1. Введение / КонсультантПлюс
Для российского здравоохранения важным является получение достоверных статистических данных о ситуации по заболеваемости и смертности, связанной с COVID-19.
В связи с этим разработаны настоящие методические рекомендации по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости и первоначальной причины в статистике смертности, связанных с COVID-19 (далее — рекомендации).
При разработке настоящих рекомендаций были использованы «Международная статистическаяклассификацияболезней и проблем, связанных со здоровьем, десятого пересмотра» (далее — МКБ-10), обновления ВОЗ по COVID-19 , а также «Международные методические рекомендации по удостоверению и кодированию COVID-19 в качестве причины смерти» .
———————————
Приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 25.05.1997 N 170 «О переходе органов и учреждений здравоохранения Российской Федерации на Международную статистическую классификацию болезней и проблем, связанных со здоровьем X пересмотра».<3> https://www.who.int/classifications/icd/Guidelines_Cause_of_Death_COVID-19.pdf?ua=1.
Обновлениями ВОЗ с октября 2020 года введены следующие дополнительные коды, чтобы иметь возможность документировать или отмечать состояния, возникающие при COVID-19:
U08.9 — Личный анамнез COVID-19, неуточненный. Этот дополнительный код используется для записи более раннего эпизода COVID-19, подтвержденного или вероятного, который влияет на состояние здоровья человека, причем человек больше не болеет COVID-19.
U09.9 — Состояние после COVID-19, неуточненное. Этот необязательный код позволяет установить связь с COVID-19. Этот код не должен использоваться в случаях продолжающейся симптоматики COVID-19.
U10.9 — Мультисистемный воспалительный синдром, связанный с COVID-19, неопределенный.
U11.9 — Необходимость иммунизации против COVID-19 неуточненная. Этот код не должен использоваться для международного сравнения или для первичного кодирования смертности. Этот необязательный код предназначен для использования, когда лицо, которое может или не может быть больным, обращается в медицинские организации с конкретной целью получения вакцины против COVID-19. Профилактическая вакцинация от COVID-19. Исключено: иммунизация не проведена (Z28.-)
.
U12.9 — Вакцины против COVID-19, вызывающие неблагоприятные реакции при терапевтическом применении, неуточненные. Этот код должен использоваться как код внешней причины (т.е. как подрубрика рубрики Y59 «Другие и неуточненные вакцины и биологические вещества»). В дополнение к этому, следует использовать код из другого класса классификации, указывающий на характер неблагоприятного воздействия. Правильное использование вакцины против COVID-19 с профилактической целью как причина любой неблагоприятной реакции.
Коды U08.9, U09.9, U11.9 и U12.9 в статистике смертности не используются и не подлежат использованию при кодировании основного заболевания, но могут учитываться в статистике заболеваемости в качестве дополнительных кодов при выборочных статистических исследованиях.
Рекомендации предназначены для руководителей медицинских организаций и врачей всех специальностей.
Открыть полный текст документа
МКБ-10 код R98 | Смерть без свидетелей
ICD-10
ICD-10 is the 10th revision of the International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems (ICD), a medical classification list by the World Health Organization (WHO).
It contains codes for diseases, signs and symptoms, abnormal findings, complaints, social circumstances, and external causes of injury or diseases.
ATC
The Anatomical Therapeutic Chemical (ATC) Classification System is used for the classification of active ingredients of drugs according to the organ or system on which they act and their therapeutic, pharmacological and chemical properties.
It is controlled by the World Health Organization Collaborating Centre for Drug Statistics Methodology (WHOCC).
DDD
The defined daily dose (DDD) is a statistical measure of drug consumption, defined by the World Health Organization (WHO).
It is used to standardize the comparison of drug usage between different drugs or between different health care environments.
«Методические рекомендации по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости и первоначальной причины в статистике смертности, связанных с COVID-19. Версия 2» (утв. Минздравом России 02.07.2021)
Утверждаю
Заместитель Министра здравоохранения
Российской Федерации
Е.Г.КАМКИН
2 июля 2021 г.
МЕТОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ
ПО КОДИРОВАНИЮ И ВЫБОРУ ОСНОВНОГО СОСТОЯНИЯ В СТАТИСТИКЕ
ЗАБОЛЕВАЕМОСТИ И ПЕРВОНАЧАЛЬНОЙ ПРИЧИНЫ В СТАТИСТИКЕ
СМЕРТНОСТИ, СВЯЗАННЫХ С COVID-19
ВЕРСИЯ 2
1. Введение
Для российского здравоохранения важным является получение достоверных статистических данных о ситуации по заболеваемости и смертности, связанной с COVID-19.
В связи с этим разработаны настоящие методические рекомендации по кодированию и выбору основного состояния в статистике заболеваемости и первоначальной причины в статистике смертности, связанных с COVID-19 (далее — рекомендации).
При разработке настоящих рекомендаций были использованы «Международная статистическая классификация болезней и проблем, связанных со здоровьем, десятого пересмотра» <1> (далее — МКБ-10), обновления ВОЗ по COVID-19 <2>, а также «Международные методические рекомендации по удостоверению и кодированию COVID-19 в качестве причины смерти» <3>.
———————————
<1> Приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 25.05.1997 N 170 «О переходе органов и учреждений здравоохранения Российской Федерации на Международную статистическую классификацию болезней и проблем, связанных со здоровьем X пересмотра».
<2> https://www.who.int/classifications/icd/icd10updates/en/.
<3> https://www.who.int/classifications/icd/Guidelines_Cause_of_Death_COVID-19.pdf?ua=1.
Обновлениями ВОЗ с октября 2020 года введены следующие дополнительные коды, чтобы иметь возможность документировать или отмечать состояния, возникающие при COVID-19:
U08.9 — Личный анамнез COVID-19, неуточненный. Этот дополнительный код используется для записи более раннего эпизода COVID-19, подтвержденного или вероятного, который влияет на состояние здоровья человека, причем человек больше не болеет COVID-19.
U09.9 — Состояние после COVID-19, неуточненное. Этот необязательный код позволяет установить связь с COVID-19. Этот код не должен использоваться в случаях продолжающейся симптоматики COVID-19.
U10.9 — Мультисистемный воспалительный синдром, связанный с COVID-19, неопределенный.
U11.9 — Необходимость иммунизации против COVID-19 неуточненная. Этот код не должен использоваться для международного сравнения или для первичного кодирования смертности. Этот необязательный код предназначен для использования, когда лицо, которое может или не может быть больным, обращается в медицинские организации с конкретной целью получения вакцины против COVID-19. Профилактическая вакцинация от COVID-19. Исключено: иммунизация не проведена (Z28.-).
U12.9 — Вакцины против COVID-19, вызывающие неблагоприятные реакции при терапевтическом применении, неуточненные. Этот код должен использоваться как код внешней причины (т.е. как подрубрика рубрики Y59 «Другие и неуточненные вакцины и биологические вещества»). В дополнение к этому, следует использовать код из другого класса классификации, указывающий на характер неