаразитов в пространственно и генетически структурированных популяциях хозяев: пример заражения кроликов RHDV. J Theor Biol. 2009, 257: 212-227. 10.1016 / j.jtbi.2008.11.021.
PubMed Google ученый
Van Regenmortel MH, International, Fauquet CM: Таксономия вирусов: классификация и номенклатура вирусов: седьмой отчет Международного комитета по таксономии вирусов.2000, Academic Press
Google ученый
Гулд А.Р., Каттенбельт Дж. А., Ленгхаус С., Моррисси С., Чемберлен Т., Коллинз Б. Дж., Вестбери Н. А. Полная нуклеотидная последовательность вируса геморрагической болезни кроликов (чешский штамм V351): использование полимеразной цепной реакции для обнаружения репликация у австралийских позвоночных и анализ вариабельности последовательности вирусной популяции. Virus Res. 1997, 47: 7-17. 10.1016 / S0168-1702 (96) 01399-8.
CAS PubMed Google ученый
Muller A, Freitas J, Silva E, Le Gall-Recule G, Zwingelstein F, Abrantes J, Esteves PJ, Alves PC, van der Loo W, Kolodziejek J, Nowotny N, Thompson G: Evolution of the rabbit haemorrhagic disease virus (RHDV) ) европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ) с Пиренейского полуострова. Vet Microbiol. 2009, 135: 368-373. 10.1016 / j.vetmic.2008.09.057.
CAS PubMed Google ученый
Паркес Дж. П., Глентворт Б., Салливан Г.: Изменения иммунитета к вирусу геморрагической болезни кроликов, а также численность и темпы увеличения численности диких кроликов в бассейне Маккензи, Новая Зеландия.Wildl Res. 2008, 35: 775-779. 10.1071 / WR08008.
Google ученый
Leighton FA, Artois M, Capucci L, Gavier-Widen D, Morisse JP: Антительный ответ на вирус вирусной геморрагической болезни кроликов у красных лисиц ( Vulpes vulpes ), потребляющих печень инфицированных кроликов ( Oryctolagus cuniculus). ). J Wildl Dis. 1995, 31: 541-544.
CAS PubMed Google ученый
Merchan T, Rocha G, Alda F, Silva E, Thompson G, de Trucios SH, страницы A: Обнаружение вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) у неспецифических позвоночных-хозяев, симпатичных европейскому дикому кролику ( Oryctolagus cuniculus ). Заразить Genet Evol. 2011, 11: 1469-1474. 10.1016 / j.meegid.2011.05.001.
PubMed Google ученый
Jung JY, Lee BJ, Tai JH, Park JH, Lee YS: Апоптоз при геморрагической болезни кроликов.J Comp Pathol. 2000, 123: 135-140. 10.1053 / jcpa.2000.0403.
CAS PubMed Google ученый
Prieto JM, Fernandez F, Alvarez V, Espi A, Garcia Marin JF, Alvarez M, Martin JM, Parra F: Иммуногистохимическая локализация антигена VP-60 вируса геморрагической болезни кроликов при раннем инфицировании молодых и взрослых кроликов . Res Vet Sci. 2000, 68: 181-187. 10.1053 / rvsc.1999.0357.
CAS PubMed Google ученый
Гельметти Д., Грико В., Росси С., Капуччи Л., Лавацца А. Обнаружение вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) путем гибридизации in situ с РНК-зондом, меченным дигоксигенином. J Virol Methods. 1998, 72: 219-226. 10.1016 / S0166-0934 (98) 00030-5.
CAS PubMed Google ученый
Кимура Т., Мицуи И., Окада Ю., Фуруя Т., Очиай К., Умемура Т., Итакура С. Распределение РНК вируса геморрагической болезни кроликов у экспериментально инфицированных кроликов.J Comp Pathol. 2001, 124: 134-141. 10.1053 / jcpa.2000.0440.
CAS PubMed Google ученый
Миками О., Парк Дж. Х., Кимура Т., Очиаи К., Итакура С. Поражения печени у молодых кроликов, экспериментально инфицированных вирусом геморрагической болезни кроликов. Res Vet Sci. 1999, 66: 237-242. 10.1053 / rvsc.1998.0266.
CAS PubMed Google ученый
Шиен Дж. Х., Ши Х. К., Ли Л. Х .: Экспериментальные инфекции кроликов вирусом геморрагической болезни кроликов, отслеживаемые с помощью полимеразной цепной реакции.Res Vet Sci. 2000, 68: 255-259. 10.1053 / rvsc.1999.0372.
CAS PubMed Google ученый
Нагеша Х.С., Ван Л.Ф., Хаятт А.Д., Моррисси К.Дж., Ленгхаус С., Вестбери Х.А.: Самосборка, антигенность и иммуногенность капсидного белка вируса геморрагической болезни кроликов (чехословацкий штамм V-351), экспрессируемого в бакуловирусе. . Arch Virol. 1995, 140: 1095-1108. 10.1007 / BF01315418.
CAS PubMed Google ученый
Gromadzka B, Szewczyk B, Konopa G, Fitzner A, Kesy A: Рекомбинантный VP60 в форме вирионоподобных частиц в качестве потенциальной вакцины против вируса геморрагической болезни кроликов. Acta biochimica Polonica. 2006, 53: 371-376.
CAS PubMed Google ученый
Laurent S, Vautherot JF, Madelaine MF, Le Gall G, Rasschaert D: Капсидный белок рекомбинантного вируса геморрагической болезни кроликов, экспрессируемый в бакуловирусе, самособирается в вирусоподобные частицы и вызывает защиту.J Virol. 1994, 68: 6794-6798.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Marin MS, Martin Alonso JM, Perez Ordoyo Garcia LI, Boga JA, Arguello-Villares JL, Casais R, Venugopal K, Jiang W, Gould EA, Parra F: иммуногенные свойства структурного белка вируса геморрагической болезни кроликов VP60, экспрессируемый рекомбинантным бакуловирусом: эффективная вакцина. Virus Res. 1995, 39: 119-128. 10.1016 / 0168-1702 (95) 00074-7.
CAS PubMed Google ученый
Plana-Duran J, Bastons M, Rodriguez MJ, Climent I, Cortes E, Vela C, Casal I. Оральная иммунизация кроликов частицами VP60 обеспечивает защиту от геморрагической болезни кроликов. Arch Virol. 1996, 141: 1423-1436. 10.1007 / BF01718245.
CAS PubMed Google ученый
Ruvoen-Clouet N, Blanchard D, Andre-Fontaine G, Ganiere JP: Частичная характеристика рецептора эритроцитов человека для вируса геморрагической болезни кроликов.Res Virol. 1995, 146: 33-41. 10.1016 / 0923-2516 (96) 80587-5.
CAS PubMed Google ученый
Farkas T, Cross RW, Hargitt E, Lerche NW, Morrow AL, Sestak K: генетическое разнообразие и взаимодействие антигенов группы гистокрови кишечных калицивирусов резус. J Virol. 2010, 84: 8617-8625. 10.1128 / JVI.00630-10.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Hutson AM, Atmar RL, Graham DY, Estes MK: Инфекция и заболевание, вызванные вирусом Norwalk, связаны с гисто-группой крови ABO. J Infect Dis. 2002, 185: 1335-1337. 10.1086 / 339883.
PubMed Google ученый
Хатсон А.М., Атмар Р.Л., Маркус Д.М., Эстес М.К.: Норуолкская вирусоподобная гемагглютинация частиц путем связывания с антигенами гистокровной группы h. J Virol. 2003, 77: 405-415. 10.1128 / JVI.77.1.405-415.2003.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Lindesmith L, Moe C, Marionneau S, Ruvoen N, Jiang X, Lindblad L, Stewart P, LePendu J, Baric R: Восприимчивость и устойчивость человека к инфекции вируса Norwalk. Nat Med. 2003, 9: 548-553. 10,1038 / нм860.
CAS PubMed Google ученый
Marionneau S, Ruvoen N, Le Moullac-Vaidye B, Clement M, Cailleau-Thomas A, Ruiz-Palacois G, Huang P, Jiang X, Le Pendu J: вирус Norwalk связывается с антигенами гистокровной группы присутствуют на гастродуоденальных эпителиальных клетках секреторных индивидуумов.Гастроэнтерология. 2002, 122: 1967-1977. 10.1053 / gast.2002.33661.
CAS PubMed Google ученый
Райделл Г.Е., Нильссон Дж., Родригес-Диас Дж., Рувоен-Клоуэ Н., Свенссон Л., Ле Пенду Дж., Ларсон Г.: Норовирусы человека распознают сиалил-Льюис x неогликопротеин. Гликобиология. 2009, 19: 309-320.
CAS PubMed Google ученый
Стюарт А.Д., Браун Т.Д .: Альфа2,6-связанная сиаловая кислота действует как рецептор калицивируса кошек.J Gen Virol. 2007, 88: 177-186. 10.1099 / vir.0.82158-0.
CAS PubMed Google ученый
Тамура М., Натори К., Кобаяши М., Миямура Т., Такеда Н.: Норовирусы геногруппы II эффективно связываются с гепарансульфатным протеогликаном, связанным с клеточной мембраной. J Virol. 2004, 78: 3817-3826. 10.1128 / JVI.78.8.3817-3826.2004.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый Ашхабад Ашхабадский 115.
Таубе С., Перри Дж. У., Йетминг К., Патель С. П., Обле Х, Шу Л., Навар Х. Ф., Ли Ч. К., Коннелл Т. Д., Шайман Дж. А., Вобус CE: концевые фрагменты сиаловой кислоты, связанные с ганглиозидом, на мышиных макрофагах функционируют как рецепторы прикрепления для мышиных норовирусы. J Virol. 2009, 83: 4092-4101. 10.1128 / JVI.02245-08.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Marionneau S, Cailleau-Thomas A, Rocher J, Le Moullac-Vaidye B, Ruvoen N, Clement M, Le Pendu J: ABH и антигены группы крови Льюиса, модель значения разнообразия олигосахаридов перед лицом меняющегося мира.Биохимия. 2001, 83: 565-573. 10.1016 / S0300-9084 (01) 01321-9.
CAS PubMed Google ученый
Nyström K, Le Gall-Reculé G, Grassi P, Abrantes J, Ruvoën-Clouet N, Le Moullac-Vaidye B, Lopes AM, Esteves PJ, Strive T, Marchandeau S, Dell A, Haslam SM, Le Pendu J: Антигены гисто-группы крови действуют как факторы прикрепления вирусной инфекции геморрагической болезни кроликов в зависимости от штамма вируса. PLoS Pathog. 2011, 7: e1002188-10.1371 / journal.ppat.1002188.
PubMed Central PubMed Google ученый
Радемахер С., Кришна Н.Р., Палчич М., Парра Ф., Петерс Т.: ЯМР-эксперименты раскрывают молекулярную основу распознавания рецепторов калицивирусом. J Am Chem Soc. 2008, 130: 3669-3675. 10.1021 / ja710854r.
CAS PubMed Google ученый
Abrantes J, Posada D, Guillon P, Esteves PJ, Le Pendu J: Широко распространенная генная конверсия генов альфа-2-фукозилтрансферазы у млекопитающих.J Mol Evol. 2009, 69: 22-31. 10.1007 / s00239-009-9239-0.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Daughenbaugh KF, Wobus CE, Hardy ME: VPg мышиного норовируса связывает факторы инициации трансляции в инфицированных клетках. Virol J. 2006, 3: 33-10.1186 / 1743-422X-3-33.
PubMed Central PubMed Google ученый
Рохайем Дж., Бергманн М., Гебхардт Дж., Гулд Э, Такер П., Маттеви А., Унге Т., Хильгенфельд Р., Нейтс Дж .: Антивирусные стратегии для контроля калицивирусных инфекций.Antiviral Res. 2010, 87: 162-178. 10.1016 / j.antiviral.2010.05.002.
CAS PubMed Google ученый
Meyers G: Трансляция минорного капсидного белка калицивируса инициируется новым механизмом повторной инициации, зависимым от терминации. J Biol Chem. 2003, 278: 34051-34060. 10.1074 / jbc.M304874200.
CAS PubMed Google ученый
Meyers G: Характеристика элемента последовательности, управляющего повторной инициацией трансляции в РНК вируса геморрагической болезни кроликов калицивируса.J Virol. 2007, 81: 9623-9632. 10.1128 / JVI.00771-07.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Guillon P, Ruvoen-Clouet N, Le Moullac-Vaidye B, Marchandeau S, Le Pendu J: Связь между экспрессией антигена гистологической группы крови H, полиморфизмом альфа1,2-фукозилтрансфераз диких кроликов и чувствительностью к вирус геморрагической болезни кроликов. Гликобиология. 2009, 19: 21-28.
CAS PubMed Google ученый
Феррейра П.Г., Коста-э-Силва А., Агуас А.П.: Заболевание печени у молодых кроликов, инфицированных калицивирусом через нос и через рот. Res Vet Sci. 2006, 81: 362-365. 10.1016 / j.rvsc.2006.02.001.
CAS PubMed Google ученый
Феррейра П.Г., Коста-э-Силва А., Монтейро Е., Оливейра М.Дж., Агуас А.П.: временное снижение гетерофилов в крови и устойчивое повреждение печени, вызванное калицивирусной инфекцией молодых кроликов, которые естественно устойчивы к геморрагической болезни кроликов.Res Vet Sci. 2004, 76: 83-94. 10.1016 / j.rvsc.2003.08.003.
CAS PubMed Google ученый
Ferreira PG, Costa ESA, Oliveira MJ, Monteiro E, Aguas AP: Взаимодействие лейкоцитов и гепатоцитов при калицивирусной инфекции: различия между кроликами, которые устойчивы или восприимчивы к геморрагической болезни кроликов (RHD). Vet Immunol Immunopathol. 2005, 103: 217-221. 10.1016 / j.vetimm.2004.09.028.
CAS PubMed Google ученый
Cooke BD, Робинсон AJ, Merchant JC, Nardin A, Capucci L: Использование ELISA в полевых исследованиях геморрагической болезни кроликов (RHD) в Австралии. Epidemiol Infect. 2000, 124: 563-576. 10.1017 / S09502688994.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Marchandeau S, Chaval Y, Le Goff E: Продолжительное снижение численности диких европейских кроликов Oryctolagus cuniculus и высокий уровень иммунитета в течение трех лет после появления геморрагической болезни кроликов.Wildlife Biol. 2000, 6: 141-147.
Google ученый
McPhee SR, Butler KL, Kovaliski J, Mutze G, Capucci L, Cooke BD: Статус антител и выживаемость австралийских диких кроликов, зараженных вирусом геморрагической болезни кроликов. Wildl Res. 2009, 36: 447-456. 10.1071 / WR08137.
Google ученый
Zheng T, Parkes JP: Геморрагическая болезнь кроликов: преимущества cELISA в оценке иммунитета у диких кроликов ( Oryctolagus cuniculus ).Vet Microbiol. 2011, 153: 387-392. 10.1016 / j.vetmic.2011.05.049.
CAS PubMed Google ученый
Хуанг HB: Вакцинация и иммунный ответ на вирусную геморрагическую болезнь кроликов: обзор исследований в Китайской Народной Республике. Rev Sci Tech. 1991, 10: 481-498.
CAS PubMed Google ученый
Феррейра П.Г., Динис М., Коста ЕКА, Агуас А.П.: Взрослые кролики приобретают устойчивость к летальной калицивирусной инфекции путем адаптивного переноса сывороток от инфицированных молодых кроликов.Vet Immunol Immunopathol. 2008, 121: 364-369. 10.1016 / j.vetimm.2007.09.005.
CAS PubMed Google ученый
Альда Ф., Гайтеро Т., Суарес М., Мерчан Т., Роча Дж., Доадрио I. История эволюции и молекулярная эпидемиология вируса геморрагической болезни кроликов на Пиренейском полуострове и в Западной Европе. BMC Evol Biol. 2010, 10: 347-10.1186 / 1471-2148-10-347.
PubMed Central PubMed Google ученый
Форрестер Н.Л., Траут Р.К., Тернер С.Л., Келли Д., Боаг Б., Мосс С., Гулд Э.А.: разгадывать парадокс появления вируса геморрагической болезни кроликов с использованием филогенетического анализа; возможные последствия для стратегий сохранения кроликов. Биол Консерв. 2006, 131: 296-306. 10.1016 / j.biocon.2006.05.005.
Google ученый
Керр П.Дж., Китчен А, Холмс ЕС: Происхождение и филодинамика вируса геморрагической болезни кроликов. J Virol. 2009, 83: 12129-12138.10.1128 / JVI.01523-09.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Nowotny N, Bascunana CR, Ballagi-Pordany A, Gavier-Widen D, Uhlen M, Belak S: Филогенетический анализ вирусов геморрагической болезни кроликов и синдрома европейского коричневого зайца путем сравнения последовательностей гена капсидного белка. Arch Virol. 1997, 142: 657-673. 10.1007 / s007050050109.
CAS PubMed Google ученый
Fenner F, Fantini B: Биологический контроль над позвоночными вредителями: история миксоматоза, эволюционный эксперимент. 1999, Уоллингфорд: CABI Publishing
Google ученый
Милтон И.Д., Власак Р., Новотны Н., Родак Л., Картер М.Дж .: Сравнение геномных 3′-концевых последовательностей трех изолятов вируса геморрагической болезни кроликов. FEMS Microbiol Lett. 1992, 72: 37-42.
CAS PubMed Google ученый
Boga JA, Casais R, Marin MS, Martin-Alonso JM, Carmenes RS, Prieto M, Parra F: Молекулярное клонирование, секвенирование и экспрессия в Escherichia coli гена капсидного белка вируса геморрагической болезни кроликов (испанский изолят AST / 89). J Gen Virol. 1994, 75: 2409-2413. 10.1099 / 0022-1317-75-9-2409.
CAS PubMed Google ученый
Parra F, Boga JA, Marin MS, Casais R: Аминоконцевая последовательность VP60 вируса геморрагической болезни кроликов подтверждает его предполагаемое субгеномное происхождение.Virus Res. 1993, 27: 219-228. 10.1016 / 0168-1702 (93) -К.
CAS PubMed Google ученый
Capucci L, Fallacara F, Grazioli S, Lavazza A, Pacciarini ML, Brocchi E: следующий шаг в эволюции вируса геморрагической болезни кроликов: появление первого стойкого антигенного варианта. Virus Res. 1998, 58: 115-126. 10.1016 / S0168-1702 (98) 00106-3.
CAS PubMed Google ученый Вячеслав Вячеславович
Сил Б.С., Ридпат Дж.Ф., Менгелинг В.Л.: Анализ генов капсидного белка калицивируса кошек: идентификация вариабельных антигенных детерминантных областей белка. J Gen Virol. 1993, 74: 2519-2524. 10.1099 / 0022-1317-74-11-2519.
CAS PubMed Google ученый
Tohya Y, Yokoyama N, Maeda K, Kawaguchi Y, Mikami T: Картирование антигенных сайтов, участвующих в нейтрализации, на капсидном белке калицивируса кошек.J Gen Virol. 1997, 78: 303-305.
CAS PubMed Google ученый
Le Gall G, Arnauld C, Boilletot E, Morisse JP, Rasschaert D: Молекулярная эпидемиология вспышек вируса геморрагической болезни кроликов во Франции в период с 1988 по 1995 год. J Gen Virol. 1998, 79: 11-16.
CAS PubMed Google ученый
Schirrmeier H, Reimann I, Kollner B, Granzow H: Патогенные, антигенные и молекулярные свойства вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV), выделенного от вакцинированных кроликов: обнаружение и характеристика антигенных вариантов.Arch Virol. 1999, 144: 719-735. 10.1007 / s007050050538.
CAS PubMed Google ученый
Matiz K, Ursu K, Kecskemeti S, Bajmocy E, Kiss I. Филогенетический анализ штаммов вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV), выделенных между 1988 и 2003 годами в восточной Венгрии. Arch Virol. 2006, 151: 1659-1666. 10.1007 / s00705-006-0730-2.
CAS PubMed Google ученый Астрахань
McIntosh MT, Behan SC, Mohamed FM, Lu Z, Moran KE, Burrage TG, Neilan JG, Ward GB, Botti G, Capucci L, Metwally SA: Пандемический штамм калицивируса угрожает кролиководству в Северной и Южной Америке. Virol J. 2007, 4: 96-10.1186 / 1743-422X-4-96.
PubMed Central PubMed Google ученый
Oem JK, Lee KN, Roh IS, Lee KK, Kim SH, Kim HR, Park CK, Joo YS: Идентификация и характеристика генетических вариантов вируса геморрагической болезни кроликов, выделенных в Корее.J Vet Med Sci. 2009, 71: 1519-1523. 10.1292 / jvms.001519.
CAS PubMed Google ученый
Tian L, Liao J, Li JW, Zhou WR, Zhang XL, Wang HN: Выделение и идентификация негемагглютинирующего штамма вируса геморрагической болезни кроликов из Китая и анализ последовательности для гена VP60. Гены вирусов. 2007, 35: 745-752. 10.1007 / s11262-007-0155-3.
CAS PubMed Google ученый
Grenfell BT, Pybus OG, Gog JR, Wood JL, Daly JM, Mumford JA, Holmes EC: Объединение эпидемиологической и эволюционной динамики патогенов. Наука. 2004, 303: 327-332. 10.1126 / science.10
.
CAS PubMed Google ученый
Эстес М.К., Коэн Дж .: Структура и функция гена ротавируса. Microbiol Rev.1989, 53: 410-449.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый Вячеслав Вячеславович
Джамиль С., Зафруллах М., Озденер М. Х., Панда С. К.: Экспрессия в клетках животных и характеристика структурных белков вируса гепатита Е. J Virol. 1996, 70: 207-216.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Caust J, Dyall-Smith ML, Lazdins I, Holmes IH: гликозилирование, важный модификатор антигенности ротавируса. Arch Virol. 1987, 96: 123-134. 10.1007 / BF01320955.
CAS PubMed Google ученый Вячеслав Вячеславович Исаакиевский,
Графф Дж., Чжоу YH, Ториан У., Нгуен Х., Сент-Клер М., Ю К., Пёрселл Р.Х., Эмерсон С.У .: Мутации в потенциальных сайтах гликозилирования в капсидном белке вируса гепатита Е предотвращают образование инфекционных вирусных частиц. J Virol. 2008, 82: 1185-1194. 10.1128 / JVI.01219-07.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Guittre C, Baginski I, Le Gall G, Prave M, Trepo C, Cova L: Обнаружение изолятов вируса геморрагической болезни кроликов и сравнение последовательностей N-конца гена капсидного белка с помощью полимеразной цепной реакции. .Res Vet Sci. 1995, 58: 128-132. 10.1016 / 0034-5288 (95)
-9.
CAS PubMed Google ученый
Rasschaert D, Huguet S, Madelaine MF, Vautherot JF: Последовательность и геномная организация вируса геморрагической болезни кролика, выделенного от дикого кролика. Гены вирусов. 1995, 9: 121-132. 10.1007 / BF01702655.
CAS PubMed Google ученый
Виаплана Э, Вильяверде А. Микрогетерогенность капсидного белка p60 и кодирующего гена среди современных изолятов вируса геморрагической болезни кроликов.Гены вирусов. 1996, 12: 189-192. 10.1007 / BF00572958.
CAS PubMed Google ученый
Асгари С., Харди Дж. Р., Кук Б. Д.: Анализ последовательности вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) в Австралии: изменения после его выпуска. Arch Virol. 1999, 144: 135-145. 10.1007 / s007050050490.
CAS PubMed Google ученый
Moss SR, Turner SL, Trout RC, White PJ, Hudson PJ, Desai A, Armesto M, Forrester NL, Gould EA: Молекулярная эпидемиология вируса геморрагической болезни кроликов.J Gen Virol. 2002, 83: 2461-2467.
CAS PubMed Google ученый
van de Bildt MW, van Bolhuis GH, van Zijderveld F, van Riel D, Drees JM, Osterhaus AD, Kuiken T: Подтверждение и филогенетический анализ вируса геморрагической болезни кроликов у свободноживущих кроликов из Нидерландов. J Wildl Dis. 2006, 42: 808-812.
CAS PubMed Google ученый
Yang L, Wang F, Hu B, Xue J, Hu Y, Zhou B, Wang D, Xu W. Разработка ОТ-ПЦР для вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV) и эпидемиология RHDV в трех восточных провинциях Китая . J Virol Methods. 2008, 151: 24-29. 10.1016 / j.jviromet.2008.04.003.
CAS PubMed Google ученый
Hukowska-Szematowicz B, Pawlikowska M, Deptula W: Генетическая изменчивость чешских и немецких штаммов вируса RHD. Pol J Microbiol.2009, 58: 237-245.
CAS PubMed Google ученый
Шуффенекер И., Андо Т., Тувено Д., Лина Б., Эймар М.: Генетическая классификация «Саппороподобных вирусов». Arch Virol. 2001, 146: 2115-2132. 10.1007 / s007050170024.
CAS PubMed Google ученый
Zheng DP, Ando T, Fankhauser RL, Beard RS, Glass RI, Monroe SS: Классификация норовирусов и предлагаемая номенклатура штаммов.Вирусология. 2006, 346: 312-323. 10.1016 / j.virol.2005.11.015.
CAS PubMed Google ученый
Capucci L, Fusi P, Lavazza A, Pacciarini ML, Rossi C: Обнаружение и предварительная характеристика нового кроличьего калицивируса, связанного с вирусом геморрагической болезни кроликов, но непатогенного. J Virol. 1996, 70: 8614-8623.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Forrester NL, Abubakr MI, Abu Elzein EM, Al-Afaleq AI, Housawi FM, Moss SR, Turner SL, Gould EA: Филогенетический анализ штаммов вируса геморрагической болезни кроликов с Аравийского полуострова: возник ли RHDV одновременно в Европе и Азии? . Вирусология. 2006, 344: 277-282. 10.1016 / j.virol.2005.10.006.
CAS PubMed Google ученый
Страйв Т., Райт Дж. Д., Робинсон А. Дж .: Идентификация и частичная характеристика нового Лаговируса у диких австралийских кроликов.Вирусология. 2009, 384: 97-105. 10.1016 / j.virol.2008.11.004.
CAS PubMed Google ученый
Chasey D, Lucas MH, Westcott DG, Sharp G, Kitching A, Hughes SK: Разработка диагностического подхода к идентификации геморрагической болезни кроликов. Vet Rec. 1995, 137: 158-160. 10.1136 / vr.137.7.158.
CAS PubMed Google ученый
Коллинз Б.Дж., Уайт Дж. Р., Ленгхаус С., Бойд В., Вестбери HA: конкурентный ИФА для обнаружения антител к вирусу геморрагической болезни кроликов.Vet Microbiol. 1995, 43: 85-96. 10.1016 / 0378-1135 (94) 00082-8.
CAS PubMed Google ученый
Trout RC, Chasey D, Sharp G: Сероэпидемиология геморрагической болезни кроликов (RHD) у диких кроликов ( Oryctolagus cuniculus ) в Соединенном Королевстве. Дж. Зоол (Лондон). 1997, 243: 846-853. 10.1111 / j.1469-7998.1997.tb01983.x.
Google ученый
O’Keefe JS, Tempero JE, Motha MX, Hansen MF, Atkinsona PH: Серология вируса геморрагической болезни кроликов у диких кроликов до и после высвобождения вируса в Новой Зеландии. Vet Microbiol. 1999, 66: 29-40. 10.1016 / S0378-1135 (98) 00307-1.
PubMed Google ученый
Нагеша Х.С., Макколл К.А., Коллинз Б.Дж., Моррисси С.Дж., Ван Л.Ф., Вестбери Х.А.: Наличие перекрестно-реактивных антител к вирусу геморрагической болезни кроликов у диких австралийских кроликов до побега вируса из карантина.Arch Virol. 2000, 145: 749-757. 10.1007 / s007050050668.
CAS PubMed Google ученый
Робинсон А.Дж., Киркланд П.Д., Форрестер Р.И., Капуччи Л., Кук Б.Д., Филби А.В.: Серологические доказательства наличия калицивируса у австралийских диких кроликов, Oryctolagus cuniculus , до внедрения вируса геморрагической болезни кроликов. (RHDV): его потенциальное влияние на специфичность конкурентного ELISA для RHDV.Wildl Res. 2002, 29: 655-662. 10.1071 / WR00096.
Google ученый
Forrester NL, Boag B, Moss SR, Turner SL, Trout RC, White PJ, Hudson PJ, Gould EA: Долгосрочная выживаемость РНК вируса геморрагической болезни новозеландских кроликов у диких кроликов, выявленная методом RT- ПЦР и филогенетический анализ. J Gen Virol. 2003, 84: 3079-3086. 10.1099 / vir.0.19213-0.
CAS PubMed Google ученый
Forrester NL, Trout RC, Gould EA: Доброкачественная циркуляция вируса геморрагической болезни кроликов на острове Ламбей, Эйре. Вирусология. 2007, 358: 18-22. 10.1016 / j.virol.2006.09.011.
CAS PubMed Google ученый
Smid B, Valicek L, Rodak L, Stepanek J, Jurak E: Геморрагическая болезнь кроликов: исследование некоторых свойств вируса и оценка инактивированной вакцины. Vet Microbiol. 1991, 26: 77-85. 10.1016 / 0378-1135 (91) -Ф.
CAS PubMed Google ученый
Zheng T, Napier AM, Parkes JP, O’Keefe JS, Atkinson PH: Обнаружение РНК вируса геморрагической болезни кроликов у диких кроликов Новой Зеландии. Wildl Res. 2002, 29: 683-688. 10.1071 / WR01071.
Google ученый
Forrester NL, Boag B, Buckley A, Moureau G, Gould EA: Совместная циркуляция сильно разнородных штаммов вируса геморрагической болезни кроликов может объяснить локализованную эпидемию в Соединенном Королевстве.Вирусология. 2009, 393: 42-48. 10.1016 / j.virol.2009.07.008.
CAS PubMed Google ученый
Бергин И.Л., Вайз А.Г., Болин С.Р., Маллани Т.П., Киупел М., Маес РК: Новый калицивирус, выявленный у кроликов, Мичиган, США. Emerg Infect Dis. 2009, 15: 1955-1962.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Le Gall-Recule G, Zwingelstein F, Fages MP, Bertagnoli S, Gelfi J, Aubineau J, Roobrouck A, Botti G, Lavazza A, Marchandeau S. кроличий лаговирус, связанный с RHDV.Вирусология. 2011, 410: 395-402. 10.1016 / j.virol.2010.12.001.
CAS PubMed Google ученый
Capucci L, Nardin A, Lavazza A: Сероконверсия на промышленном предприятии кроликов, инфицированных непатогенным вирусом, похожим на геморрагическую болезнь кроликов. Vet Rec. 1997, 140: 647-650. 10.1136 / vr.140.25.647.
CAS PubMed Google ученый
Чейзи Д., Форель Р.К., Эдвардс С.: Восприимчивость диких кроликов ( Oryctolagus cuniculus ) в Соединенном Королевстве к геморрагической болезни кроликов (RHD).Vet Res. 1997, 28: 271-276.
CAS PubMed Google ученый
Страйв Т., Райт Дж., Ковалиски Дж., Ботти Дж., Капуччи Л. Непатогенный австралийский лаговирус RCV-A1 вызывает длительную инфекцию и вызывает частичную перекрестную защиту с вирусом геморрагической болезни кроликов. Вирусология. 2010, 398: 125-134. 10.1016 / j.virol.2009.11.045.
CAS PubMed Google ученый
Marchandeau S, Le Gall-Recule G, Bertagnoli S, Aubineau J, Botti G, Lavazza A: Серологические доказательства незащищающего RHDV-подобного вируса. Vet Res. 2005, 36: 53-62. 10.1051 / vetres: 2004049.
PubMed Google ученый
Абрантес Дж., Эстевес П.Дж .: Не совсем новый калицивирус мичиганского кролика. Emerg Infect Dis. 2010, 16: 1331-1332.
PubMed Central PubMed Google ученый
Abrantes J, Esteves PJ, van der Loo W. Доказательства рекомбинации в главном капсидном гене VP60 вируса геморрагической болезни кроликов (RHDV). Arch Virol. 2008, 153: 329-335. 10.1007 / s00705-007-1084-0.
CAS PubMed Google ученый
Форрестер Н.Л., Мосс С.Р., Тернер С.Л., Ширрмайер Х., Гулд Э.А.: Рекомбинация вируса геморрагической болезни кроликов: возможное влияние на эволюцию и эпидемиологию. Вирусология. 2008, 376: 390-396.10.1016 / j.virol.2008.03.023.
CAS PubMed Google ученый
Корбет ГБ: Таксономия и происхождение. Европейский кролик. Отредактировано: Tompson HV, King CM. 1994, Оксфорд: Oxford Science Publications, 1-6.
Google ученый
Lopez-Martinez N: Revisión sistemática y biostratigráfica de los Lagomorpha (Mammalia) del Terciario y Cuaternario de España.Том 3: Memorias del Museo Paleontologico de la Universidad de Zaragoza. 1989, (на испанском языке)
Google ученый
Лопес-Мартинес N: Летопись окаменелостей зайцеобразных и происхождение европейского кролика. Биология зайцеобразных: эволюция, экология и сохранение. Отредактировано: Alves PC, Ferrand N, Hackländer K. 2008, Berlin Heidelberg New York: Springer, 27-46.
Google ученый
Pages MV: Essai de reconstitution de l’histoire du lapin de garenne en Europe. Bull Mens Off Natl Chasse. 1980, 13-21.
Google ученый
Кабрера A: Фауна Иберики; mamíferos. 1914, Мадрид: Национальный музей естественных наук
Google ученый
Карнейро М., Ферран Н., Нахман М. В.: Рекомбинация и видообразование: локусы около центромер более дифференцированы, чем локусы около теломер между подвидами европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ).Генетика. 2009, 181: 593-606.
PubMed Central PubMed Google ученый
Queney G, Ferrand N, Weiss S, Mougel F, Monnerot M: Стационарные распределения микросателлитных локусов между расходящимися популяционными группами европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ). Mol Biol Evol. 2001, 18: 2169-2178. 10.1093 / oxfordjournals.molbev.a003763.
CAS PubMed Google ученый
Эстевес П.Дж., Ланнинг Д., Ферран Н., Найт К.Л., Чжай С.К., ван дер Лоо В.: Аллельная вариация по локусу VHa в естественных популяциях кроликов ( Oryctolagus cuniculus , L.). J Immunol. 2004, 172: 1044-1053.
CAS PubMed Google ученый
Ферран Н., Бранко М.: История эволюции европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ): основные закономерности дифференциации популяции и географической экспансии, выведенные из полиморфизма белков.Филогеография южноевропейских рефугиумов. Под редакцией: Вайс С., Ферран Н. 2007, Берлин, Гейдельберг, Нью-Йорк: Спрингер, 207-235.
Google ученый
Сурридж А.К., Ван дер Лоо В., Абрантес Дж., Карнейро М., Хьюитт Г.М., Эстевес П.Дж .: Разнообразие и эволюционная история гена MHC DQA у лепорид. Иммуногенетика. 2008, 60: 515-525. 10.1007 / s00251-008-0309-z.
CAS PubMed Google ученый
van der Loo W, Ferrand N, Soriguer RC: Оценка генного разнообразия в локусе b константной области легкой цепи иммуноглобулина в естественных популяциях европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ) в Португалии, Андалусии и на Азорских островах . Генетика. 1991, 127: 789-799.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
van der Loo W, Mougel F, Bouton C, Sanchez MS, Monnerot M: Аллотипический паттерн лоскутного шитья кроличьего аллеля IGKC1 b5wf: генный обмен или общее происхождение ?.Иммуногенетика. 1999, 49: 7-14. 10.1007 / s002510050458.
CAS PubMed Google ученый
Карнейро М., Афонсу С., Геральдес А., Гарро Х., Болет Г., Буше С., Тирказес А., Куни Г., Нахман М. В., Ферран Н.: Генетическая структура домашних кроликов. Mol Biol Evol. 2011, 28: 1801-1816. 10.1093 / molbev / msr003.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Ферран N: Вывод эволюционной истории европейского кролика ( Oryctolagus cuniculus ) по молекулярным маркерам. Биология зайцеобразных: эволюция, экология и сохранение. Отредактировано: Alves PC, Ferrand N, Hackländer K. 2008, Berlin Heidelberg New York: Springer, 47-63.
Google ученый
Феннер Ф., Рэтклифф Ф. Н .: Миксоматоз. 1965, Кембридж: Издательство Кембриджского университета
Google ученый
Элсворт П., Кук Б. Совместная эволюция диких кроликов ( Oryctolagus cuniculus ) и RHDV: устойчивость и вирулентность. 14-я Австралазийская конференция по позвоночным вредителям. 2008, Канберра, Австралия
Google ученый
Cooke BD, Elsworth PG, Berman DM, McPhee SR, Kovalivski J, Mutze GJ, Sinclair RG, Capucci L: Геморрагическая болезнь кроликов: дикие кролики демонстрируют устойчивость к инфекции чешским штаммом 351 RHDV, первоначально выпущенным в Австралии.Представлено австралийскими инновациями в шерсти и мясом и животноводством Австралии. 2007, Канберра: Центр совместных исследований инвазивных животных
Google ученый
Arguello Villares JL: Вирусная геморрагическая болезнь кроликов: вакцинация и иммунный ответ. Rev Sci Tech. 1991, 10: 471-480.
Google ученый
Бога Дж. А., Мартин Алонсо Дж. М., Касаис Р., Парра Ф. Иммунизация однократной дозой основным капсидным белком вируса геморрагической болезни кроликов, продуцированным в Saccharomyces cerevisiae , индуцирует защиту.J Gen Virol. 1997, 78: 2315-2318.
CAS PubMed Google ученый
Фарнос О., Буэ О., Парра Ф., Мартин-Алонсо Дж. М., Вальдес О, Джоглар М., Навеа Л., Наранхо П., Ллеонарт Р.: Высокий уровень экспрессии и иммуногенные свойства рекомбинантного вируса геморрагической болезни кроликов VP60. капсидный белок, полученный из Pichia pastoris . J Biotechnol. 2005, 117: 215-224. 10.1016 / j.jbiotec.2005.01.013.
CAS PubMed Google ученый
Mikschofsky H, Hammer M, Schmidtke J, König P, Keil G, Schirrmeier H, Schmidt K, Broer I. Оптимизация показателей роста суспензий свежезаваренной моркови в отношении производства PMP. Растение In vitro Cell Dev Biol. 2009, 45: 740-749. 10.1007 / s11627-008-9189-z.
Google ученый
Castanon S, Marin MS, Martin-Alonso JM, Boga JA, Casais R, Humara JM, Ordas RJ, Parra F: Иммунизация растениями картофеля, экспрессирующими белок VP60, защищает от вируса геморрагической болезни кроликов.J Virol. 1999, 73: 4452-4455.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Mikschofsky H, Schirrmeier H, Keil GM, Lange B, Polowick PL, Keller W., Broer I. Вакцины, полученные из гороха, демонстрируют высокую иммуногенность и защиту кроликов от вируса геморрагической болезни кроликов. Plant Biotechnol J. 2009, 7: 537-549. 10.1111 / j.1467-7652.2009.00422.x.
CAS PubMed Google ученый Астраханьская область
Фернандес-Фернандес М.Р., Мурино М., Ривера Дж., Родригес Ф., Плана-Дюран Дж., Гарсия Дж. А.: Защита кроликов от вируса геморрагической болезни кроликов путем иммунизации белком VP60, экспрессируемым в растениях вектором на основе потивируса. Вирусология. 2001, 280: 283-291. 10.1006 / viro.2000.0762.
CAS PubMed Google ученый
Гил Ф., Титаренко Е., Террада Е., Аркалис Е., Эскрибано Дж. М.: Успешная пероральная первичная иммунизация VP60 от вируса геморрагической болезни кроликов, полученного в трансгенных растениях с использованием различных стратегий слияния.Plant Biotechnol J. 2006, 4: 135-143. 10.1111 / j.1467-7652.2005.00172.x.
CAS PubMed Google ученый
Perez-Filgueira DM, Resino-Talavan P, Cubillos C, Angulo I, Barderas MG, Barcena J, Escribano JM: Разработка недорогой рекомбинантной субъединичной вакцины на основе личинок насекомых против RHDV. Вирусология. 2007, 364: 422-430. 10.1016 / j.virol.2007.03.016.
CAS PubMed Google ученый Вячеслав Вячеславович
Fernandez E, Toledo JR, Chiong M, Parra F, Rodriguez E, Montero C, Mendez L, Capucci L, Farnos O: однократная доза вакцины с вектором аденовируса индуцирует мощный и длительный иммунный ответ против вируса геморрагической болезни кроликов после парентерального или парентерального введения. слизистая оболочка. Vet Immunol Immunopathol. 2011, 142: 179-188. 10.1016 / j.vetimm.2011.05.007.
CAS PubMed Google ученый
Bertagnoli S, Gelfi J, Le Gall G, Boilletot E, Vautherot JF, Rasschaert D, Laurent S, Petit F, Boucraut-Baralon C, Milon A: Защита от миксоматоза и вирусной геморрагической болезни кроликов с рекомбинантной миксомой вирусы, экспрессирующие белок капсида вируса геморрагической болезни кроликов.J Virol. 1996, 70: 5061-5066.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Bertagnoli S, Gelfi J, Petit F, Vautherot JF, Rasschaert D, Laurent S, Le Gall G, Boilletot E, Chantal J, Boucraut-Baralon C: Защита кроликов от вирусной геморрагической болезни кроликов с вакциной -Рекомбинантный вирус RHDV. Вакцина. 1996, 14: 506-510. 10.1016 / 0264-410Х (95) 00232-П.
CAS PubMed Google ученый Вячеслав Вячеславович
Fischer L, Le Gros FX, Mason PW, Paoletti E: Рекомбинантный вирус оспы канареек защищает кроликов от заражения вирусом смертельной геморрагической болезни кроликов (RHDV). Вакцина. 1997, 15: 90-96. 10.1016 / S0264-410X (96) 00102-8.
CAS PubMed Google ученый
Barcena J, Morales M, Vazquez B, Boga JA, Parra F, Lucientes J, Pages-Mante A, Sanchez-Vizcaino JM, Blasco R, Torres JM: горизонтальная трансмиссивная защита от миксоматоза и геморрагической болезни кроликов с помощью с использованием рекомбинантного вируса миксомы.J Virol. 2000, 74: 1114-1123. 10.1128 / JVI.74.3.1114-1123.2000.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Calvete C, Estrada R, Lucientes J, Osacar JJ, Villafuerte R: Влияние вакцинации против вирусной геморрагической болезни и миксоматоза на уровень долгосрочной смертности европейских диких кроликов. Vet Rec. 2004, 155: 388-392. 10.1136 / vr.155.13.388.
CAS PubMed Google ученый Астрахань
Calvete C, Estrada R, Osacar JJ, Lucientes J, Villafuerte R: Краткосрочные негативные эффекты кампаний вакцинации против миксоматоза и вирусной геморрагической болезни (VHD) на выживаемость европейских диких кроликов. J Wild Manage. 2004, 68: 198-205. 10.2193 / 0022-541X (2004) 068 [0198: SNEOVC] 2.0.CO; 2.
Google ученый
Руководство ОТ: Геморрагическая болезнь кроликов. Office International des Epizooties. 2010, 1-15.
Google ученый Астрахань
Cabezas S, Calvete C, Moreno S: Успех вакцинации и состояние тела европейского дикого кролика: применение для стратегий сохранения. J Wild Manage. 2006, 70: 1125-1131. 10.2193 / 0022-541X (2006) 70 [1125: VSABCI] 2.0.CO; 2.
Google ученый
Фарнос О., Родригес М., Чионг М., Парра Ф., Буэ О., Лоренцо Н., Колас М., Ллеонарт Р.: рекомбинантный белок VP60 вируса геморрагической болезни кролика, полученный из Pichia pastoris , индуцирует сильную гуморальную и клеточную -опосредованный иммунный ответ после интраназальной иммунизации мышей.Vet Microbiol. 2006, 114: 187-195. 10.1016 / j.vetmic.2005.11.062.
CAS PubMed Google ученый
Мартин-Алонсо Дж. М., Кастанон С., Алонсо П., Парра Ф., Ордас Р. Оральная иммунизация с использованием экстрактов клубней из трансгенных растений картофеля, экспрессирующих капсидный белок вируса геморрагической болезни кроликов. Transgenic Res. 2003, 12: 127-130. 10.1023 / А: 1022112717331.
CAS PubMed Google ученый
Пешев Р., Христова Л.: Эффективность бивалентной вакцины против вируса пастереллеза и геморрагической болезни кроликов. Vet Res Commun. 2003, 27: 433-444.
CAS PubMed Google ученый
El Mehdaoui S, Touze A, Laurent S, Sizaret PY, Rasschaert D, Coursaget P: Перенос генов с использованием капсидов рекомбинантного вируса геморрагической болезни кроликов с генетически модифицированной способностью инкапсидации ДНК путем добавления упаковывающих последовательностей из l1 или l2 белок вируса папилломы человека 16 типа.J Virol. 2000, 74: 10332-10340. 10.1128 / JVI.74.22.10332-10340.2000.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый
Peacey M, Wilson S, Baird MA, Ward VK: Универсальные вирусоподобные частицы RHDV: включение антигенов путем генетической модификации и химической конъюгации. Biotechnol Bioeng. 2007, 98: 968-977. 10.1002 / бит. 21518.
CAS PubMed Google ученый
Peacey M, Wilson S, Perret R, Ronchese F, Ward VK, Young V, Young SL, Baird MA: вирусоподобные частицы из вируса геморрагической болезни кроликов могут вызывать противоопухолевый ответ. Вакцина. 2008, 26: 5334-5337. 10.1016 / j.vaccine.2008.07.074.
CAS PubMed Google ученый
Вин С.Дж., Уорд В.К., Данбар П.Р., Янг С.Л., Бэрд М.А.: перекрестная презентация эпитопов на вирусоподобных частицах через путь рециклинга рецепторов MHC I.Immunol Cell Biol. 2011, 89: 681-688. 10.1038 / icb.2010.161.
CAS PubMed Google ученый
Crisci E, Almanza H, Mena I, Cordoba L, Gomez-Casado E, Caston JR, Fraile L, Barcena J, Montoya M: химерные калицивирусоподобные частицы вызывают защитный антивирусный цитотоксический ответ без адъюванта. Вирусология. 2009, 387: 303-312. 10.1016 / j.virol.2009.02.045.
CAS PubMed Google ученый
Young SL, Wilson M, Wilson S, Beagley KW, Ward V, Baird MA: чрескожная вакцинация вирусоподобными частицами. Вакцина. 2006, 24: 5406-5412. 10.1016 / j.vaccine.2006.03.052.
CAS PubMed Google ученый
Tunon MJ, Sanchez-Campos S, Garcia-Ferreras J, Alvarez M, Jorquera F, Gonzalez-Gallego J: Геморрагическая вирусная болезнь кроликов: характеристика новой модели фульминантной печеночной недостаточности на животных. J Lab Clin Med.2003, 141: 272-278. 10.1067 / mlc.2003.30.
PubMed Google ученый
Tunon MJ, Alvarez M, Culebras JM, Gonzalez-Gallego J: Обзор животных моделей для исследования патогенеза и терапевтических стратегий при острой печеночной недостаточности. Мир Дж. Гастроэнтерол. 2009, 15: 3086-3098. 10.3748 / wjg.15.3086.
PubMed Central CAS PubMed Google ученый Сибирский Магистр Сибирский
Санчес-Кампос С., Альварес М., Кулебрас Дж. М., Гонсалес-Галлего Дж., Тунон М.Дж .: Патогенные молекулярные механизмы в животной модели молниеносной печеночной недостаточности: геморрагическая вирусная болезнь кроликов. J Lab Clin Med. 2004, 144: 215-222. 10.1016 / j.lab.2004.07.006.
CAS PubMed Google ученый
Сан-Мигель Б., Альварес М., Кулебрас Дж. М., Гонсалес-Галлего Дж., Тунон М. Дж.: N-ацетил-цистеин защищает печень от апоптозной смерти на животной модели молниеносной печеночной недостаточности.Апоптоз. 2006, 11: 1945–1957. 10.1007 / s10495-006-0090-0.
CAS PubMed Google ученый
Гарсия-Ластра Р., Сан-Мигель Б., Креспо I, Хоркера Ф., Альварес М., Гонсалес-Гальего Дж., Тунон М.Дж .: Сигнальные пути, участвующие в повреждении и регенерации печени при геморрагической болезни кроликов, животная модель вирусная фульминантная печеночная недостаточность. Vet Res. 2010, 41: 2-10.1051 / vetres / 2009050.
PubMed Google ученый Вячеслав Ашхабадский.
Crespo I, Miguel BS, Laliena A, Alvarez M, Culebras JM, Gonzalez-Gallego J, Tunon MJ: Мелатонин предотвращает снижение активности антиоксидантных ферментов и активирует передачу сигналов фактора 2, связанного с ядерным эритроидом 2, на животной модели молниеносной печеночной недостаточности вирусного происхождения. J Pineal Res. 2010, 49: 193-200.
CAS PubMed Google ученый
Tunon MJ, San Miguel B, Crespo I, Jorquera F, Santamaria E, Alvarez M, Prieto J, Gonzalez-Gallego J: Мелатонин ослабляет апоптотическое повреждение печени при молниеносной печеночной недостаточности, вызванной вирусом геморрагической болезни кроликов.J Pineal Res. 2011, 50: 38-45. 10.1111 / j.1600-079X.2010.00807.x.
CAS PubMed Google ученый
Бернал В., Озингер Дж., Дхаван А., Вендон Дж .: Острая печеночная недостаточность. Ланцет. 2010, 376: 190-201. 10.1016 / S0140-6736 (10) 60274-7.
PubMed Google ученый
Феррейра П.Г., Коста ЕКА, Монтейро Э., Оливейра М.Дж., Агуас А.П.: Ферменты и ультраструктура печени при геморрагической болезни кроликов (RHD).Vet Res Commun. 2006, 30: 393-401. 10.1007 / s11259-006-3297-1.
CAS PubMed Google ученый
Феррейра П.Г., Коста-э-Силва А., Оливейра М.Дж., Монтейро Е., Кунья Е.М., Агуас А.П.: Тяжелая лейкопения и изменения биохимии печени у взрослых кроликов после заражения калицивирусом. Res Vet Sci. 2006, 80: 218-225. 10.1016 / j.rvsc.2005.05.007.
CAS PubMed Google ученый
Рамиро-Ибаньес Ф., Мартин-Алонсо Дж. М., Гарсия Паленсия П., Парра Ф., Алонсо К. Тропизм макрофагов вируса геморрагической болезни кроликов связан с патологией сосудов. Virus Res. 1999, 60: 21-28. 10.1016 / S0168-1702 (98) 00144-0.
PubMed Google ученый
Неоднородность ответа на блокаду иммунных контрольных точек в гипермутированных экспериментальных глиомах
Мыши
Мышей дикого типа C57Bl / 6 J были приобретены в Charles River или Janvier Laboratories в возрасте 6–8 недель.Процедуры на животных выполнялись в соответствии со всеми соответствующими этическими нормами для испытаний и исследований на животных и были одобрены государственными органами (региональным административным органом Карлсруэ, Германия). Для дальнейших экспериментов использовали мышей соответствующего пола и возраста. Если не указано иное, для экспериментов использовали самок мышей. Возраст всех мышей составлял 7–12 недель. Мышей содержали в условиях отсутствия специфических патогенов (SPF) в животноводческом учреждении DKFZ Heidelberg.
Культура клеток
Клетки Gl261 были приобретены в Национальном институте рака. Клетки Gl261 культивировали в среде Игла, модифицированной Дульбекко (DMEM), с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS), 100 ЕД мл -1 пенициллина и 100 мкг мл -1 стрептомицина (Sigma-Aldrich) при 37 ° C. , 5% CO 2 . Клетки Gl261 обычно тестировали на заражение вирусами, микоплазмами и немышиными клетками с помощью теста множественного заражения клеток (Multiplexion GmbH) 41 .Первичные мышиные Т-клетки и миелоидные клетки культивировали в RPMI-1640 (Sigma-Aldrich) с 10% FBS, 100 ед. Мл -1 пенициллина, 100 мкг мл -1 стрептомицина, 25 мМ Hepes pH 7,4, 1 мМ натрия пируват, 5 × 10 -5 М 2-меркаптоэтанол (Sigma-Aldrich) и 2 мМ L-глутамин (Thermo Fisher) при 37 ° C, 5% CO 2 .
Прививка опухолевых клеток Gl261 и повторное испытание опухоли
Всего 1 × 10 5 опухолевых клеток Gl261 разводили в 2 мкл стерильного фосфатно-солевого буфера (PBS; Sigma-Aldrich) и стереотаксически имплантировали в правое полушарие 7– Самки мышей C57Bl / 6 J в возрасте 9 недель (координаты: 2 мм справа от брегмы и 1 мм впереди коронарного шва с глубиной инъекции на 3 мм ниже поверхности твердой мозговой оболочки) с использованием микрошприца Hamilton на 10 мкл. управляется тонким ступенчатым стереотаксическим устройством (Stoelting).Инокуляцию опухолевых клеток проводили под анестезией, и мыши получали анальгетики в течение 2 дней после операции. Мышей ежедневно проверяли на наличие симптомов, связанных с опухолью, и умерщвляли, когда бремя опухоли и критерии остановки были выполнены или у мышей проявлялись признаки неврологического дефицита. Для экспериментов по повторному заражению опухолью самцам мышей C57Bl / 6 J в возрасте 7–9 недель (Charles River) внутричерепно инъецировали 100000 клеток Gl261, и мышей лечили анти-PD-1 + анти-CTLA-4 на 14, 17 день. и 20 после инокуляции. Рост опухоли контролировали с помощью МРТ на 14, 21, 29, 42, 70 и 78 день после инокуляции.Отвечающим мышам повторно вводили 1 × 10 5 клеток Gl261 путем внутричерепной инъекции в контралатеральное полушарие на 57 день после инокуляции, как описано выше. Кроме того, 1 × 10 5 клеток Gl261 инъецировали контрольной группе из пяти наивных мышей C57Bl / 6J, совпадающих по возрасту и полу. Мышей ежедневно проверяли на наличие симптомов, связанных с опухолью, и умерщвляли, когда бремя опухоли и критерии остановки были выполнены или у мышей проявлялись признаки неврологического дефицита. За мышами наблюдали в течение 63 дней после повторного заражения опухолью (120 дней после первой инъекции опухоли), а выживаемость анализировали с помощью кривых выживаемости Каплана-Мейера с использованием лог-рангового критерия Мантела-Кокса.
Антитела in vivo
Для иммунной контрольной терапии, 100 мкг анти-CTLA-4 (9D9, BioXCell) на мышь и 250 мкг анти-PD-1 (RMP1-14, BioXCell) на мышь или эквивалентные дозы контрольных антител изотипа (MCP-11 и 2A3, BioXCell) вводили внутрибрюшинной (ip) инъекцией в 200 мкл PBS на 13, 16 и 19 день после инокуляции опухоли. Блокаду PD-L1 (200 мкг на мышь 10 изотипа F.9G2 или LTF-2 контроль изотипа, BioXCell) выполняли с помощью i.p. инъекция в сочетании с терапией анти-PD-1 и анти-CTLA-4 на 13, 16 и 19 день после инокуляции опухоли.Для монотерапии PD-1 мышей C57Bl / 6 J лечили 250 мкг анти-PD-1 или изотипическим контролем (C) на 10, 13 и 16 день, а рост опухоли контролировали с помощью МРТ на 10, 17 и день. 24 после интракраниальной инъекции опухоли Gl261. Для блокады Т-лимфоцитов CD4 1000 мкг изотипа антител GK1.5 или LTF-2 на мышь вводили внутрибрюшинно. инъекция на 13 и 20 сутки после инъекции опухоли. Блокаду Т-лимфоцитов CD8 проводили с использованием 500 мкг антител изотипа CD8 2,43 или LTF-2 на мышь на 13, 17, 20 и 24 день после инокуляции опухоли.В экспериментах по блокированию CD4 и CD8 ICB с анти-PD-1 и анти-CTLA-4 выполняли на 15, 18 и 21 день после инокуляции, чтобы учесть истощение Т-клеток перед началом терапии. Эффективность истощения CD4 и CD8 была подтверждена до и во время терапии иммунными контрольными точками (каждый третий день) с помощью анализа лимфоцитов периферической крови с помощью проточной цитометрии и анализа TIL с помощью терминальной проточной цитометрии. Для блокады CSF1R 250 мкг антитела изотипа AFS98 или 2A3 на мышь вводили внутрибрюшинно. инъекция на 11, 14, 17, 20, 23 и 25 день после инъекции опухоли.ICB с анти-PD-1 и анти-CTLA-4 в сочетании с истощением CSF1R выполняли на 13, 16 и 19 день после инокуляции.
Эксперименты по выживанию
Для экспериментов по выживанию 1 × 10 5 Gl261 опухолевые клетки были имплантированы в правое полушарие самкам мышей C57Bl / 6 J в возрасте 7–9 недель, как описано выше. Мышей лечили анти-PD-1 + анти-CTLA-4 или изотипическим контролем на 13, 16 и 19 день после инокуляции, а МРТ выполняли на 13, 19 и 26 день, как описано выше.Мышей ежедневно проверяли на наличие симптомов, связанных с опухолью, и умерщвляли, когда бремя опухоли и критерии остановки были выполнены или у мышей проявлялись признаки неврологического дефицита. Для данных о выживаемости были объединены данные двух независимых экспериментов.
Визуализация опухоли и критерии ответа
МРТ опухолей Gl261 была проведена на 13, 19 и 26 день после инокуляции опухоли на ЯМР-сканере для мелких животных с горизонтальным отверстием 9,4 Тесла (BioSpec 94/20 USR, Bruker BioSpin GmbH) с четырехканальным сканером. -канальная поверхностная приемная катушка с фазированной решеткой.МРТ проводилась под ингаляционной анестезией изофлураном. На 13 день после инокуляции мышей группировали в соответствии с размером опухоли. Объемы и диаметры опухолей были получены из стандартных T2-взвешенных последовательностей (TE: 33 мс; TR: 2500 мс), и объем опухоли был вручную сегментирован в программном обеспечении для визуализации Osirix или ITKsnap слепым способом относительно условий лечения. Ответ на лечение оценивали аналогично клинически установленным критериям оценки иммунологического ответа в нейроонкологии (iRANO) 15 .В частности, CR был определен как относительное увеличение объема поражения MRI1 – MRI3 (% V MRI3 – MRI1 ) на –100%, PR как% V MRI3 – MRI1 ≤ –65,0% и / или% V MRI3 – MRI2 ≤ –65,0%, SD как% V MRI3 – MRI1 > −65% и <+ 40%, а PD как% V MRI3 – MRI1 ≥ + 40%. Мышей с неподтвержденным прогрессированием между MRI2 и MRI3 определяли как SD, если опухоли регрессировали по крайней мере на 30% между MRI2 и MRI3 (% V MRI3 – MRI2 ≤ -30.0%). Критерии PD (NR) были соблюдены, если объем опухоли увеличился на> = 40% между MRI1 и MRI3 (что соответствует 25% увеличению биперпендикулярного диаметра, требуемому критериями iRANO, при условии сферической конфигурации опухоли). Мыши с CR, PR или SD были определены как мыши R. Для валидации T2-взвешенной оценки ответа на основе МРТ данные визуализации T2-w мышей, получавших ICB и контрольной группы, сравнивали с мониторингом T1-w (параметры T1-w: после в / в введения 0,01 ммоль Гадотерная кислота: РЕДКО, коронарная получение, размер матрицы 200 × 200, TE 6 мс, TR 1000 мс, два средних значения, угол поворота 90 °, угол перефокусировки 180 °, разрешение; 100 мкм × 100 мкм, толщина среза 0.7 мм).
Обнаружение радиомной сигнатуры и прогнозирование ответа
Радиомный анализ данных МРТ был выполнен с установленным рабочим процессом, как описано ранее 42,43 . Вкратце, радиомные характеристики были рассчитаны на основе Т2-гиперинтенсивного объема опухоли из первой МРТ и изменения характеристик между первой и второй МРТ для обнаружения радиомной сигнатуры (дополнительные данные 1). На основе этих радиомных характеристик ( n = 423 с каждой временной точки) были построены модели машинного обучения с повышением градиента для прогнозирования неудачи лечения на третьей МРТ.Производительность модели оценивалась с использованием пятикратной перекрестной проверки. Более подробно, объемы повреждений (исходные объемы повреждений MRI1, объемы MRI2 во время лечения и объемы повреждений MRI3 после лечения) были сегментированы на T2-взвешенной МРТ-визуализации с использованием алгоритма сегментации по росту области, реализованного в ITK-SNAP (www.itksnap. org). Радиомные характеристики были рассчитаны на основе этих масок сегментации опухолей на основе Т2-взвешенной МРТ-визуализации для каждой мыши из обеих временных точек с использованием набора инструментов взаимодействия с медицинской визуализацией (MITK, www.mitk.org) 44 . Это включало (i) 146 элементов первого порядка (ii) 33 элемента объема и формы, (iii) 200 элементов текстуры и 44 элемента кривизны (CF). Затем набор радиомных характеристик, состоящий из всех характеристик из МРТ1, а также абсолютной разницы в каждой радиомной характеристике между временными точками МРТ1 и МРТ2, был использован в качестве входных данных для прогнозного моделирования неудачи лечения (т. Е. Прогнозирования ответа «да» или «нет»). в MRI3 (реализовано с использованием R версии 3.5.1 (R Foundation for Statistical Computing, Вена, Австрия) с библиотекой каретки 45 ).Все радиомные характеристики были нормализованы по шкале z (т.е. были преобразованы в среднее значение 0 и стандартное отклонение, равное 1). Прогностическое моделирование выполнялось с использованием алгоритма машинного обучения с повышением градиента, который итеративно создает ансамбль изучающих слабое дерево решений посредством повышения для формирования единой сильной прогнозирующей модели (параметры настройки (итераций повышения, максимальной глубины дерева, сжатия и минимального конечного узла). size) были автоматически оптимизированы с помощью процедур повторной выборки).Эффективность классификатора повышения градиента оценивалась на основе двукратной повторной пятикратной процедуры перекрестной проверки. Удерживаемые прогнозы в каждой из итераций повторной выборки использовались для расчета точности, площади под рабочими характеристиками приемника (ROC), чувствительности, специфичности, скорости отсутствия информации (наибольший процент класса для каждого молекулярного параметра, т. Е. Прогноз или точность случайно), и проверка гипотезы (с использованием функции binom.test), чтобы оценить, превышает ли степень точности скорость отсутствия информации. P <0,05 считались значимыми.
Анализ мутаномов Опухоли Gl261
ДНК из опухолевой ткани Gl261 мышей R и NR экстрагировали с использованием мини-набора ДНК-ткани INVISORB ® (STRATEC Biomedical AG) в соответствии с инструкциями производителя. Загрязнение РНК устраняли расщеплением РНКазой 10 мг / мл -1 РНКазы при комнатной температуре (RT) в течение 5 минут (Sigma-Aldrich). Секвенирование экзома выполняли на платформе Illumina NextSeq500 (Illumina Inc, Сан-Диего, Калифорния.) с использованием проточной кюветы с высоким выходом (75 нт считывает парный конец + индекс 8 нт). Систему обогащения мишеней SureSelectXT (Agilent Technologies) использовали для создания библиотеки в соответствии с инструкциями производителя. Чтобы преобразовать формат данных секвенирования, зависящий от производителя, сгенерированный Illumina NextSeq500, в стандартный формат файла, использовался инструмент Illumina bcl2fastq (v2.15.0.4) 46 . Для проверки качества чтения последовательности были созданы отчеты с помощью инструмента fastqc (v0.10.1) 47 . После проверки качества выравнивание было выполнено с помощью bwa mem (v0.7.5) 48 и эталонный геном мыши GRCm38.68. Picard-tools (v1.105) 49 использовались для удаления дубликатов из файлов выравнивания. Сортировка и индексация этих файлов выполнялись с помощью samtools (v0.1.19) 50 . Впоследствии варианты были вызваны программой samtools mpileup (v0.1.19) для однонуклеотидных вариантов и platypus (v0.7.9.1) 51 для вставок и делеций. Основные аннотации названных вариантов были выполнены с помощью annovar (v2013-08-23) 52 .
Эксперименты с опухолью B16
Клетки меланомы B16 были любезно предоставлены Günther J. Hämmerling (Отдел молекулярной иммунологии, DKFZ Heidelberg). Клетки B16 культивировали в среде DMEM с добавлением 10% FBS, 100 мкг мл -1 пенициллина и 100 мкг мл -1 стрептомицина (Sigma-Aldrich) при 37 ° C, 5% CO 2 . Клетки B16 обычно тестировали на заражение вирусами, микоплазмами и немышиными клетками с помощью теста на множественное загрязнение клеток (Multiplexion GmbH) 41 .Для инокуляции опухолевых клеток B16 суспензию клеток в PBS смешивали с равным объемом Matrigel® Basement Membrane Matrix (Corning®) и 5 × 10 4 клеток в 200 мкл суспензии клеточного матрикса вводили подкожно в правый бок Мыши C57BL / 6 J. Рост опухоли контролировали путем двумерных измерений с помощью штангенциркуля (площадь: ширина × длина). Всего 100 мкг на мышиный анти-CTLA-4 (9D9, BioXCell) и 250 мкг на мышиный анти-PD-1 (RMP1-14, BioXCell) или эквивалентные дозы контрольных антител изотипа (MCP-11 и 2A3, BioXCell) были я.п. вводили в 200 мкл PBS на 7, 10 и 13 день после инокуляции опухоли. Анализ проточной цитометрии инфильтрирующих опухоль и периферических иммунных клеток проводили на 15 день после инокуляции.
CD3 Immunohistochemistry
Мышей умерщвляли перфузией сердца с PBS, иссеченный мозг помещали в Tissue-Tek® O.C.T.TM (Sakura) и быстро замораживали в холодном 2-метилбутане (Sigma-Aldrich) на сухом льду. Свежезамороженные срезы окрашивали на CD3 кроличьими антителами против CD3 человека / мыши 1: 100 (Dako; A 0452).Вкратце, криосрезы фиксировали 4,5% параформальдегидом, а гашение эндогенной пероксидазы выполняли 0,3% H 2 O 2 . Срезы дополнительно промывали и блокировали 4% нормальной козьей сывороткой в PBS при комнатной температуре в течение 1 часа. CD3 окрашивали при 4 ° C в течение ночи, и инкубацию вторичных антител проводили с биотинилированным козьим антикроличьим IgG (1: 200; Vector; BA-1000) в 4% нормальной козьей сыворотке в течение 45 минут при комнатной температуре. После промывки PBS на 30 мин наносили VECTASTAIN Elite ABC HRP Kit (Vector) при комнатной температуре.Предметные стекла промывали PBS и проявляли 3,3′-диаминобензидином (DAB; Dako;). Реакцию останавливали с помощью dH 2 O. Криосрезы дополнительно окрашивали гематоксилином в течение 3 минут при комнатной температуре и проявляли в водопроводной воде в течение 10 минут. Срезы тканей промывали dH 2 O с последующей дегидратацией 70% EtOH, 96% EtOH и 100% EtOH. Слайды очищали трижды с помощью Histo-Clear при комнатной температуре в течение 3 мин и помещали в среду histomount. Изображения были получены на Zeiss Cell Observer с использованием программного обеспечения ZEN.Количественный анализ количества CD3 + Т-клеток на мм² площади опухоли выполняли с помощью ImageJ.
Секвенирование TCR и анализ GLIPH
ДНК из образцов TIL экстрагировали с помощью QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen; 56304) в соответствии с инструкциями производителя. Секвенирование TCRβ выполняли с использованием технологии секвенирования TCRβ CDR3 Adaptive Biotechnologies® (иммуноSEQTM Kit; Adaptive Biotechnologies; Сиэтл; Вашингтон) 53,54 . Образцы секвенировали на платформе Illumina NextSeq500 (Illumina Inc, Сан-Диего, Калифорния.) с использованием выходной проточной кюветы MID (156nt считываний + 15nt Index). Данные были проанализированы с помощью набора инструментов анализатора ImmunoSEQ и представлены в виде продуктивных аминокислотных последовательностей. Клональность оценивалась по процентной доле десяти наиболее часто встречающихся клонов всех идентифицированных продуктивных последовательностей или продуктивной клональности. Анализ сходства последовательностей выполняли с использованием анализа R GLIPH, адаптированного из Glanville et al. 55 . Последовательности TCR здоровой селезенки и тимуса мышей C57BL / 6 J использовали в качестве эталонной базы данных.
Обработка селезенки, крови и опухолевой ткани
Селезенки вырезали и дважды помещали в сетку через сетчатый фильтр для клеток 70 мкм для получения суспензии отдельных клеток, а эритроциты лизировали буфером ACK, содержащим 150 мМ NH 4 Cl, 10 мМ KHCO 3 и 100 мкМ Na 2 ЭДТА. Образцы крови получали с помощью подчелюстной вены (мониторинг иммунных клеток во время экспериментов) или пункции сердца при глубокой анестезии (анализ конечных иммунных клеток) и собирали в шприцы или пробирки, покрытые 0.5 М ЭДТА. Эритроциты лизировали буфером ACK, клетки дважды промывали и дополнительно обрабатывали для анализа проточной цитометрии. Для выделения TIL мышам производили кардиальную перфузию при глубокой анестезии. При опухолях Gl261 иссекали правое полушарие и удаляли мозжечок. Для опухолей B16 иссекали боковые опухоли. Опухоли B16 и полушария, несущие Gl261, механически вскрывали и ферментативно расщепляли в HBSS (Sigma-Aldrich, 11088866001) с добавлением 50 мкг мл -1 Liberase DL (Roche) при медленном вращении при 37 ° C в течение 30 мин.Затем клетки просеивали через сетчатый фильтр для клеток 100 мкм и 70 мкм, окрашивали и анализировали проточной цитометрией. Для клеточных суспензий Gl261 клетки очищали с использованием гранул для удаления миелина II (Miltenyi Biotec; 130-096) в соответствии с инструкциями производителя.
Проточная цитометрия
Для окрашивания внутриклеточных цитокинов клетки инкубировали с 5 мкг мл -1 Брефельдин A (Sigma-Aldrich) в течение 5 часов при 37 ° C, 5% CO 2 , чтобы обеспечить внутриклеточное обогащение цитокинов. .Суспензии опухолей головного мозга и клеток селезенки блокировали анти-CD16 / CD32 (eBioscience; 93; 14-0161), а внеклеточные мишени окрашивали при 4 ° C в течение 30 минут (дополнительные данные 2). Внутриклеточные антигены фиксировали, пермеабилизировали и окрашивали с использованием набора буферов для окрашивания FOXP3 / фактора транскрипции (eBioscience; 00-5523) и антител, перечисленных в дополнительных данных 2. Окрашивание внутриклеточных мишеней проводили в течение 45 минут при 4 ° C. Окрашенные лимфоциты анализировали с помощью FACS Canto II (BD Biosciences; Германия) или Attune NxT (Thermo Fisher; Германия).Для анализа данных использовались FlowJo V9 или V10. Многопараметрические данные FACS были созданы на FACSSymphony (BD Biosciences) с использованием антител, описанных в дополнительных данных 2. Данные были компенсированы, экспортированы (FlowJo V10), выгружены и нормализованы с использованием Cyt3 (Matlab_R2018b). Новые сгенерированные файлы FCS были загружены в Rstudio (версия 1.1.463). t SNE (отображение случайным образом выбранных событий из всех различных условий) и FlowSOM (события из каждого условия) были выполнены, как описано Brumelman et al. 56 .
Фагоцитоз Ex vivo
Для выделения клеток CD11b + опухолей Gl261 от мышей ICB R, ICB NR и C миелин удаляли из суспензии одноклеточных опухолей с помощью шариков для удаления миелина II (Miltenyi Biotec; 130-096 ) согласно инструкции производителя. Впоследствии клетки CD11b + очищали с использованием набора для позитивной селекции MagniSort ™ Mouse CD11b (eBioscience; 8802-6860-74). Фагоцитоз ex vivo клеток CD11b + оценивали, как описано ранее 22 .Вкратце, клетки CD11b + высевали на 96-луночные планшеты со сверхнизким прикреплением (Corning) и инкубировали при 37 ° C, 5% CO 2 в течение 20 минут, чтобы клетки оставались в покое. Затем клетки CD11b + культивировали при 37 ° C, 5% CO 2 в течение 2 часов с pHrodo ™ -red Staphylococcus aureus BioParticles (Thermo Fisher), красным, в соответствии с инструкциями производителя. Фагоцитоз оценивали методом проточной цитометрии для pHrodo-red + клеток макрофагов (CD45 высокий CD11b + клетки) и микроглии (CD45 низкий CD11b + клеток).PD-L1 блокировался во время инкубации с pHrodo ™, красным S . aureus BioParticles с 20 мкг мл -1 анти-PD-L1 (10 F.9G2; BioXCell).
Апоптоз внутриопухолевых макрофагов
Макрофаги (CD45 высокий CD11b + ) ICB R и ICB NR были окрашены аннексином V-FITC (BioVision, 1: 100) и DAPI (1: 250, Invitrogen, Carlsbad, США) в связывающем буфере аннексина V (eBioscience, Германия) при комнатной температуре в течение 15 мин и анализировали с помощью BD-FACS Canto II.Ранний апоптоз определяли по положительному результату на аннексин V. Поздний апоптоз был определен как двойная положительность аннексина V и DAPI.
Мониторинг иммунных клеток крови
Образцы крови мышей, получавших ICB, собирали на 15 и 21 день после инокуляции Gl261 с помощью пункции подчелюстной вены и собирали в пробирки, покрытые 0,5 М EDTA. Эритроциты лизировали буфером ACK, содержащим 150 мМ NH 4 Cl, 10 мМ KHCO 3 и 100 мкМ Na 2 EDTA. Клетки дважды промывали PBS и дополнительно обрабатывали для анализа проточной цитометрии.
Массив цитокинов плазмы
Образцы крови собирали пункцией подчелюстной вены, а плазму получали центрифугированием при 2000 × g , КТ в течение 10 мин. Анализ цитокинов плазмы проводили с объединенными образцами плазмы в равных соотношениях для пяти мышей на группу в соответствии с инструкциями производителя (Proteome Profiler ™ Array Mouse Cytokine Array Panel A; R&D Systems; ARY006). Образцы измеряли на системе считывания блот-ридеров ChemiDocTM MP (BioRad; Hercules, Калифорния.). Для анализа данных использовались ImageJ 1.48 и набор инструментов Gilles Carpentier Protein Array Analyzer для ImageJ.
Подавление Т-клеток ex vivo и in vitro
Для анализов подавления Т-клеток ex vivo и in vitro Т-клетки очищали из селезенки наивных мышей C57BL / 6 J с использованием набора для обогащения Т-клеток MagniSort ™ Mouse (eBioscience; 8802- 6820), меченный 5 мкМ сукцинимидилового эфира карбоксифлуоресцеина (CFSE; Thermo Fisher; C34570) и предварительно активированный перед совместным культивированием миелоидных клеток со связанным с планшетом 0.1 мкг мл -1 анти-CD3 (145-2C11; eBioscience;) и 1 мкг мл -1 анти-CD28 (37,51; Biolegend) при 37 ° C, 5% CO 2 в течение 16-18 часов . Анализ супрессии Т-клеток ex vivo с опухоль-ассоциированными миелоидными клетками был адаптирован из De Henau et al. 18 . Вкратце, миелоидные клетки, ассоциированные с Gl261, были выделены из мышей ICB R, ICB NR и C. С этой целью суспензии отдельных клеток полушарий, несущих опухоль, подвергали удалению миелина (шарики для удаления миелина II; Miltenyi Biotec; 130-096), а клетки CD11b + очищали с помощью MACS с использованием набора для позитивной селекции MagniSort ™ Mouse CD11b. (Электронная наука; 8802-6860).Gl261-ассоциированные клетки CD11b + культивировали совместно с предварительно активированными Т-клетками в соотношении 1: 1 (2,5 × 10 4 CD3 + Т-клетки и 2,5 × 10 4 CD11b + миелоидных клеток). клетки) в среде для пролиферации Т-клеток мыши при 37 ° C, 5% CO 2 в течение 72 часов. Пролиферацию Т-клеток исследовали по средней интенсивности флуоресценции CFSE живых CD3 + CD8 + и живых CD3 + CD4 + Т-клеток и проценту клеток на деление клетки.
Цитотоксичность TIL ex vivo
Для анализа цитотоксичности ex vivo TIL ICB R, ICB NR и C Gl261 применяли анализ высвобождения лактатдегидрогеназы (LDH) (Promega; G1780). Всего 5 × 10 3 клеток Gl261 высевали на 96-луночные планшеты с плоским дном и инкубировали при 37 ° C, 5% CO 2 в течение ночи, чтобы обеспечить прилипание опухолевых клеток. Для выделения и очистки TIL из опухолей Gl261, обработанных ICB R, ICB NR и C, на 27 день после инокуляции полушария, несущие опухоль, обрабатывали до суспензий единичных клеток, и TIL очищали с помощью гранул для удаления миелина II (Miltenyi Biotec; 130-096) и набор для позитивного отбора CD3 для мыши MagniSort ™ Mouse (eBioscience; 8802-6840) в соответствии с инструкциями производителя.Очищенные TIL культивировали совместно с клетками Gl261 в соотношении 10: 1 (5 × 10 4 CD3 + T — 5 × 10 3 Gl261 клеток) при 37 ° C, 5% CO 2 для 4 ч. Для анализа цитотоксичности было объединено 4–5 образцов ICB R, ICB NR и C TIL на группу. Высвобождение ЛДГ из TIL-опосредованного уничтожения Gl261 оценивали с помощью набора CytoTox 96® Non-Radioactive Cytotoxicity Kit (Promega) в соответствии с инструкциями производителя, а OD измеряли на ридере iMark TM Microplate (BioRad; Hercules, Калифорния.) при 490 нм. Значения корректировали на спонтанное высвобождение эффекторных клеток и ЛДГ-мишеней и фон среды для культивирования клеток. Данные представлены как лизис опухолевых клеток относительно положительного контроля лизиса Gl261.
Анализ NanoString и сигнатуры воспалительных генов
РНК из FACS-сортированных макрофагов (CD45 высокий CD11b + ) опухолей Gl261 мышей ICB R и ICB NR экстрагировали с использованием набора для выделения РНК PicoPureTM (Arcturus; KIT0202) и гена Анализ экспрессии выполняли с использованием панели иммунологии мышей nCounter (NanoString; XT-CSO-MIM1-12) с технологией nCounter NanoString ™ (NanoString Technologies; Сиэтл, Вашингтон) 57 .Ввод РНК на образец составлял 25 нг. Анализ данных проводился с помощью nSolver 3.0. Маркер для сигнатур про- и противовоспалительных генов был выбран в соответствии с ранее описанным маркером. Показатели сигнатуры генов рассчитывали как среднее геометрическое значение экспрессии каждого гена. Контрольные и малочисленные гены были удалены из матрицы подсчета NanoString с последующей скалярной нормализацией и моделированием дисперсии 58,59 . Анализ дифференциальной экспрессии генов выполняли с помощью скорректированной модерированной модели линейной регрессии 60 eBayes.Сигнатуры про- и противовоспалительных метагенов были сгенерированы из ранее сообщенных маркеров (дополнительная таблица 1), а среднее геометрическое было оценено в каждом образце для различных сигнатур.
Анализ CIBERSORT глиобластомы человека
Анализ CIBERSORT применяли к данным экспрессии ткани GBM до ICB (пембролизумаб / ниволумаб) из Zhao et al. 25 . Данные экспрессии из образцов GBM, которые были получены более чем за 6,5 месяцев до первой терапии ICB (пембролизумаб / ниволумаб), были исключены.Классификация ответов пациентов была адаптирована из Zhao et al. 25 . Более подробно, критерии ответа были соблюдены, когда образцы после терапии ингибитором PD-1 демонстрировали признаки псевдопрогрессии (воспалительный ответ с очень небольшим количеством опухолевых клеток или их отсутствие) или стабильные или постоянно уменьшающиеся опухолевые поражения в течение как минимум 6 месяцев, как обнаружено МРТ 25 . Файлы RNAseq * .fastq для выбранных пациентов были загружены из ENA с помощью клиента Aspera Connect. Считывания были сопоставлены с геномом человека (GRCh48) с помощью STAR (2.7.0c), и матрицу экспрессии генов (как TPM) генерировали с использованием RSEM. Матрица экспрессии генов была проанализирована CIBERSORT с использованием файла сигнатуры LM22 22 иммунных клеток типа 61 . Пропорции подтипов иммунных клеток сравнивались с использованием критерия суммы рангов Вилкоксона (WRST), а корректировка частоты ложных открытий проводилась с помощью поправки Бенджамини и Хохберга.
Ответ иммунограммы ICB
Кратные изменения (R / NR) признаков ответа были преобразованы в log2, и было применено преобразование z для всех признаков.Данные представлены в виде радиолокационной карты.
Статистика
Данные представлены как отдельные значения или как среднее ± SEM. Размеры групп ( n ) и применяемые статистические тесты указаны в подписях к рисункам. Достоверность оценивали либо с помощью непарного анализа t , либо парного анализа t , либо анализа одностороннего дисперсионного анализа (ANOVA) с апостериорным тестированием Тьюки, Даннета или Сидака, как указано в подписях к рисункам. Корреляция Спирмена применялась для всего корреляционного анализа, а метод Каплана-Мейера использовался для изучения различий в выживаемости.Статистические данные рассчитывались с помощью GraphPad Prism 7.0.
Краткое изложение отчета
Дополнительная информация о дизайне исследования доступна в Резюме отчета по исследованию природы, связанном с этой статьей.
Быстрые изменения метилирования ДНК, связанные с началом размножения у небольшой певчей птицы — Линднер — 2021 — Молекулярная экология
1 ВВЕДЕНИЕ
Повышение глобальной температуры привело к изменениям фенологических признаков многих видов за последние несколько десятилетий, что имело серьезные экологические последствия (Parmesan & Yohe, 2003; Petchey et al., 1999). Такие сдвиги включают распускание листьев на деревьях (Fu et al., 2015), весеннее цветение растений (Fitter & Fitter, 2002), появление бабочек (Roy & Sparks, 2000), время откладки яиц у сезонно размножающихся птиц (оба & Visser, 2001) и фенология гибернации у белок (Lane et al., 2012). Хотя временные сдвиги в околгодовых признаках хорошо задокументированы (Parmesan, 2007; Parmesan & Yohe, 2003; Thackeray et al., 2016), мы на удивление мало знаем о геномной основе околгодовых признаков (Franks & Hoffmann, 2012).
Эпигенетические модификации (т.е. химические модификации последовательности ДНК или белков хроматина, которые влияют на экспрессию генов и, следовательно, на признаки без изменений в последовательности ДНК; Suzuki & Bird, 2008), представляют собой многообещающие геномные механизмы для регуляции круглогодичных признаков. Действительно, недавние исследования растений (Bastow et al., 2004; Wilschut et al., 2016; You et al., 2017), насекомых (Pegoraro et al., 2016) и млекопитающих (Stevenson, 2017; Stevenson & Prendergast, 2013) ) подчеркнули возможность краткосрочных временных вариаций эпигенетических модификаций, которые могут быть задействованы в опосредовании временного выражения фенологических признаков в разных таксонах.Например, время цветения у Arabidopsis характеризуется вариациями в метилировании гистонов локуса цветения C ( FLC ) (Bastow et al., 2004), фотопериодическая диапауза у паразитической осы ( Nasonia vitripennis ) связана с изменчивостью в метилировании ДНК, индуцированном различными фотопериодами (Pegoraro et al., 2016), и регрессии гонад у сибирских хомяков ( Phodopus sungorus ) сопровождаются индуцированными фотопериодом и обратимыми вариациями в метилировании ДНК дейодиназы типа III ( dio3 ), ген, участвующий в регуляции воспроизводства (Stevenson & Prendergast, 2013).
Эти исследования демонстрируют роль метилирования ДНК в регуляции циркадных признаков и предполагают, что эпигенетические модификации могут быть важной частью молекулярного контроля над циркадными признаками (Stevenson & Lincoln, 2017), аналогично тому, что наблюдается для циркадных ритмов (Stevenson , 2018). Тем не менее, общие эпигенетические модификации, участвующие в околгодовых признаках, ограничены несколькими видами, и поэтому дальнейшие исследования, изучающие это, были бы очень полезны.
Чтобы исследовать возможность метилирования ДНК опосредовать сезонное время размножения, мы провели эксперименты с использованием больших синиц ( Parus major ). Большая синица хорошо подходит для изучения того, участвует ли метилирование ДНК в контроле циркулярных ритмов, поскольку это сезонный заводчик, который определяет начало размножения с учетом факторов окружающей среды, таких как фотопериод (Dawson et al., 2001; Sharp, 2005), температура ( McClerry & Perrins, 1998; Visser et al., 2009) и, возможно, появление гусениц (Jones, 1972; Noordwijk et al., 1995; Schaper et al., 2011), и, как и многие другие виды, большие синицы улучшили свою фенологию за последние несколько десятилетий (McClerry & Perrins , 1998; Visser et al., 2003; Winkel & Hudde, 1997). В последние годы большая синица все чаще становится предметом исследований с акцентом на молекулярную экологию и эволюцию (например, Bosse et al., 2017; Laine et al., 2016; Perrier et al., 2018), предоставляя нам виды -специфические знания о метилировании ДНК (Derks et al., 2016; Линднер и др., 2021 г .; Sepers et al., 2019; ван Оерс и др., 2020; Виитаниеми и др., 2019). У позвоночных метилирование происходит преимущественно по цитозинам. В клетках крови больших синиц 97% метилирования происходит в контексте CG, который часто называют «сайтами CpG». В клетках мозга, однако, метилирование ДНК происходит как в CG, так и в не-CpG контексте (CHH) (Derks et al., 2016). Как метилирование CpG влияет на экспрессию генов, сильно зависит от геномной локализации; в непосредственной близости от сайта начала транскрипции низкие уровни метилирования ДНК связаны с более низкой экспрессией соответствующего гена, в то время как метилирование CpG в других местах генома, таких как мобильные элементы, необязательно может снижать экспрессию генов (Derks et al., 2016; Laine et al., 2016).
Для того, чтобы метилирование ДНК участвовало в опосредовании сезонного времени размножения у больших синиц, метилирование ДНК должно измениться за короткое время (т.е. в течение сезона размножения). Хотя многие недавние исследования изучали метилирование ДНК у диких видов (Heckwolf et al., 2020; Rubenstein et al., 2016; Saino et al., 2017, 2019; Sepers et al., 2019), мы все еще очень мало знаем о временная стабильность метилирования ДНК. Ранее мы продемонстрировали, что чуть более 40000 сайтов CpG действительно демонстрируют временные изменения метилирования ДНК в течение сезона размножения у больших синиц (Viitaniemi et al., 2019). Однако отдельные самки различаются по времени размножения и, следовательно, неясно, связаны ли эти временные изменения в метилировании ДНК с временем размножения самок. Основываясь на этой предыдущей работе, мы здесь сосредоточились на том, меняются ли временные паттерны метилирования ДНК в зависимости от времени репродукции самок (т. Е. Времени относительно того, когда самки начинают откладывание яиц), а не на времени как таковом, чтобы исследовать, имеют ли временные паттерны метилирования ДНК характерные особенности. потенциал опосредовать сезонные сроки воспроизводства.Мы проверили дифференциальное метилирование между группами репродуктивного времени и использовали неконтролируемый подход (анализ кометилирования), чтобы изучить связь между изменениями в метилировании CpG и репродуктивным временем. Наши результаты предполагают, что метилирование ДНК может действовать как молекулярный механизм переключения репродуктивного каскада, опосредуя, среди других генов, экспрессию ключевого фактора транскрипции. Наши результаты подчеркивают потенциальную роль метилирования ДНК в геномном механизме, который определяет время размножения у больших синиц.
2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Система обучения
Мы использовали большую синицу, хорошо известный модельный вид в экологии и эволюции с эталонным геномом (Laine et al., 2016), а также полный транскриптом и метилом для различных тканей (Derks et al., 2016; Laine et al., 2016; Santure et al., 2011). Включенные особи являются частью эксперимента по двунаправленной селекции для раннего и позднего воспроизводства с использованием геномной селекции (Gienapp et al., 2019; Verhagen, Gienapp, et al., 2019 подробности см. В методах S1). Для эксперимента 18 пар племенной линии ранней селекции, а также 18 пар линии поздней селекции поколения F 2 были размещены в вольерах с контролируемым климатом, имитирующих естественные температурные и фотопериодические модели холодного и теплого года в Нидерланды (Laine et al., 2019; Verhagen, Laine, et al., 2019), но здесь мы ориентируемся только на самок линии раннего отбора. В пределах линии раннего отбора мы не обнаружили существенной разницы в сроках кладки в зависимости от температуры окружающей среды (критерий Краскала – Уоллиса; χ 2 = 0.4213, df = 1, p = 0,5163, таблица S1). Поскольку температурная среда была частью экспериментальной установки, мы, тем не менее, включили температурную обработку в качестве фиксированного фактора в наши анализы, но мы не фокусировались на этом аспекте в дальнейшем в этом исследовании.
2.2 Забор крови и отбор проб
У пар брали пробы крови каждые две недели с января по июль с 8:30 до 14:30. из яремной вены (до 150 мкл) и для выделения ДНК эритроциты отделяли от плазмы (Mäkinen et al., 2019) (подробности в методах S2). Мы выбрали образцы от 16 самок линии ранней селекции, собранные за четыре периода отбора проб на основе фактических сроков кладки самок (Рисунок 1; Таблица S2): день, когда (i) длина дня> 12 часов, (ii) 25% самки, подвергшиеся воздействию теплой окружающей среды, начали кладку яиц, (iii) 25% и 50% самок, подвергшихся воздействию холодной и теплой окружающей среды, соответственно, начали кладку яиц, и (iv) 50% самок, подвергшихся воздействию Низкая температура окружающей среды инициировала откладку яиц.Одна проба крови у одной самки отсутствует (из-за инкубации самки) во время четвертого отбора проб, в результате чего всего 63 пробы. Хотя образцы 16 самок были секвенированы, две самки не начали откладывать яйца во время эксперимента, и соответствующие образцы были удалены из статистического анализа, уменьшив набор данных до 55 образцов (см. Таблицу S2 для образцов, используемых в анализе дифференциального метилирования и кометилирования).
Репродуктивный срок.(а) Средняя дата кладки со стандартными ошибками (в датах в апреле, т.е. 1 = 1 апреля) с датой кладки отдельных самок ( n = 14) на заднем плане. (b) Время размножения (ось y ) для четырех групп времени размножения (ось x ): (1) группа ранней предкладки, (2) группа поздней предкладки, (3) группа яйцекладки , (4) посткладочная группа. Период размножения рассчитывается как дата отбора проб, центрированная по дате кладки самок (т. Е. Время репродукции ij = дата отбора проб ij — дата кладки j для времени отбора проб i и самки j ).Показано среднее время воспроизводства каждой группы со стандартными ошибками, а время воспроизводства отдельных образцов в каждой группе отображается на заднем плане. Желтой линией выделено время размножения, соответствующее дате кладки самок
года.2.3 Обработка проб и секвенирование бисульфита с уменьшенным представлением
Мы использовали подход бисульфитного секвенирования с уменьшенным представлением (RRBS), метод, который обогащает секвенированные чтения для сайтов CpG с помощью рестрикционного фермента msp I, который неслучайно разрезает ДНК в кодирующих областях и в областях, богатых CG, таких как CpG-островки и в таким образом уменьшается количество чтений, необходимых для получения высокого покрытия воспроизводимой фракции сайтов CpG в масштабе всего генома (Gu et al., 2011; Meissner et al., 2008). Подготовка библиотеки и секвенирование были выполнены Биотехнологическим центром Роя Дж. Карвера (Университет штата Иллинойс в Урбана-Шампейн, США). Подробнее об обработке образцов и секвенировании см. Mäkinen et al. (2019). Короче говоря, ДНК экстрагировали с использованием 96-луночного набора геномной ДНК FavorPrepT M (Favorgen), а библиотеки для RRBS были подготовлены в соответствии с протоколом производителя (Illumina). Шестнадцать библиотек были случайным образом объединены в четыре набора и запускались на восьми дорожках, так что каждый набор запускался на двух дорожках со 100 п.н. от считывания с одного конца.Все дорожки запускали в одной и той же проточной кювете на секвенаторе HiSeq 2500 с использованием набора для секвенирования HiSeq RRBS версии 4 (Illumina). Данные RRBS были представлены в базу данных NCBI BioProject (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/) под BioProject PRJNA208335 и номерами доступа. SRX3209916 – SRX3209919.
2.4 Выравнивание последовательностей и вызов сайта CpG
Выравнивание последовательностей (Mäkinen et al., 2019), вызов сайта CpG (Mäkinen et al., 2019), количественная оценка метилирования ДНК (Mäkinen et al., 2019) и общая статистика метилирования набора данных (Viitaniemi et al., 2019) описаны в соответствующих публикациях. Были включены сайты CpG с минимальным 10-кратным охватом во все образцы, в результате чего была получена информация о метилировании 522 645 сайтов CpG, охваченных в каждом из 55 образцов.
2.5 Область промотора и аннотация гена
Подход RRBS обогащает богатыми сайтами CpG участками, которые присутствуют в геноме, но особенно распространены в промоторных областях генома большой синицы (Derks et al., 2016). Здесь мы сосредоточились на сайтах CpG, близких к сайту начала транскрипции генов, поскольку это область, для которой метилирование сайта CpG оказывает сильное негативное влияние на экспрессию генов (Laine et al., 2016). Мы определили область, охватывающую 2000 п.н. выше и 200 п.н. ниже начального сайта транскрипции гена в качестве его промоторной области, региона, который мы использовали для аннотирования сайтов CpG с использованием эталонного генома Parus major , сборка 1.1 (https: //www.ncbi. nlm.nih.gov/assembly/GCF_001522545.2) и геномные особенности пакетов R (Lawrence et al., 2013) версии 1.30.0 и rtracklayer версии 1.42.2 (Lawrence et al., 2009). Мы обнаружили 223 282 сайта CpG, расположенных в промоторной области 12 325 генов (из 18 611 аннотированных генов) с помощью программных средств версии 2.26.0 (Quinlan & Hall, 2010). Средние уровни метилирования сайтов CpG для этих 223 282 сайтов представлены в таблице S3 (среднее значение по всем образцам) и таблице S4 (среднее значение для каждого образца). Обратите внимание, что один сайт CpG может быть связан с промоторной областью двух генов, если два гена расположены на противоположных цепях и имеют перекрывающиеся промоторные области.
2.6 Дифференциальный анализ метилирования
Мы рассчитали время размножения как дату отбора проб, центрированную по дате кладки соответствующих самок (Таблица S2), и использовали это, чтобы сгруппировать пробы всех 14 самок в четыре различные группы сроков размножения: группа раннего предкладки (за 64–38 дней до яйцекладки). до кладки), группе поздней предкладки (27–16 дней до кладки), группе кладки (от 2 до 3 дней после кладки) и группе после кладки (8–17 дней после кладки) (Рисунок 1; Таблица S2).Каждая репродуктивная временная группа состоит из семи выборок (всего 28 выборок). Хотя группировка образцов уменьшила размер нашей выборки, группировка позволяет нам проверять различия в уровнях метилирования между любыми группами по времени репродукции, не ограничивая наш анализ заранее определенной тенденцией изменения метилирования ДНК по времени репродукции. Чтобы сбалансировать температурную среду по группам, мы включили четыре образца от женщин, подвергшихся воздействию одной температурной среды, и три образца от женщин, подвергшихся воздействию другой температурной среды в каждую группу (Таблица S5).
Мы вычислили средний уровень метилирования для каждого сайта CpG по образцам в каждой группе времени репродукции (с равными весами для всех образцов) и использовали эти средние уровни метилирования для фильтрации сайтов CpG, так что только сайты с как минимум 10% изменением среднего метилирования Уровень между любой из четырех репродуктивных групп был включен в анализ дифференциального метилирования (Leenen et al., 2016), уменьшив набор данных до 5097 сайтов CpG.
Мы применили подход обобщенной линейной смешанной модели (GLMM) для идентификации сайтов, которые были значительно дифференцированно метилированы между любой из четырех групп репродуктивного времени с использованием пакета R lme4qtl версии 0.1.10 (Зиятдинов и др., 2018). Для каждого из 5097 сайтов CpG мы установили GLMM с биномиально распределенными ошибками, как указано в уравнении 1: (1) с и для смоделированного ответа, двухколоночная матрица метилированных и неметилированных подсчетов в качестве зависимой переменной для учета вариаций в охвате сайтов CpG (соответствующих уровням метилирования, взвешенным по общему количеству подсчетов, Lea et al. ., 2017; Zhang et al., 2016), µ для члена перехвата, x RS , x TE и x B для вектора, связывающего образцы с их репродуктивной группой времени , температурная среда и партия, соответственно, β RS , β TE и β B для репродуктивной группы времени, температурной среды и пакетного эффекта, соответственно, Z для случая матрица, связывающая образцы с их наблюдаемыми значениями, f и r для случайных эффектов для повторных измерений и взаимосвязи и e для остатков.Геномное родство рассчитывали с использованием пакета R genabel версии 1.8.0 (Аульченко и др., 2007). Мы использовали граничное расстояние 0,01, максимальное количество итераций 2 × 10 8 и «bobyqa» в качестве оптимизатора для ускорения вычислений и оптимизации сходимости (Powell, 2009). Для каждой GLMM (т.е. каждого сайта CpG) мы рассчитали статистику дисперсии, следуя Zuur et al. (2013) и рассчитали 95% -ный интервал наивысшей плотности (HDI) для распределения статистики дисперсии с использованием пакета R hdinterval версии 0.2.2 (Meredith & Kruschke, 2020), поскольку, в отличие от интервалов симметричной плотности, ИЧР определяется таким образом, что все оценки в пределах интервала имеют более высокую плотность вероятности, чем оценки за пределами интервала, также для несимметричных распределений (Kruschke, 2011). Для каждого сайта CpG мы использовали подобранную модель, чтобы вывести оценочные маргинальные средние (EMM) для каждой репродуктивной временной группы, и проверили влияние любого попарного контраста между EMM четырех репродуктивных временных групп, используя пакет R. emmeans версии 1.3.3 (Lenth, 2019). Мы использовали скорректированный по Бонферрони α-порог на основе количества сайтов CpG в промоторной области в нашем наборе данных (α BF = 0 0,05 / 223 282 = 2,24e-07) и приняли попарные контрасты с p -значение ниже этого порога считается значительным. Мы исключили один сайт CpG (chr22_2621974), поскольку соответствующая модель не сходилась. Статистика дисперсии обычно распределялась со средним значением 1,09 (95% доверительный интервал [1,08, 1,10]) и HDI [0,45, 1,83] (рисунок S1 и таблица S2), и мы исключили из оценки 256 сайтов CpG за пределами 95% HDI. анализа дифференциального метилирования.Хотя графики квантиль-квантиль указывают на небольшую «эпигеномную» инфляцию (Рисунок S2), графики вулканов (Рисунок S3), графики значимости и среднего охвата (Рисунок S4) и распределения p (Рисунок S5) не имеют указать любую инфляцию в размере p -значения; графики вулканов показывают ожидаемую V-образную структуру, в которой высокозначимые сайты CpG являются сайтами с наибольшей разницей в уровнях метилирования, графики значимости и среднего охвата не показали смещения значения p от высокого охвата в сторону низкого p -значения (т.e., high -log 10 [ p -values]) и распределения p -value показывают ожидаемое однородное распределение, которое обогащается до низких значений p .2.7 Анализ кометилирования
Для взвешенного анализа сети кометилирования (анализа кометилирования) мы использовали пакет R wgcna версии 1.66 (Langfelder & Horvath, 2008) для кластеризации сайтов CpG в модули на основе сходства в паттерне метилирования во время репродуктивного периода самок.В пакете реализованы функции кластеризации сайтов CpG в модули на основе сходства паттернов метилирования в образцах. Модули, в свою очередь, можно соотнести с образцами интересующих нас черт. Пакет в основном применяется к данным экспрессии (Laine et al., 2019; Langfelder & Horvath, 2008), но все чаще используется для данных метилирования (Horvath et al., 2012; Lim et al., 2018; Nardone et al., 2017; van Eijk et al., 2012; Wang et al., 2016). В отличие от анализа дифференциального метилирования, были использованы все 55 образцов самок, которые начали откладку яиц (поскольку с помощью иерархической кластеризации не было обнаружено никаких выбросов, рис. S6).
Мы использовали тот же набор из 5097 сайтов CpG, что и для анализа дифференциального метилирования, поскольку мы обнаружили искаженную безмасштабную топологию при использовании всех 223282 сайтов CpG, расположенных в регуляторной области генов (рисунок S7, но см. Ниже). Сеть определяется своей матрицей смежности a ij (симметричная матрица n × n с записями в [0 , 1] ), компонент которой a ij кодирует силу сетевого соединения между участками i и j .Смежность, см. Уравнение 2, строится из корреляций (2) со степенью является мягкой пороговой мощностью, которая используется, чтобы подчеркнуть сильную корреляцию за счет слабой корреляции. Мы выбрали степень на основе критерия безмасштабной топологии (Zhang & Horvath, 2005). Мы выбрали мягкий порог 14, поскольку это самая низкая степень, при которой индекс свободной от масштабирования топологии R 2 > 0,9 (усеченный R 2 =.99), а среднее количество подключений снижается до 2,50 (рисунок S8). Таким образом, используемые здесь взвешенные сети очень надежны в отношении мощности. Более того, взвешенные сети позволяют смежности принимать непрерывные значения от 0 до 1 (в невзвешенных сетях смежность равна либо 1, либо 0, что не отражает непрерывную природу лежащих в основе уровней метилирования ДНК). Мы указали высоту отсечения слияния 0,65, чтобы предотвратить высокую степень смежности между собственными сайтами модулей (рисунок S9, но см. Рисунок S10 для определения смежности между собственными сайтами модулей с высотой отсечения слияния, равной 0.15).Каждому обнаруженному модулю случайным образом назначали цвет, и профиль метилирования каждого модуля был суммирован как собственный сайт модуля, эквивалентный первому главному компоненту модуля, на основе профиля метилирования всех сайтов CpG в этом модуле. Для каждого обнаруженного модуля мы проверили, согласуется ли профиль метилирования сайтов CpG в модуле с репродуктивным временем самок, коррелируя собственный сайт модуля с репродуктивным временем.Мы также проверили корреляцию собственных участков модуля с другими признаками выборки (например, датой кладки как таковой, датой выборки, идентичностью самки и температурной средой). Мы использовали скорректированный по Бонферрони α-порог на основе количества протестированных корреляций (α BF = 0 0,05 / 50 = 0,001 для корреляций 10 модулей с пятью признаками выборки) и приняли корреляции со значением p ниже. этот порог как значительный. Модули со значительной корреляцией с репродуктивным временем и сайтами CpG в таких модулях, которые демонстрируют значительное членство в модулях и значительную значимость сайта на основе признаков, являются потенциальными кандидатами для дальнейшей проверки (Langfelder & Horvath, 2008).Членство в модуле сайта CpG основано на корреляции профиля метилирования сайта CpG с собственным сайтом модуля соответствующего модуля. Основанная на признаке значимость сайта CpG основана на корреляции профиля метилирования CpG-сайта с репродуктивным состоянием. Мы использовали скорректированный по Бонферрони α-порог, основанный на количестве сайтов CpG в модуле (α BF = 0 0,05 / 826 = 6,05e-05 для бирюзового модуля и α BF = 0 0,05 / 234 = 2.14e-04 для зеленого модуля) и принятые сайты CpG со значением p для значимости сайта и членства в модуле ниже этого порогового значения как значимого.
2.8 Функциональный анализ
Мы выполнили анализ онтологии генов (GO) для генов, идентифицированных с помощью анализа дифференциального метилирования и анализа кометилирования (подробности в методах S6), используя плагин cluego версии 2.5.3 (Bindea et al., 2009) для cytoscape версии 3.7. 1 (Шеннон и др., 2003). Мы использовали человеческие аннотации, категории GO «биологический процесс», «клеточные компоненты», «молекулярные функции» и пути KEGG (версии от 3 июля 2020 г.), а также настраиваемые фоновые списки всех генов с сайтом CpG в их промоторной области. . Мы определили критерии выбора для терминов GO так, чтобы> 5% генов, связанных с термином GO, и> 3 генов, связанных с термином GO, должны были присутствовать во входных генах. Для обогащения и функционального анализа мы использовали двухсторонний тест обогащения / истощения, корректировку значений p для множественного тестирования с понижением Бонферрони и установили «среднюю» специфичность сети в диапазоне от третьего до десятого уровня GO.В дополнение к анализу GO мы использовали плагин строковой версии 1.4.2 (Doncheva et al., 2019) для cytoscape версии 3.7.1 (Shannon et al., 2003) для построения сетей межбелкового взаимодействия для тех же самых гены, как в анализах GO, и использовали порог достоверности 0,7.
2.9 Профили метилирования наиболее значимых результатов
Для анализа дифференциального метилирования мы ранжировали гены на основе значения p наиболее значимого сайта CpG в их промоторной области в любом из парных контрастов между группами времени репродукции.Для анализа кометилирования мы ранжировали гены бирюзового и зеленого модулей отдельно, так что ранжирование основывалось на значении p для значимости сайта наиболее значимого сайта CpG в промоторной области. Мы рассчитали средний ранг для генов (то есть сумму рангов для анализа дифференциального метилирования и анализа кометилирования, разделенную на два), которые имели по крайней мере один сайт CpG в их промоторной области, который был значимым при анализе дифференциального метилирования и при кометилировании. анализ.Мы визуализировали профили метилирования значимых сайтов CpG в промоторной области таких генов, построив график зависимости уровня метилирования от времени репродукции.
3 РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Анализ дифференциального метилирования
Мы проверили вариацию в метилировании сайтов CpG между любым из шести парных контрастов четырех групп времени репродукции (рис. 1), используя анализ дифференциального метилирования на 5097 сайтах CpG в промоторной области генов, области, которая, как известно, влияет на экспрессию генов в большие сиськи (Laine et al., 2016; и таблицы S6 и S7). Для контраста между ранней и поздней группой прекладки (а) мы не нашли никаких сайтов CpG со значительными вариациями в метилировании (Рис. 2). Однако мы идентифицировали 35 CpG-сайтов в промоторной области 11 генов (Рисунок 2; Таблица S8), которые показали значительную вариацию метилирования в масштабе всего генома по крайней мере в одном из пяти других попарных контрастов между группами времени репродукции, 11 CpG-сайтов для контраст между ранней предварительной кладкой и группой кладки (b), 29 сайтов CpG для контраста между ранней предварительной кладкой и группой после укладки (c), два сайта CpG для контраста между поздней предварительной кладкой и кладкой группа (d), 24 сайта CpG для контраста между группой поздней до и после укладки (e) и шесть сайтов CpG для контраста между группой укладки и группой после укладки (f).Значения p и среднее изменение уровня метилирования ДНК между соответствующими временными группами репродукции для 35 сайтов CpG со значительными вариациями метилирования ДНК в масштабах всего генома представлены в таблице S8. Геномные местоположения, обогащенные сайтами CpG со значительными вариациями в метилировании, были общими для парных контрастов и наиболее ярко выражены для контрастов ранней (c) и поздней (d) групп до закладывания с группой после укладки (Рисунок 2).
Манхэттенских участков. p -значения (по шкале -log 10 ) соответствуют значимости разницы в уровне метилирования ДНК между соответствующими временными группами репродукции. Черные линии отмечают порог значимости для всего генома (с поправкой Бонферрони, −log 10 (α BF ) = −log 10 (0,05 / 223,282) = 6,65). «Sc» относится к неразмещаемым подмосткам. Отображаются все попарные сравнения четырех групп сроков размножения: (а) ранняя и поздняя предварительная кладка, (б) ранняя предварительная кладка vs.укладка, (c) ранняя предварительная кладка по сравнению с последующей укладкой, (d) поздняя предварительная кладка против укладки, (e) поздняя предварительная кладка, vs. последующая укладка, и (f) кладка, vs. последующая укладка
3.2 Анализ кометилирования
Мы использовали все образцы независимо от группировки в анализе кометилирования для проверки ковариации метилирования сайта CpG с репродуктивным временем самок. Таким образом, хотя представленный выше дифференциальный анализ метилирования требовал априорно определенных сравнений между группами, в этом анализе мы использовали все образцы без учителя, используя взвешенный анализ сети кометилирования (анализ кометилирования), для кластеризации сайтов CpG на основе сходства их метилирования. профили.Из 5 097 сайтов CpG мы обнаружили, что 2347 сгруппированы в девять различных модулей (таблица S9), и все оставшиеся сайты CpG были отнесены к серому модулю. Мы определили собственный сайт каждого модуля как первый главный компонент соответствующего модуля, который объясняет от 5% (серый модуль) до 46% (модуль лосося) вариации в метилировании сайта CpG (рисунок S11 и таблица S11). Для двух модулей мы обнаружили значительную корреляцию между собственным сайтом модулей и временем репродукции самок: положительная корреляция для бирюзового модуля (.66, p = 1.57e-06, рисунок 3b) и отрицательная корреляция для зеленого модуля (−.71, p = 4.82e-08, рисунок 3c; таблица S11 и таблица S12). Собственные участки модулей бирюзового и зеленого модулей существенно не коррелировали с температурной средой или женской идентичностью (см. Рисунок S12 и Таблицу S11 – Таблицу S13 для корреляции между всеми собственными участками модуля и дополнительными интересующими характеристиками выборки).
(a) Корреляция собственного сайта каждого обнаруженного модуля с репродуктивной синхронизацией.Желтый цвет соответствует положительной корреляции, а синий — отрицательной корреляции. Размер сфер указывает на значимость корреляции (т. Е. Чем больше сфера, тем ниже значение p ). Незначительные корреляции ( p > 0,001, скорректированный по Бонферрони α-порог) пересекаются. Значимая корреляция собственного участка модуля с репродуктивным временем для (b) бирюзового модуля (0,66, p = 1,57e-06) и (c) зеленого модуля (-0,71, p = 4.82e-08)
Мы определили значимость сайта и членство в модуле каждого сайта CpG как корреляцию паттерна метилирования сайта CpG с временем репродукции самок и с собственным модулем, соответственно. Для всех 5097 сайтов CpG значимость сайта и членство в модулях со всеми 10 модулями представлены в таблице S14. Для бирюзового и зеленого модулей мы обнаружили 38 сайтов CpG в промоторной области 20 генов и 44 сайта CpG в промоторной области 13 генов со значительной значимостью сайтов и членством в модулях, соответственно (рисунок S13 и таблицы S15 – S18).
3.3 Функциональный анализ
Мы выполнили GO и анализ цепочек генов, обнаруженных в анализах дифференциального метилирования и анализа кометилирования, но мы не обнаружили каких-либо значительно обогащенных функциональных групп GO или сетей белок-белковых взаимодействий. Следовательно, идентифицированные нами гены не были описаны ранее как имеющие общие биологические функции или взаимодействующие друг с другом.
3.4 Профили наиболее значимых результатов метилирования
Чтобы идентифицировать паттерны метилирования CpG-сайтов, которые наиболее сильно связаны с репродуктивным временем у самок, мы объединили результаты анализа дифференциального метилирования и анализа кометилирования.В результате был получен список из 10 генов с по крайней мере одним сайтом CpG, который имел значимость для всего генома в анализе дифференциального метилирования и имел значимость сайта и членство в модуле в анализе кометилирования (таблицы S19 и S20). Сайты CpG в промоторной области шести из этих генов показали снижение метилирования ДНК в зависимости от времени репродукции самок: шесть сайтов в LOC107215054 ( MYLK -подобных, до 74% снижение уровня метилирования внутри сайта), восемь сайты в LOC107209693 (GP2-подобный) и DRC7 (снижение уровня метилирования до 86% внутри сайта), два сайта в LOC107213450 (неохарактеризованный ген, снижение уровня метилирования до 83% внутри сайта), один сайт в NUDC (снижение уровня метилирования до 57% внутри сайта) и один сайт в DLG3 (снижение уровня метилирования до 67% внутри сайта, таблицы S21 и S22, правая панель рисунка 4).На большинстве этих сайтов CpG снижение уровня метилирования началось за 3–4 недели до кладки, и метилирование стабилизировалось на низком уровне примерно через неделю после кладки, в то время как уровни метилирования сайта CpG в NUDC снизились за 3 недели до кладки. и были постоянно низкими на протяжении всей укладки (правая панель на Рисунке 4). Сайты CpG в промоторной области четырех генов показали увеличение метилирования ДНК в зависимости от времени репродукции самок: три сайта в NR5A1 (до 87% увеличение уровня метилирования внутри сайта), пять сайтов в CFAP45 (до 94% увеличение уровня метилирования внутри сайта), четыре сайта в SLC6A9 (до 80% увеличение уровня метилирования внутри сайта) и четыре сайта в CLUH (до 87% увеличение уровня метилирования внутри сайта, Таблица S21 и таблица S22; левая панель рисунка 4).На большинстве этих сайтов CpG повышение уровня метилирования началось приблизительно за 3 недели до кладки, и метилирование стабилизировалось на уровне от среднего до высокого примерно через 3 недели после даты кладки (левая панель фиг. 4).
Вариация метилирования ДНК в зависимости от времени репродукции во всех образцах ( n = 55). Отображаются только гены с сайтами CpG, значимыми в обоих анализах, т.е. анализе дифференциального метилирования и кометилирования: (a) LOC107215054 ( MYLK -like), (b) NR5A1 , (c) DRC7 и LOC107209693 ( GP2 -подобный), (d) CFAP45 , (e) LOC107213450 , (f) SLC6A9 , (g) NUDC , (h) CLUH) и (DLG)
4 ОБСУЖДЕНИЕ
Геномный механизм, который опосредует определение фенологических признаков, остается в значительной степени неизвестным (Caro et al., 2013), но недавние исследования растений (Bastow et al., 2004; Wilschut et al., 2016; You et al., 2017), насекомых (Pegoraro et al., 2016) и млекопитающих (Stevenson, 2017; Stevenson & Prendergast, 2013) подчеркивают возможность участия эпигенетических модификаций, таких как метилирование ДНК (Stevenson & Lincoln, 2017). Здесь мы подкрепляем эту идею, демонстрируя, что быстрые и направленные изменения в метилировании ДНК связаны с временем размножения у дикого вида певчих птиц, большой синицы.Анализ дифференциального метилирования и анализ кометилирования выявили быстрые изменения в сайтах CpG в промоторной области нескольких генов (Таблица S19). Некоторые из этих генов имеют хорошо известную функцию опосредования репродукции, что предполагает, что метилирование ДНК может действовать как молекулярный механизм переключения репродуктивного каскада. Таким образом, наше исследование иллюстрирует потенциальную роль метилирования ДНК как геномного механизма, который определяет время репродукции.
4.1 Профили метилирования важных генов по результатам анализа дифференциального метилирования и кометилирования
Когда мы объединили результаты анализа дифференциального метилирования и анализа кометилирования, мы идентифицировали 10 генов, которые демонстрируют последовательное и воспроизводимое изменение метилирования ДНК в зависимости от репродуктивного статуса женщин. Некоторые из этих генов, как хорошо известно из более ранних исследований, участвуют в воспроизводстве, например, LOC107215054 ( MYLK -подобных) и NR5A1 .
LOC107215054 ( MYLK -подобный) предсказывается как киназа легкой цепи миозина, подобная гладкой мускулатуре и разделяет участки последовательности с фактической киназой легкой цепи миозина ( MYLK ), киназой, которая способствует фосфорилированию миозиновой легкой цепи. цепи, процесса, необходимого для сократительной активности скорлупки во время откладки яиц, то есть откладки яиц (Johnson, 2015; Kupittayanant et al., 2009). В куриных яичниках MYLK активируется во время кладки яиц (Liu et al., 2018), что соответствует наблюдаемому снижению метилирования в сайтах CpG в промоторной области LOC107215054 ( MYLK -like) за несколько недель до откладки. Недавнее исследование ландшафта метилирования цыплят показало, что метилирование ДНК MYLK предположительно контролирует экспрессию гена MYLK (Höglund et al., 2020), что дополнительно подтверждает идею, которая выявила изменения в метилировании ДНК в промоторной области этого гена. может выполнять регуляторную функцию, опосредуя экспрессию генов.Однако еще предстоит установить, функционируют ли оба гена как киназы легких цепей миозина.
LOC107213450 является кодирующим белок, но не охарактеризованным геном, что означает, что, в отличие от LOC107215054 ( MYLK -подобный), надежное предсказание гена недоступно. Поскольку генная сеть и ее отдельные гены, которые опосредуют время яйцекладки у самок большой синицы, в настоящее время неизвестны (Gienapp et al., 2017; Laine et al., 2019), ген еще не охарактеризованной биологической функции с гипометилированием CpG-сайта в недели до начала срока яйцекладки представляют собой интересный кандидат на включение в эту генную сеть.
LOC107209693 ( GP2 -подобный) предсказывается как главный гликопротеин мембраны секреторных гранул поджелудочной железы ( GP2 ), который является компонентом внутреннего перивителлинового слоя, окружающего яйцеклетку птицы во время овуляции, который помогает поддерживать структурную целостность яйцеклетки. желточная мембрана (Kido et al., 1977; Wishart & Horrocks, 2000). Внутренний перивителлиновый слой механически поддерживает яйцеклетку и опосредует начальное взаимодействие между яйцеклеткой и сперматозоидами, в котором гликопептиды, как предполагается, играют важную роль (Wishart & Horrocks, 2000) и, следовательно, GP2 может иметь функцию оплодотворения.Кроме того, GP2 описан как модулятор иммунного ответа (Werner et al., 2012), например, путем связывания патогенных энтеробактерий (Hase et al., 2009). Однако, разделяют ли LOC107209693 ( GP2 -подобный) и GP2 свою биологическую функцию, еще предстоит установить. Кроме того, промоторная область LOC107209693 ( GP2 -подобная) и DRC7 перекрываются, так что идентифицированные здесь сайты CpG расположены в промоторной области обоих генов, и, следовательно, наблюдаемое снижение метилирования ДНК может быть функциональным для обоих генов. , один или ни один из генов.
NR5A1 кодирует фактор транскрипции, который регулирует экспрессию многих важных генов на всех уровнях репродуктивной оси (Ingraham et al., 1994; Meinsohn et al., 2019) и большинства генов, участвующих в стероидогенезе гонад (Jameson, 2004 ). Например, NR5A1 модулирует экспрессию стероидогенного белка острого ответа ( STAR ), который переносит холестерин, чтобы инициировать ферментативный каскад, включающий синтез стероидов, необходимый для фолликулогенеза (Murayama et al., 2012). NR5A1 экспрессируется в основных стероидогенных тканях, таких как клетки тека и гранулезы в яичнике (Ikeda et al., 1994, 1996; Ingraham et al., 1994) или гипоталамусе (например, регулируя организацию и функцию гонадотрофов гипоталамуса и гипофиза; Шинода и др., 1995). Следовательно, NR5A1 играет ключевую роль в женском воспроизводстве, таком как функционирование яичников (Lourenço et al., 2009; Meinsohn et al., 2019) и стероидогенез (Parker, 2002). Исследования экспрессии NR5A1 у цыплят согласуются с наблюдаемым здесь гиперметилированием, поскольку NR5A1 активируется во время откладки яиц по сравнению с выращиванием (Shen et al., 2016). Наблюдаемый паттерн метилирования ДНК в сочетании с важной ролью NR5A1 в функционировании яичников и стероидогенезе предполагает, что метилирование ДНК может действовать как молекулярный механизм переключения репродуктивного каскада, опосредуя экспрессию ключевого фактора транскрипции, NR5A1.
Остальные гены связаны с общими биологическими процессами и функциями: двигательной активностью ресничек и жгутиков ( DRC7 и CFAP45 ; Li et al., 1999; Heuser et al., 2009; Fu et al., 2018), митоз, цитокинез, цилиогенез, миграция нейронов, продукция тромбоцитов и воспалительный ответ ( NUDC ; Aumais et al., 2003; Fu et al., 2016), нейротрансмиссия и гомеостаз клеток и всего тела ( SLC6A9 ; Bröer & Gether, 2012), синаптическая передача, развитие и пластичность ( DLG3 ; Tarpey et al., 2004; Qu et al., 2009) и контроль энергетического и метаболического статуса клеток ( CLUH ; Wakim et al., 2017). Более подробное описание этих функций и, если возможно, их потенциального участия в опосредовании воспроизводства дано в тексте S1.
Ранее мы продемонстрировали временные изменения метилирования ДНК в течение сезона размножения у больших синиц примерно на 40 000 CpG-сайтов (Viitaniemi et al., 2019), и несколько генов, которые мы здесь идентифицировали, были в списке генов, которые демонстрировали временные изменения в сезон размножения. Однако в исследовании Viitaniemi et al.(2019), мы не смогли связать изменения метилирования напрямую с репродуктивным статусом женщин, так как мы исследовали только внутри женское изменение метилирования ДНК с течением времени как таковое. Поскольку самки различаются по срокам репродукции, такие временные изменения в метилировании могут быть вызваны множеством факторов (изменение возраста, условий окружающей среды и т. Д.) И не обязательно связаны со сроками репродукции. Вместо этого сосредоточив внимание на связи между временем размножения самок и изменениями в метилировании ДНК, мы теперь можем продемонстрировать их потенциальное участие в инициации откладки яиц у этого вида.
4.2 Метилирование ДНК как общий механизм регуляции циркулярных фенотипов
В отличие от хорошо описанных генных путей циркадных часов, генные и регуляторные пути, лежащие в основе круглогодичного проявления признаков, менее хорошо описаны, а экспериментальные данные, подтверждающие функциональную роль метилирования ДНК в создании и поддержании циркулярных ритмов, ограничены (Stevenson, 2018 ). У сибирских хомяков экспрессия ферментов, опосредующих метилирование ДНК, ДНК-метилтрансфераз ( dnmts ), снижалась в ответ на короткий фотопериод и совпадала с уменьшением метилирования ДНК в промоторной области dio3 , гена, который, как известно, ингибирует репродуктивный каскад (Stevenson & Prendergast, 2013).Это снижение метилирования ДНК промотора dio3 , в свою очередь, сопровождалось увеличением экспрессии dio3 и регрессией гонад. Это исследование предоставило первые доказательства метилирования ДНК и ферментов, которые опосредуют метилирование ДНК, что лежит в основе индуцированного фотопериодом ответа на фенотипическом уровне. Кроме того, системы, не относящиеся к млекопитающим, предоставляют доказательства роли эпигенетики в опосредовании циркулярных фенотипов; у Arabidopsis время цветения характеризовалось вариацией метилирования гистонов локуса цветения C ( FLC ) (Bastow et al., 2004), а у паразитических ос фотопериодическая диапауза была связана с индуцированными фотопериодом вариациями метилирования ДНК (Pegoraro et al., 2016). В птичьих системах мало исследований изучали связь между паттернами метилирования ДНК и околгодовыми фенотипами, поэтому потенциальную общность наших открытий трудно оценить. В единственном известном нам исследовании использовался подход генов-кандидатов, чтобы продемонстрировать, что метилирование ДНК в гене CLOCK коррелирует с датой кладки и другими околгодовыми фенотипами у ласточек ( Hirundo rustica ) (Saino et al., 2017).
4.3 Предостережения и перспективы на будущее
Интерпретация наших результатов основана на предположении, что метилирование сайта CpG в промоторной области гена влияет на транскрипцию гена, что, в свою очередь, может изменять экспрессию фенотипов (Bossdorf et al., 2008; Rubenstein et al., 2016; Verhoeven et al., 2016). В целом это верно, а также в случае большой синицы, где метилирование ДНК в промоторной области отрицательно коррелирует с экспрессией гена, и особенно близко к сайту начала транскрипции, низкие уровни метилирования ДНК достаточны, чтобы остановить экспрессию соответствующего гена. (Laine et al., 2016). Поэтому мы ограничили наш анализ сайтами CpG в промоторной области генов, чтобы специально изучить сайты CpG, которые, как мы ожидаем, будут влиять на экспрессию генов. Однако это также означает, что мы упускаем из виду какое-либо влияние сайтов CpG в геномных местах за пределами этого региона, что также может влиять на экспрессию генов (Anastasiadi et al., 2018). Более того, недавние исследования показывают, что вариации в метилировании ДНК не могут действовать исключительно как причина экспрессии генов, но могут быть последствием экспрессии генов (Pacis et al., 2019). Мы признаем, что использованные здесь данные не позволяют проверить, действует ли метилирование ДНК причиной или следствием экспрессии генов. В равной степени важно помнить, что, как и в любом ассоциативном исследовании, мы, конечно, не можем продемонстрировать причинную связь между изменением метилирования ДНК и временем откладки яиц. Для этой экспериментальной проверки необходимо использование функциональных инструментов, и на данный момент это невозможно для немодельных организмов, таких как большая синица.
Вопрос также в том, в какой степени наблюдаемые изменения в метилировании ДНК зависят от последовательности ДНК.Недавние исследования показали, что генетические варианты могут лежать в основе локальных и отдаленных вариаций метилирования ДНК у различных видов: Arabidopsis thaliana, (Dubin et al., 2015), кукурузы (Xu et al., 2019), кораллов, строящих рифы ( Liew et al., 2020), скрещивания между дикими дикими птицами и домашними цыплятами (Höglund et al., 2020) и людьми (Heyn et al., 2013). В то время как мы контролировали родство между людьми в нашем анализе дифференциального метилирования с использованием данных генотипа однонуклеотидного полиморфизма (SNP), количество отобранных женщин слишком мало, чтобы обнаружить какие-либо значимые для всего генома эффекты SNP на локальные или отдаленные вариации метилирования ДНК.Следовательно, мы не знаем, зависят ли идентифицированные паттерны метилирования ДНК от локальной генетической изменчивости или генетической изменчивости в другом месте генома.
RRBS стал популярным подходом для профилирования метилирования, поскольку он обогащает CpG-богатые участки генома, такие как сайт начала транскрипции и область промотора, и таким образом сокращает количество считываний, необходимых для получения высокого покрытия воспроизводимой фракции. сайтов CpG на образец (Gu et al., 2011; Husby, 2020; Meissner et al., 2008). Обратной стороной RRBS, как и всех сокращенных подходов, является то, что он покрывает только небольшую часть генома, и поэтому мы можем пропустить изменения в метилировании в областях, не секвенированных.
Трудность со всеми экологическими эпигенетическими исследованиями состоит в том, чтобы определить, какой тип ткани отбирать, связывая метилирование ДНК с интересующим фенотипом (Derks et al., 2016; Husby, 2020; Verhulst et al., 2016). Мы неоднократно брали пробы крови самок больших синиц и использовали изолированные красные кровяные тельца для изучения паттернов метилирования сайтов CpG внутри самок.Сила этого подхода в том, что мы можем изучить, как метилирование ДНК зависит от времени репродукции у женщин. Образцы более информативных тканей, таких как гонады, гипоталамус или печень, не могут быть взяты повторно, и они не допускают прямой корреляции с репродуктивным сроком самок, поскольку у некоторых самок образцы отбираются до начала откладки яиц и, следовательно, они еще не выражают интересующий фенотип.
Многие экологические эпигенетические исследования измеряют метилирование ДНК в образцах крови (см. Таблицу 1 в Husby, 2020), но значимость метилирования в крови по сравнению с моделями метилирования в других тканях только начинает пониматься.Хорошо известно, что метилирование зависит от ткани и даже от типа клеток (Schilling & Rehli, 2007), но некоторые недавние исследования также продемонстрировали корреляции в уровнях метилирования во всех тканях (Tylee et al., 2013). Например, у людей было идентифицировано около 10 000 геномных областей с коррелированным паттерном метилирования между различными тканями, которые также различались у разных людей (Gunasekara et al., 2019). У больших синиц метилирование ДНК красных кровяных телец и печени предсказуемо изменяется как тканеспецифичным, так и тканевым образом (Derks et al., 2016; Lindner et al., 2021), предполагая, что общие тканевые изменения в метилировании ДНК могут выражаться тканеспецифичным образом (Lindner et al., 2021). Будущие исследования, изучающие тканеспецифические корреляции в метилировании ДНК и экспрессии РНК в экологических модельных организмах, будут очень ценными для этой области.
5 ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Мы демонстрируем, что метилирование сайта CpG в промоторной области генов совпадает с репродуктивным временем самок и что наблюдаемые паттерны метилирования ДНК соответствуют паттерну экспрессии соответствующих генов у кур.Это подчеркивает возможность эпигенетической модификации играть важную роль в геномном механизме, который опосредует фенологию у этого вида, хотя, как и в любом исследовании ассоциации, в конечном итоге необходима экспериментальная работа, чтобы проверить это.
БЛАГОДАРНОСТИ
Мы благодарим Коэна Верховена за комментарии к более раннему проекту рукописи, Кристу Мэйтман и коллег из NIOO-KNAW за помощь в лаборатории, Барта ван Лит и Рубена де Вит за помощь во время экспериментов, Йеруна Лоренса и Жиля Вийлхёйзена за техническую помощь до и во время экспериментов и опекунов из NIOO-KNAW для ухода за птицами.Мы благодарим Тайлера Стивенсона, двух анонимных рецензентов и Викторию Сорк за конструктивные комментарии, улучшившие рукопись.
ВКЛАД АВТОРА
M.E.V., K.v.O. и А.Х. разработали эксперимент, И.В. проводил эксперименты, H.M.V. проводил расклады, М. провели статистический анализ с помощью V.N.L., M.L. и A.H. написали рукопись при участии всех авторов.
Лабораторные штаммы Aedes aegypti компетентны в отношении бразильского вируса Зика
Abstract
Вспышки вируса Зика представляют собой беспрецедентную угрозу для человека в отношении врожденных пороков развития и неврологических / аутоиммунных осложнений.Поскольку этот вирус имеет высокий потенциал распространения в регионах, где присутствуют переносчики, улучшение борьбы с комарами является главным приоритетом. Таким образом, лабораторных штаммов Aedes aegypti будут иметь фундаментальное значение для поддержки исследований в различных областях исследований, связанных с взаимодействием вируса Зика и комаров, которые являются основой для разработки инновационных методов борьбы. В этом смысле наша цель состояла в том, чтобы определить основные аспекты инфекции бразильского штамма вируса Зика у лабораторных комаров эталонного образца Aedes aegypti .Мы орально подвергали комаров Рокфеллера, Хиггса и Рексвилля воздействию бразильского ZIKV (ZIKV BR ), и кОТ-ПЦР применяли для определения инфицирования, распространения и уровня обнаружения ZIKV в собранной слюне, а также уровней вируса в тканях комаров. Эти три штамма поддерживают развитие вируса, но Хиггс показал значительно более низкую вирусную нагрузку в организме через 14 дней после заражения (dpi) и самую низкую распространенность в теле и голове. Штамм Рокфеллера был наиболее восприимчивым при 7 dpi, но аналогичные скорости распространения наблюдались при 14 dpi.Хотя существуют вариации, РНК ZIKV BR показывает определяемые уровни в слюне трех штаммов при 14 dpi, но обнаруживается только у Рокфеллера при 7 dpi. Более того, было подтверждено, что образцы слюны трех штаммов заразны при внутригрудном введении комарам. Кинетику ZIKV BR наблюдали у комаров Рокфеллера, и вирус можно было идентифицировать в головах с разрешением 4 dpi, но более стабильно обнаруживался на поздних этапах заражения. Наше исследование представляет собой первую оценку поведения бразильского вируса Зика в эталонных штаммах Aedes aegypti и проливает свет на то, как инфекция развивается с течением времени.Компетенция переносчиков и отличительные признаки разработки ZIKV BR были выявлены у лабораторных комаров, что предоставило дополнительную информацию для ускорения исследований, посвященных взаимодействию ZIKV и комаров.
Образец цитирования: Коста-да-Силва А.Л., Иошино Р.С., Араужо HRCd, Коджин Б.Б., Занотто PMdA, Оливейра DBL и др. (2017) Лабораторные штаммы Aedes aegypti компетентны в отношении бразильского вируса Зика. PLoS ONE 12 (2): e0171951. https://doi.org/10.1371 / journal.pone.0171951
Редактор: Олле Терениус, Шведский университет сельскохозяйственных наук, ШВЕЦИЯ
Поступила: 20 августа 2016 г .; Принято к печати: 28 января 2017 г .; Опубликован: 10 февраля 2017 г.
Авторские права: © 2017 Costa-da-Silva et al. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.
Доступность данных: Все соответствующие данные находятся в документе и его файле вспомогательной информации.
Финансирование: Эта работа финансировалась грантами № 2013 / 19921-9 и № 2014 / 17766-9 Исследовательского фонда Сан-Паулу, www.fapesp.br, грантом 003/16 от Координационного центра по совершенствованию кадров высшего образования. , www.capes.gov.br, и Национальный институт науки и технологий, молекулярная энтомология, www.inctem.bioqmed.ufrj.br. ALCS и BBK были поддержаны стипендиями № 1252482 и № 1497027 из Национальной программы постдокторантуры по координации совершенствования кадров высшего образования — PNPD / CAPES.HRCA был поддержан стипендией № 2013 / 16609-4 Исследовательского фонда Сан-Паулу. DBLO был поддержан стипендией № 5126 / 2015-00 от CAPES. RSI и SRM были поддержаны стипендиями CAPES. MLC был поддержан стипендией № 303341 / 2012-2, «Продуктивность в исследованиях», Бразильским национальным исследовательским советом, cnpq.br. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.
Конкурирующие интересы: Авторы заявили, что никаких конкурирующих интересов не существует.
Введение
В настоящее время мир сталкивается с новой вспышкой появляющегося вируса Зика (ZIKV) [1]. Его связь с неврологическими и аутоиммунными осложнениями, а также с младенцами, рожденными с микроцефалией [2,3], вызвала глобальный кризис здравоохранения. В связи с тяжелой ситуацией был выпущен документ, содержащий оперативный план по оказанию помощи затронутым странам в разработке стратегии борьбы с болезнью, и улучшения в борьбе с переносчиками инфекции были выделены в качестве приоритетов [4].
Результат заражения переносчиками будет зависеть от конкретных взаимодействий между генотипами комаров и вирусов. Следовательно, лучшее понимание взаимодействий москитных переносчиков и ZIKV является основой для разработки инновационных стратегий, которые могут быть добавлены в арсенал борьбы с ZIKV. В недавних исследованиях сообщалось о значительных различиях в восприимчивости к инфекции ZIKV между популяциями диких комаров Aedes aegypti , Aedes albopictus и других видов Aedes [5–7].Эти исследования компетентности переносчиков, сфокусированные на основных видах переносчиков, а также на вариациях восприимчивости различных популяций одного и того же вида, имеют первостепенное значение для определения улучшенных программ борьбы с приоритетом компетентных популяций.
Хотя дикие популяции основного переносчика, Ae . aegypti , представляют естественную динамику процесса инфицирования ZIKV у беспозвоночных-хозяев, определение переносимости различных лабораторных штаммов, которые хорошо адаптированы в неволе и легко доступны для экспериментов, также важно для поддержки основных и прикладных исследования в различных областях, связанных с взаимодействием вектор-вирус.Более того, некоторые штаммы также известны как стандартные во многих лабораториях мира. Они используются в качестве эталонных штаммов комаров, потому что экспериментальная воспроизводимость более надежна, чем для полевых популяций [8].
Важные достижения в области иммунного ответа комаров на вирус денге (DENV) и другие патогены человека были выполнены на Ae . aegypti лабораторных штаммов и природных популяций комаров для целей сравнения [8–10], а также для оценки устойчивости к инсектицидам [11,12].Кроме того, характеристика векторной компетентности актуальна для более прикладных целей. При разработке трансгенных комаров в основном используются лабораторные эталонные штаммы для трансформации, а генетический фон, связанный с восприимчивостью к патогенам, включен в установленные линии. Таким образом, переносимость лабораторных штаммов ZIKV также должна рассматриваться в контексте продуцирования и выпуска трансгенных комаров [13].
Для получения основной информации о взаимодействии между бразильским штаммом вируса Зика (ZIKV BR ) и тремя важными лабораторными Ae .Были проанализированы штаммы aegypti , комаров Рокфеллера (ROCK), белых глаз Хиггса (HWE) и Рексвилля (RED). Штамм ROCK, чувствительный к инсектицидам штамм карибского происхождения, который был создан в 1930 году [14], обычно используется в качестве эталона для испытаний устойчивости к инсектицидам и в экспериментах по заражению DENV [15,16]. Штамм HWE представляет собой дефицитный по глазному пигменту Ae . aegypti , вариант штамма Rex-D, и он используется в качестве реципиента для трансформаций зародышевой линии комаров, поскольку отсутствие пигмента является желаемым фенотипом для визуального скрининга трансгенных индивидуумов, которые часто помечаются флуоресцентной меткой. белок экспрессируется в глазах [17].Штамм RED Ae . aegypti , также являющийся вариантом штамма Rex-D, широко используется для исследования чувствительности патоген-хозяин [18].
В этом отчете подробно описаны заражение ZIKV BR , распространение и частота обнаружения ZIKV в собранной слюне, а также подтверждена способность этих трех штаммов комаров к этому вирусу. Это исследование также показывает кинетику вируса в эталонном штамме ROCK.
Материалы и методы
Заявление об этике
Кровь человека или ее производные использовались в соответствии с принципами, изложенными в Хельсинкской декларации.Устаревшая консервированная человеческая кровь (анонимный пакет с кровью, истекший для использования человеком) была пожертвована Fundação Pró-Sangue Hemocentro de São Paulo. Никаких клинических исследований с этим материалом не проводилось, и любые излишки были выброшены как биологические отходы после эксперимента по кормлению комаров. Было получено разрешение банка крови, и протокол был утвержден Советом по надзору за исследованиями на людях (IRB) (Comissão de Ética em Pesquisa com Seres Humanos do Instituto de Ciências Biomédicas / USP — CEPSH) и Национальным комитетом Этика в исследованиях (Comissão Nacional de Ética em Pesquisa – CONEP), протокол № 503.Номер сертификата: 914.876 (CAAE 38518114.0.0000.5467).
Бразильский штамм вируса Зика, названный ZIKV BR , был ранее выделен из бразильского клинического случая [2], а образец лиофилизированного вируса был осторожно предоставлен Институтом Эвандро Шагаса в Белене, штат Пара. Использование анонимных вирусных образцов было одобрено нашим институциональным наблюдательным советом (IRB). Исследование было одобрено Комитетом по этике исследований на людях (CEPSH — Off.011616) Института биологических наук Университета Сан-Паулу.
Доращивание комаров
Эксперименты проводились на трех Ae . aegypti лабораторных штамма: ROCK, HWE и RED. Этих комаров содержали в инкубатории BSL-2 Института биомедицинских наук Университета Сан-Паулу. Условия выращивания: 27 ± 1 ° C, относительная влажность 75–80%, фотопериод 12/12 часов (свет / темнота). Взрослых комаров содержали ad libitum на 10% растворе сахарозы (мас. / Об.).
Амплификация и титрование вирусов
Бразильский штамм вируса Зика, ранее называвшийся ZIKV BR , был выделен из бразильского клинического случая [2], а образец лиофилизированного вируса был осторожно предоставлен Институтом Эвандро Шагаса в Белене, штат Пара.ZIKV BR амплифицировали и титровали, как недавно описано [2]. Титрованные вирусом аликвоты (5,0 x 10 6 бляшкообразующих единиц [БОЕ] / мл) четвертой субкультуры (Т4) были предоставлены целевой группой ZIKV в Сан-Паулу.
Инфекция комаров
Первоначальная вязка в возрасте 7–9 дней Ae . aegypti самок лишены 10% сахарозы в течение 24 часов до приема пищи с кровью. Голодные самки получали инфекционную кровяную муку ZIKV BR с использованием искусственной кормушки Glytube [19].Концентрированный эритроцит человека смешивали с супернатантом ZIKV BR и инактивированной сывороткой человека в соотношении 10: 10: 1, соответственно, и конечный титр ZIKV BR в этой смеси составлял 2,2 × 10 6 БОЕ / мл. Зараженную кровь предлагали самкам комаров на 45 минут. Ненасыщенных самок удаляли, а налившихся содержали в пластиковых стаканчиках с 10% раствором сахарозы до времени сбора.
Образцы слюны и тканей комаров
Слюна, головы и тела 20 отдельных самок, подвергшихся пероральному воздействию ZIKV BR , собирали через 7 и 14 дней после инфицирования (dpi) для обнаружения вируса (по 10 комаров для каждого штамма, было проведено два независимых эксперимента).Для слюны — техника принудительного слюноотделения, как описано ранее [20,21], с модификациями. Комаров анестезировали CO 2 , переносили в чашку Петри на льду, а ноги и крылья удаляли щипцами. Стеклянное предметное стекло с полоской пластилина использовали для поддержки наконечников микропипеток, заполненных 10 мкл среды Лейбовица L-15 (Gibco ™ ), и в наконечник вставляли хоботок каждого живого комара. Насекомым давали возможность выделять слюну в течение 45 минут, и весь объем был выброшен в 1.Микропробирка 5 мл. После слюноотделения головы отделяли от остальных тел, используя ножницы McPherson-Vannas № 501234 (World Precision Instruments, Сарасота, Флорида), и каждую ткань переносили в микропробирку на 1,5 мл. Образцы тел, голов и слюны, собранные с разрешением 7 и 14 точек на дюйм, немедленно замораживали в сухом льду и хранили при -80 ° C.
Оценка инфекционности ZIKV
BR из собранной слюныПрисутствие инфекционного ZIKV BR в собранной слюне от 3 различных штаммов комаров было подтверждено, как описано ранее [22], с модификациями.Слюну 10 комаров от каждого штамма ROCK, HWE и RED собирали (как описано выше) с разрешением 7 и 14 точек на дюйм. Немедленно готовили пул, содержащий 1 мкл каждой слюны комара, и вводили интраторакально самкам комаров из штамма HWE в возрасте 5-7 дней с помощью инжектора Nanoject II (Drummond Scientific Company, номер по каталогу 3-000-204). Для каждого пула слюны женщине вводили в среднем 276 нл. От 20 до 25 комаров были заражены каждым пулом слюны, и игла была заменена перед инъекцией другого образца слюны, чтобы предотвратить заражение.На 11 день после инъекции комаров собирали индивидуально, общую РНК экстрагировали из 5 комаров и проверяли положительность вируса с помощью qRT-PCR, как описано в следующих разделах.
Экстракция РНК из образцов комаров
Суммарную РНКиз отдельных голов, тел и слюны экстрагировали с использованием мини-набора для вирусной РНК QIAmp (Qiagen, Валенсия, Калифорния, США) в соответствии с рекомендациями производителя. Полную РНК элюировали 60 мкл буфера для элюции и хранили при -80 ° C до анализа qRT-PCR.
Одностадийный анализ qRT-PCR
Для обнаружения ZIKV и количественного определения количества копий вируса в qRT использовали набор Power SYBR ® Green RNA-to-C T ™ 1-Step (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA). -ПЦР реакции, как описано производителем. Каждый образец анализировали в технических дубликатах в реакциях конечного объема 20 мкл, содержащих 5 мкл общей РНК и 0,5 мкМ для каждого праймера ZIKV 835 и ZIKV 911c [23]. Отрицательный (вода без РНКаз) и положительный контроль (500 мкг общей РНК, экстрагированной из аликвоты супернатанта культуры клеток ZIKV) использовали в каждом анализе.Образцы считались положительными на ZIKV только при обнаружении в обоих анализах. Анализы выполняли в термоциклере Mastercycler Realplex 2 (Eppendorf) при следующих условиях: 48 ° C в течение 30 минут и 95 ° C в течение 10 минут с последующими 40 циклами при 95 ° C в течение 30 секунд, 60 ° C в течение 30 секунд и шаг кривой плавления: 95 ° C в течение 1 минуты, 60 ° C в течение 30 секунд и 95 ° C в течение 1 минуты, с линейным изменением температуры от 60 ° C до 95 ° C со скоростью 0,02 ° C / сек. Специфичность ампликона оценивали по пику кривой плавления (79 ± 1 ° C), а эффективность пары праймеров варьировалась от 1.01 до 1.02.
Для оценки количества копий ZIKV была построена стандартная кривая, как описано [24], с некоторыми изменениями. Вкратце, целевая плазмида, содержащая фрагмент ZIKV 76 п.н., амплифицированный с парами праймеров ZIKV 835 и ZIKV 911c, была линеаризована, и были использованы девять серийных разведений в диапазоне от 10 -9 до 10 -17 г для получения стандартной кривой. Предел обнаружения экспериментально установлен в 23 экземплярах (разведение 10 −16 г). Абсолютное количество копий ZIKV было экстраполировано из стандартных кривых (R 2 варьировалось от 0.От 990 до 0,996), скорректированный обратным вычислением до общего объема РНК (60 мкл) и выраженный в виде копий на ткань.
Анализ степени заражения, распространения и обнаружения ZIKV
BR в собранной слюнеУровень заражения (или распространенность) определяется как доля комаров с вирусом, обнаруженным в организме (брюшная полость и грудная клетка), среди протестированных. Скорость распространения соответствует количеству москитов с инфицированными головами среди инфицированных тел (положительный результат по брюшной полости и грудной клетке).Поскольку использовался метод обнаружения вирусной РНК в слюне, термин «скорость обнаружения ZIKV в собранной слюне» был применен вместо скорости передачи (которая относится к инфекционным частицам, присутствующим в слюне), но с эквивалентной оценкой. Уровень обнаружения ZIKV в собранной слюне оценивался как доля комаров с положительной слюной среди комаров с диссеминированной инфекцией (положительные головы) и выражалась в процентах. Принятые определения соответствуют результатам предыдущего исследования [5].
Анализ данных
Статистический анализ был выполнен в программном пакете GraphPad Prism5 (версия 5.00) для Windows (Сан-Диего, Калифорния, США), и для всех анализов были определены доверительные интервалы 95%. Точный тест Фишера применялся в соответствии с [22] для обнаружения значительных различий в долях положительных результатов ZIKV одних и тех же тканей (тела, головы или слюны) при 7 или 14 dpi у разных штаммов комаров и для сравнения пропорций инфекции во время кинетики ZIKV у штамма ROCK. .Уровни вируса между различными Ae . линий aegypti сравнивали с использованием двустороннего дисперсионного анализа и посттестов Бонферрони.
Результаты
ZIKV
BR Скорость заражения и распространения у перорально зараженных штаммов комаровДля анализа и сравнения восприимчивости к инфекции Ae . aegypti лабораторных штаммов вируса ZIKV, выделенного в Бразилии, мы перорально подвергали воздействию комаров ROCK, HWE и RED с малым пассажем штамма ZIKV BR .Уровни вирусной РНК определяли количественно с помощью анализа qRT-PCR в отдельных телах и головах комаров при 7 и 14 dpi. Эти интервалы являются хорошо охарактеризованными индикаторами установления инфекции в брюшной полости и распространения вируса в голову, соответственно, во время прогрессирования репликации флавивируса в Ae . aegypti комаров [25].
Три штамма показали высокие уровни вируса в организме при 7 и 14 dpi, при этом среднее число вирусных копий колебалось от 10 7 при 7 dpi до 10 8 при 14 dpi (рис. 1A).При 7 dpi штаммы ROCK и RED показали самые высокие и значительно различающиеся уровни инфицирования организма (количество положительных тел / общее количество протестированных комаров) (95%) по сравнению с самками HWE (60%) (точный тест Фишера, HWE x ROCK и HWE). x КРАСНЫЙ, p = 0,0197). При 14 dpi частота инфицирования организма увеличивалась в образцах HWE (65%), но наблюдалась значительно более низкая распространенность (HWE x ROCK и HWE x RED, p = 0,0436), а уровни вирусов наблюдались по отношению к штаммам ROCK и RED (двусторонний ANOVA с последующими пост-тестами Бонферрони, HWE x ROCK, p <0.001 и HWE x RED, p <0,01), которые в это время оставались на том же уровне (95%) (рис. 1A). Однако частота инфицирования головок показывала различия в количестве положительных образцов среди штаммов при 7 dpi, с ROCK на 95%, HWE на 50% и RED на 70%. При 14 dpi штамм ROCK оставался инфицированным 95% протестированных голов, а у штаммов HWE и RED процент инфицированных голов увеличивался до 65% и 95% соответственно (рис. 1 и 2). Распространенность ZIKV в головах комаров HWE была значительно ниже, чем ROCK на уровне 7 (HWE x ROCK, p = 0.0033), а также ROCK и RED с разрешением 14 dpi (HWE x ROCK и HWE x RED, p = 0,0033) (рис. 1B). Что касается средних уровней вируса в голове, мы наблюдали, что штамм RED имел 10 5 копий ZIKV при 7 dpi, и это число увеличилось до 10 7 при 14 dpi, что указывает на увеличение на 2 log через 7 дней, в то время как у штаммов ROCK и HWE уровень инфицирования увеличивался только на 1 log (рис. 1B). При анализе скорости распространения (количество инфицированных голов / количество инфицированных тел) штамм ROCK имел наивысший индекс (100%) при 7 dpi по сравнению с HWE (83%) и RED (74%) (самый низкий). , и все штаммы достигли одинаковой 100% скорости распространения при 14 dpi (рис. 2).
Рис. 1. Частота инфицирования ZIKV BR и вирусные уровни в теле и голове из Ae . aegypti лабораторных штамма.
Скорость инфицирования и уровни вируса в тканях регистрировали индивидуально у самок ROCK, HWE и RED через 7 и 14 дней после приема пищи с кровью, инфицированной ZIKV (dpi). ( A) Распространенность вирусов и уровни инфицирования в организме. Каждый образец тела представлен сплошным кружком. Распространенность инфекции между HWE x ROCK и HWE x RED составляет 7 (* p = 0.0197) и 14 точек на дюйм (* p = 0,0436) достоверно различались по точному критерию Фишера. Уровни вирусной инфекции HWE были значительно ниже в организме при 14 dpi по сравнению с ROCK (*** p <0,001) или RED (** p <0,01) по двустороннему ANOVA с пост-тестами Бонферрони. ( B) Распространенность вирусов и уровни инфицирования в головах. Отдельные головы обозначены открытыми треугольниками. Распространенность инфекции между HWE x ROCK (** p = 0,0033) при 7 dpi и HWE x ROCK и HWE x RED (** p = 0,0033) при 14 dpi значительно различалась по точному критерию Фишера.Черные полосы указывают среднее количество вирусных копий, а пунктирная серая линия показывает предел обнаружения.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171951.g001
Рис. 2. Инфекция ZIKV BR , частота распространения и обнаружения ZIKV в собранной слюне Ae . aegypti лабораторных штамма.
Скорость инфицирования (количество инфицированных тел / общее количество проанализированных тел), скорость распространения (количество инфицированных голов / количество инфицированных тел) и скорость обнаружения ZIKV в собранной слюне (количество инфицированных образцов слюны / количество инфицированных голов ) были оценены у самок штаммов ROCK, HWE и RED через 7 и 14 дней после приема пищи с кровью, инфицированной ZIKV (dpi).Полоски представляют собой процентные значения.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171951.g002
Распространенность и частота обнаружения ZIKV
BR в слюне комаровПрисутствие ZIKV BR и количественный анализ уровня вируса оценивали непосредственно для каждого собранного образца слюны с использованием того же анализа qRT-PCR. Самки штамма ROCK показали два положительных образца слюны (10%) с разрешением 7 dpi. Однако ни одна из копий ZIKV BR не превышала предела обнаружения в слюне комаров HWE и RED в этот момент времени.Напротив, образцы слюны трех штаммов показали определяемые уровни вируса при 14 dpi. Образцы HWE были 20% положительными для ZIKV BR , в то время как образцы ROCK и RED были 35% и 5% соответственно (рис. 3). Соответственно, самый высокий уровень обнаружения ZIKV в собранной слюне (количество положительных образцов слюны / общее количество инфицированных голов) наблюдался у штамма ROCK (36,8%), за которым следуют HWE (30,8%) и RED (5,3%) при 14 dpi (рис. 2).
Рис. 3. Распространенность ZIKV BR и уровни вируса в собранной слюне из Ae . aegypti лабораторных штамма.
Распространенность и уровни вируса в образце слюны были индивидуально зарегистрированы в штаммах ROCK, HWE и RED через 7 и 14 дней после приема пищи с кровью, инфицированной ZIKV (dpi). Каждый образец слюны обозначен сплошной звездочкой. Распространенность положительной слюны между ROCK x RED статистически различалась при 14 dpi (* p = 0,0436). Черные полосы указывают среднее количество вирусных копий, а пунктирная серая линия показывает предел обнаружения.
https: // doi.org / 10.1371 / journal.pone.0171951.g003
Средние уровни вируса в слюне ROCK увеличились на 1 log (с 10 2 до 10 3 ) между 7 и 14 dpi. Однако, по сравнению с ROCK, наблюдались аналогичные средние уровни ZIKV в образцах слюны RED и HWE (варьирующиеся от 9,38 x 10 2 до 1,88 x 10 3 ) при разрешении 14 dpi (рис. 3).
Как видно на теле и голове, образцы слюны показали вариации деформации, связанные с частотой обнаружения и распространенностью ZIKV BR (рис. 2 и 3, соответственно).Распространенность вируса между ROCK и RED значительно различалась при разрешении 14 dpi (точный тест Фишера, p = 0,0436). Однако не было обнаружено статистически значимых различий в вирусных уровнях слюны (двухфакторный дисперсионный анализ с последующими пост-тестами Бонферрони, p> 0,05) между штаммами ROCK, HWE и RED при 7 и 14 dpi (рис. 3).
Подтверждение инфекционности ZIKV в собранной слюне
Жизнеспособность частиц ZIKV BR в собранной слюне оценивали путем внутригрудной инъекции в Ae . aegypti комаров. Пулы слюны штаммов ROCK, HWE и RED, собранные при 7 или 14 dpi, были способны инфицировать комаров через 11 дней после инокуляции, что подтверждает присутствие инфекционных частиц ZIKV (Таблица 1).
Анализ qRT-PCR индивидов, которым вводили инъекцию, показал, что пулы слюны штамма ROCK были инфекционными для Ae . aegypti комаров (100% протестированных комаров) при сборе с разрешением 7 и 14 точек на дюйм. Тот же результат наблюдался для пула HWE слюны, собранной с разрешением 14 точек на дюйм, но не было обнаружено инфицированных комаров, когда слюна была собрана с разрешением 7 точек на дюйм.Иными словами, пул слюны штамма RED был заразным только при сборе с разрешением 7 точек на дюйм (таблица 1), даже если отдельные образцы слюны не достигли предела обнаружения ZIKV (рис. 3), но только 40% инокулированных комаров были положительными на ZIKV ( Таблица 1). Более того, у положительных комаров был высокий уровень инфекции через 11 дней после инокуляции (от 10 7 до 10 8 ) (S1 фиг.), Что указывает на репликацию ZIKV. Эти результаты подтверждают, что штаммы ROCK, HWE и RED соответствуют ZIKV BR .
ZIKV
BR Кинетика инвазии и установления в штамме ROCKZIKV BR Уровень инфицирования, распространения и обнаружения ZIKV в собранной слюне был выше у штамма ROCK, чем у других протестированных штаммов (рис. 2). Более того, пулы слюны этого штамма были заразными при сборе с разрешением 7 и 14 точек на дюйм. Этот результат побудил нас провести независимый эксперимент для определения кинетики ZIKV BR во время установления и распространения инфекции у самок из штамма ROCK.Пять временных точек после заражения кровью (1, 4, 7, 11 и 14 точек на дюйм) были использованы для количественного анализа вирусных уровней в отдельных телах и головах (рис. 4).
Рис. 4. Кинетика ЗИКВ БР в телах и головках Ае . aegypti из штамма ROCK.
Скорость инфицирования и уровни вируса в тканях регистрировали индивидуально через 1, 4, 7, 11 и 14 дней после приема пищи с кровью, инфицированной ZIKV (dpi). Сплошные кружки и светлые треугольники представляют каждый образец тела и головы, соответственно, от самок ROCK.Сплошные (тело) и пунктирные (голова) синие линии показывают прогрессирование вирусной инфекции (средние уровни) во время эксперимента с течением времени. Пунктирные синие полосы указывают на раннюю (от 1 до 4 точек на дюйм) и позднюю (от 7 до 14 точек на дюйм) стадии заражения голов, на которых наблюдалась значительная разница в распространенности инфекции между двумя стадиями с использованием точного критерия Фишера (*, 1 dpi x 7 dpi — p = 0,0031; 1 dpi x 11 dpi — p = 0,0007; 1 dpi x 14 dpi — p <0,0001; 4 dpi x 7 dpi - p = 0,0198; 4 dpi x 11 dpi - p = 0,0055; 4 dpi x 14 dpi - p = 0.0001). Пунктирная серая линия показывает предел обнаружения.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171951.g004
Как и ожидалось, все проанализированные образцы тела оказались положительными на ZIKV BR при 1 dpi, а средний уровень вируса составил 7,68 x 10 4 копий. . Эти результаты, вероятно, отражают вирусную нагрузку, полученную во время перорального инфицирования самок ROCK, и частицы ZIKV BR , все еще присутствующие в инфекционной крови, остающейся в болюсе крови внутри средней кишки.Неудивительно, что ни одна из голов не показала определяемых уровней ZIKV в этот период.
Количество обнаруженных вирусных копий постепенно увеличивалось в телах и головах за время эксперимента. При 4 dpi, когда кровь была полностью переварена, распространенность составила 70% в организме и 10% в голове, что указывает на то, что у некоторых самок ROCK инфекция ZIKV BR может развиваться быстрее, достигая головы и вызывая высокий уровень инфекции. интенсивность инфекции в нервных тканях (10 5 ) в течение короткого периода после заражения (рис. 4).
Количество инфицированных тел осталось на том же уровне (70%) при разрешении 7 dpi, однако количество инфицированных вирусом голов увеличилось до 70%, а средний уровень вируса увеличился примерно на 2 log. ZIKV BR был обнаружен в телах всех проанализированных образцов комаров с разрешением 11 и 14 dpi. Кроме того, пик вирусного уровня был достигнут при 11 dpi, и инфекционное плато поддерживалось в тканях тела между двумя последними периодами отбора проб (рис. 4).
Распространенность ZIKV BR составляла 80% при разрешении 11 dpi и 100% при 14 dpi.Средние уровни вируса увеличились в течение 14 дней заражения с 0,0 до 3,13 × 10 7 копий в головах комаров, получавших вирусный титр 2,27 × 10 6 БОЕ / мл (конечная концентрация). Частота заражения образцов ROCK head значительно различалась между ранним (1 и 4 dpi) и поздним временными точками заражения (7, 11 и 14 dpi) (точный критерий Фишера, p <0,05).
Обсуждение
Базовые знания о взаимодействии ZIKV с его векторами являются одним из приоритетов для создания прочной научной основы, поддерживающей традиционные и инновационные методы решения проблемы вируса Зика [26].Литература в этой области расширяется за счет недавних исследований, раскрывающих основные виды, естественно инфицированные ZIKV [27–29], и характеристики вирусной восприимчивости естественных популяций в регионах с потенциалом передачи в городах [5,30]. Какими бы важными ни были эти исследования с участием диких или недавно колонизированных комаров, хорошо адаптированные лабораторные штаммы переносчиков обеспечат прочную основу для надежных клеточных и молекулярных исследований взаимодействия вируса и комаров, в которых важны осуществимость и воспроизводимость.
Недавно адаптированные в лаборатории штаммы комаров, HWE и Orlando (ORL), были использованы для описания характера заражения вирусом чикунгунья (CHIKV). Оба штамма комаров были восприимчивы к CHIKV, а вирусные частицы были обнаружены в слюне только через два дня после заражения кровью. Характер инфекции CHIKV в средней кишке и скорость распространения были значительно ниже для ORL по сравнению со штаммом HWE до 3 точек на дюйм, хотя комары HWE и ORL показали одинаковую частоту заражения вирусом в слюне (60 и 65% соответственно) при 7 точках на дюйм. [31].
Наше исследование также обнаружило различия между лабораторно адаптированными штаммами во время инфекции ZIKV. Хотя Ae . aegypti динамика инфекции более быстрая для CHIKV (член альфавируса из семейства Togaviridae), чем для ZIKV (флавивирус из семейства Flaviviridae), штамм HWE демонстрирует более низкую распространенность слюны по сравнению со штаммом ROCK на ранних этапах отбора проб во время ЗИКВ BR инфекция. Такая же картина наблюдалась у комаров HWE в отношении штамма ORL при воздействии CHIKV [31].
Распространенность CHIKV в слюне HWE увеличивается с 20% при 2 dpi до 60% при 7 dpi, в отличие от штамма ORL (от 55% при 2 dpi до 65% при 7 dpi) [31]. Наше исследование также демонстрирует, что увеличение частоты обнаружения ZIKV BR в собранной слюне было более выражено у инфицированных HWE комаров (от 0% при 7 dpi до 20% при 14 dpi) по сравнению с RED (0% при 14 dpi). От 7 dpi до 5% при 14 dpi) и аналогично ROCK (от 10% при 7 dpi до 35% при 14 dpi). Этот результат удивителен, поскольку HWE имеет самый низкий уровень инфицирования среди штаммов при 7 dpi, в то время как комары ROCK показали чувствительность к ZIKV BR , что приводит к более быстрому установлению и распространению инфекции.Что еще более интересно, штамм HWE показал самую высокую нагрузку ZIKV BR в слюне на поздней стадии инфекции, и аналогичный результат был продемонстрирован для комаров HWE, инфицированных CHIKV [31].
Американская популяция Ae . aegypti перорально подвергались воздействию азиатского генотипа ZIKV, и вирусная инфекция и распространение наблюдались в первые дни после инфицирования. Хотя уровень инфицирования был высоким, темпы распространения и передачи были сравнительно низкими [5].Уровни инфицирования и обнаружения ZIKV в собранной слюне были аналогичны нашим результатам, но мы обнаружили высокие показатели диссеминации во всех Ae . протестированных штаммов aegypti .
В соответствии с нашими выводами о заражении ZIKV BR в Ae . aegypti лабораторных штаммов, в других исследованиях была обнаружена такая же высокая восприимчивость популяций диких комаров, инфицированных различными штаммами ZIKV, что подчеркивает, что эталонные штаммы могут имитировать паттерн заражения дикой популяции [5,32].
В настоящей работе кОТ-ПЦР используется как быстрый и эффективный метод для характеристики компетентности переносчиков [7] и точного измерения вирусных уровней во время процесса инфицирования [22,33]. Исследования показали устойчивую корреляцию между уровнями вирусной РНК и инфекционными вирусными частицами различных флавивирусов [34,35]. Основываясь на амплификации генома ZIKV BR , мы измерили уровни обнаружения ZIKV в собранной слюне, чтобы проверить компетентность ZIKV BR трех Ae . aegypti лабораторных штамма. Обнаружение вирусной РНК в слюне комаров показало, что инфекция слюнных желез и препятствия для побега были преодолены. Эти результаты были подтверждены инокуляцией слюны штаммов ROCK, HWE и RED на комаров, вызывая позднюю и стойкую инфекцию ZIKV BR у зараженных самок и обнаруживая, что Ae . aegypti комаров штаммов ROCK, HWE и RED соответствуют ZIKV BR .
Выводы
Результаты нашего исследования подтверждают, что лабораторные штаммы ROCK, HWE и RED не только поддерживают развитие бразильского вируса Зика, но также способны передавать вирус. Более того, мы продемонстрировали, что штамм ROCK обладает высочайшей квалификацией к ZIKV BR . Эти результаты предоставят полезные сравнения для будущих исследований и позволят определить штаммы, которые лучше всего подходят для желаемых экспериментов. В этом смысле эти знания являются фундаментальными для исследований-хозяев беспозвоночных вируса Зика, особенно потому, что мы определили основные аспекты инфекции штамма ZIKV BR у лабораторных комаров справочного материала Aedes aegypti .Эти знания являются первым шагом в поддержку исследований, направленных на понимание биологии ZIKV-векторов с упором на инновационные решения по борьбе с переносчиками.
Дополнительная информация
S1 Рис. Распространенность ZIKV
BR и вирусные уровни у комаров, которым вводили пулы собранной слюны лабораторных штаммов.Распространенность и уровни вируса на комара были зарегистрированы через 11 дней после инъекции пулов слюны, собранных из ROCK, HWE и RED, при 7 и 14 dpi.Каждый комар изображен сплошным ромбом. Черные полосы указывают среднее количество вирусных копий, а пунктирная серая линия показывает предел обнаружения.
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171951.s001
(TIF)
Благодарности
Мы благодарим доктора Педро Васконселоса из IEC Института Эвандро Шагаса в Белене за предоставление лиофилизированного изолята ZIKV, Карлу Торрес Бракони за технические советы и Изабель Кристину душ Сантуш Маркес и Эдиан Сараива Фернандес за техническую помощь.
Вклад авторов
- Концептуализация: ALCS RSI HRCA.
- Обработка данных: ALCS.
- Формальный анализ: ALCS.
- Финансирование: MLC.
- Расследование: ALCS RSI HRCA BBK DBLO SRM.
- Методология: ALCS RSI HRCA BBK.
- Администрация проекта: ALCS RSI.
- Ресурсы: MLC PMAZ ELD.
- Контроль: ALCS RSI MLC.
- Проверка: ALCS.
- Визуализация: ALCS.
- Написание — первоначальный черновик: ALCS RSI HRCA BBK MLC.
- Написание — просмотр и редактирование: ПМАЗ.
Ссылки
- 1. Муссо Д., Габлер DJ. Зика Вирус. Clin Microbiol Rev.2016; 29: 487–524. pmid: 27029595
- 2. Cugola FR, Fernandes IR, Russo FB, Freitas BC, Dias JLM, Guimarães KP и др.Бразильский штамм вируса Зика вызывает врожденные дефекты в экспериментальных моделях. Природа. Издательская группа «Природа»; 2016; 534: 267–271.
- 3. Млакар Дж., Корва М., Тул Н., Попович М., Польшак-Приатель М., Мраз Дж. И др. Вирус Зика, связанный с микроцефалией. N Engl J Med. 2016; 374: 951–958. pmid: 26862926
- 4. КТО. ВОЗ, Программа стратегического реагирования на вирус Зика и План совместных операций. 2016.
- 5. Chouin-Carneiro T, Vega-Rua A, Vazeille M, Yebakima A, Girod R, Goindin D и др.Различная восприимчивость Aedes aegypti и Aedes albopictus из Америки к вирусу Зика. Турелл MJ, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2016; 10: e0004543. pmid: 26938868
- 6. Ди Лука М., Северини Ф., Тома Л., Бокколини Д., Роми Р., Ремоли М.Э. и др. Экспериментальные исследования чувствительности итальянского Aedes albopictus к вирусу Зика. Евронаблюдение. 2016; 21: 30223.
- 7. Diagne CT, Diallo D, Faye O, Ba Y, Faye O, Gaye A, et al. Потенциал отобранных сенегальских видов Aedes spp.комары (Diptera: Culicidae) переносят вирус Зика. BMC Infect Dis. BMC Инфекционные заболевания; 2015; 15: 492. Pmid: 26527535
- 8. Бониццони М., Данн В.А., Кэмпбелл К.Л., Олсон К.Е., Маринотти О., Джеймс А.А. Комплексная модуляция транскриптома Aedes aegypti в ответ на инфекцию вирусом денге. PLoS One. 2012; 7.
- 9. Sim S, Jupatanakul N, Ramirez JL, Kang S, Romero-Vivas CM, Mohammed H, et al. Транскриптомное профилирование различных штаммов Aedes aegypti выявляет повышенную иммунную активацию на базальном уровне в популяциях, резистентных к вирусу денге, и выявляет новые молекулярные взаимодействия вирус-вектор.Рибейро JMC, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2013; 7: e2295. pmid: 23861987
- 10. Colpitts TM, Cox J, Vanlandingham DL, Feitosa FM, Cheng G, Kurscheid S, et al. Изменения транскриптома aedes aegypti при инфицировании вирусами западного нила, денге и желтой лихорадки. PLoS Pathog. 2011; 7.
- 11. Биссет Дж. А., Марин Р., Родригес М. М., Северсон Д. В., Рикардо И., Френч Л. и др. Устойчивость к инсектицидам у двух штаммов Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) из Коста-Рики.J Med Entomol. 2013; 50: 352–61. pmid: 23540124
- 12. Brito LP, Linss JGB, Lima-Camara TN, Belinato TA, Peixoto AA, Lima JBP и др. Оценка влияния мутаций Aedes aegypti kdr на резистентность к пиретроидам и стоимость ее пригодности. Кумар Н., редактор. PLoS One. 2013; 8: e60878. pmid: 235
- 13. Бирнтсен Б.Т., Джеймс А.А., Кристенсен Б.М. Генетика компетентности переносчиков комаров. Microbiol Mol Biol Rev.2000; 64: 115–137. pmid: 10704476
- 14. Куно Г.Ранняя история лабораторного разведения Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) с упором на происхождение и использование отобранных штаммов. J Med Entomol. 2010; 47: 957–971. pmid: 21175042
- 15. Араужо А., Араухо Диниз Д., Хельвесио Э., де Баррос Р., де Оливейра С.М., Эйрес К.Ф. и др. Восприимчивость популяций Aedes aegypti, демонстрирующих устойчивость темефоса к Bacillus thuringiensis israelensis: основа для управления. Векторы паразитов. 2013; 6: 297. pmid: 24499507
- 16. Londono-Renteria B, Troupin A, Conway MJ, Vesely D, Ledizet M, Roundy CM и др.Для заражения вирусом денге Aedes aegypti требуется предполагаемый белок яда, богатый цистеином. Брасс А.Л., редактор. PLOS Pathog. 2015; 11: e1005202. pmid: 264
- 17. Коджин Б.Б., Коста-да-Силва А.Л., Масиэль С., Энрикес Д.А., Карвалью Д.О., Мартин К. и др. Эндогенно экспрессируемый Nh3-конец белка циркумспорозоита препятствует инвазии спорозоитов в слюнные железы комаров. Малар Дж. БиоМед Централ; 2016; 15: 153.
- 18. Thathy V, Severson DW, Christensen BM.Переосмысление генетики восприимчивости Aedes aegypti к P. gallinaceum. J Parasitol. 1994; 80: 705–712. pmid: 7
- 5
- 19. Коста-да-Силва, А.Л., Наваррете, Франция, Сальвадор, Ф.С., Карина-Коста, М., Иошино, Р.С., Азеведо, Д.С. и др. Glytube: метод на основе конической трубки и парафильма M в качестве упрощенного устройства для искусственного кровоснабжения комара-переносчика денге Aedes aegypti. PLoS One. 2013; 8: e53816. pmid: 23342010
- 20. Андерсон С.Л., Ричардс С.Л., Smartt CT.Простой метод определения передачи арбовируса у комаров. J Am Mosq Control Assoc. 2010; 26: 108–111. pmid: 20402359
- 21. Wong P-SJ, Li MI, Chong C-S, Ng L-C, Tan C-H. Aedes (Stegomyia) albopictus (Skuse): потенциальный переносчик вируса Зика в Сингапуре. Турелл MJ, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2013; 7: e2348. pmid: 23936579
- 22. Dutra HLC, Rocha MN, Dias FBS, Mansur SB, Caragata EP, Moreira LA. Wolbachia блокирует циркулирующие в настоящее время изоляты вируса Зика у бразильских комаров Aedes aegypti.Клеточный микроб-хозяин. 2016; 19: 1–4.
- 23. Ланчотти Р.С., Косой О.Л., Лавен Дж. Дж., Велес Дж. О., Ламберт А. Дж., Джонсон А. Дж. И др. Генетические и серологические свойства вируса Зика, связанного с эпидемией, штат Яп, Микронезия, 2007. Emerg Infect Dis. 2008; 14: 1232–1239. pmid: 18680646
- 24. Коста-да-Силва А.Л., Кожин Б.Б., Маринотти О., Джеймс А.А., Капурро М.Л. Экспрессия и накопление двухдоменного одорант-связывающего белка AaegOBP45 в яичниках Aedes aegypti, получавших кровяное питание.Векторы паразитов. 2013; 6: 364. pmid: 24367904
- 25. Салазар М.И., Ричардсон Дж. Х., Санчес-Варгас И., Олсон К. Э., Бити Б. Дж.. Вирус денге типа 2: репликация и тропизмы у орально инфицированных комаров Aedes aegypti. BMC Microbiol. 2007; 7: 9. pmid: 17263893
- 26. Араужо Х., Карвалью Д., Иошино Р., Коста-да-Силва А., Капурро М. Стратегии борьбы с Aedes aegypti в Бразилии: внедрение новых технологий для преодоления продолжающихся эпидемий денге. Насекомые. 2015; 6: 576–594.pmid: 26463204
- 27. Grard G, Caron M, Mombo IM, Nkoghe D, Mboui Ondo S, Jiolle D, et al. Вирус Зика в Габоне (Центральная Африка) — 2007: новая угроза от Aedes albopictus? Чаррел Р., редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2014; 8: e2681. pmid: 24516683
- 28. Маркетт Н.Дж., Гарсия Р., Рудник А. Изоляция вируса Зика от комаров Aedes aegypti в Малайзии. Am J Trop Med Hyg. 1969; 18: 411–5. pmid: 4976739
- 29. Дик Г.В., Китчен С., Хаддов А.Вирус Зика (I). Выделения и серологическая специфичность. Trans R Soc Trop Med Hyg. 1952; 46: 509–520. pmid: 12995440
- 30. Ли МИ, Вонг PSJ, Нг ЛК, Тан Ч. Оральная восприимчивость сингапурских Aedes (Stegomyia) aegypti (Linnaeus) к вирусу Зика. Турелл MJ, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2012; 6: e1792. pmid: 22953014
- 31. Донг С., Кантор А.М., Лин Дж., Пассарелли А.Л., Клем Р.Дж., Франц AWE. Характер заражения и потенциал передачи вируса чикунгунья у двух адаптированных в лаборатории штаммов Aedes aegypti в Новом Свете.Издательская группа «Научная публика»; 2016; 6: 24729.
- 32. Ли МИ, Вонг PSJ, Нг ЛК, Тан Ч. Оральная восприимчивость сингапурских Aedes (Stegomyia) aegypti (Linnaeus) к вирусу Зика. Турелл MJ, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2012; 6: e1792.
- 33. Frentiu FD, Zakir T., Walker T., Popovici J, Pyke AT, van den Hurk A, et al. Ограниченная репликация вируса денге у собранных в полевых условиях комаров Aedes aegypti, инфицированных Wolbachia. Турелл MJ, редактор. PLoS Negl Trop Dis. 2014; 8: e2688.pmid: 24587459
- 34. Ричардсон Дж., Молина-Круз А., Салазар М. И., Блэк В. Количественный анализ РНК вируса денге-2 во время внешнего инкубационного периода у отдельных Aedes aegypti. Am J Trop Med Hyg. 2006; 74: 132–41. pmid: 16407358
- 35. Фэй О, Фэй О, Диалло Д., Диалло М., Вайдманн М., Салл А. Количественное определение вируса Зика с помощью ПЦР в реальном времени и оценка с помощью пойманных в полевых условиях комаров. Virol J. 2013; 10: 311. pmid: 24148652
Профиль Майкла Снайдера | Стэнфордские профили
Текущие исследования и научные интересы
В настоящее время мы находимся в процессе омической революции, когда геномы и другие омы можно легко охарактеризовать.Наша лаборатория использует различные подходы к анализу геномов и регуляторных сетей. Наше исследование сосредоточено на дрожжах, идеальном модельном организме, идеально подходящем для генетического анализа, и на людях.
1) Транскриптомы
Для аннотирования геномов мы разработали секвенирование РНК для аннотации дрожжевых и человеческих транскриптомов. Мы обнаружили, что эукариотический транскриптом намного сложнее, чем считалось ранее, и что эмбриональные стволовые клетки имеют больше изоформ транскрипта, чем дифференцированные клетки.
2) Сети связывания факторов транскрипции
Мы также разработали способы картирования сайтов связывания факторов транскрипции через геном. Мы использовали это для разработки регуляторных карт и использовали это, чтобы помочь расшифровать комбинаторный регуляторный код — какие факторы работают вместе, чтобы регулировать какие гены. Используя этот подход, мы наметили пути, важные для метаболизма и воспаления.
3) Интегрированные регуляторные сети
В дополнение к сетям связывания транскрипционных факторов мы также картировали сети фосфорилирования и взаимодействия метаболитов с белками.Эти исследования выявили новые глобальные регуляторы и ключевые точки в интегрированных регуляторных сетях.
4) Вариация
Мы анализировали различия между людьми и видами на двух уровнях: вариации последовательности ДНК и вариации регуляторной информации. Мы разработали парное секвенирование концов для людей и обнаружили, что у людей есть обширные структурные вариации (SV), то есть делеции, вставки и инверсии. Вероятно, это основная причина фенотипической изменчивости и болезней человека.Кроме того, картируя различия сайтов связывания между разными штаммами дрожжей и людьми, мы обнаружили, что люди различаются гораздо больше по своей регуляторной информации, чем по различиям в кодирующих последовательностях. Мы можем соотнести эти различия с различиями в SNPS и SV, тем самым связав различия некодирующей ДНК с регуляторной информацией.
5) Болезни человека
Наконец, мы применяем омические подходы к секвенированию генома, транскриптомике, протеомике, метаболомике, метилированию ДНК и анализу микробиома для анализа болезней человека.Эти интегративные омические подходы применяются, чтобы помочь понять молекулярную основу болезни и разработать диагностику и терапию.
RBC_BC
% PDF-1.6 % 735 0 объект > эндобдж 732 0 объект > эндобдж 734 0 объект > поток Acrobat Distiller 7.0.5 (Windows) False2011-12-01T23: 07: 07-05: 002011-12-01T23: 14: 02-05: 002011-12-01T23: 14: 02-05: 00Adobe Illustrator CS5
1-09-23T10: 19: 39-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 32: 59-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 35: 28-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 38: 54-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 39: 40-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 42: 23-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 44: 03-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 46: 35-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 46: 46-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 47: 29-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 47: 52-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 50: 53-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T10: 56: 32-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 03: 01-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 04: 21-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 05: 17-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 06: 30-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 06: 58-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T11: 12: 53-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T13: 42: 30-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T13: 48: 40-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T13: 49: 15-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 02: 39-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 03: 16-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 13: 06-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 24: 28-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 25: 46-04: 00Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 26: 34-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
1-09-23T14: 27: 27-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
9B0A2068118C14C83F2A4638D02011-09-30T14: 56: 35-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные
5C10A2068118C14C83F2A4638D02011-09-30T14: 57: 39-04: 00 Adobe InDesign 7.0 /; / метаданные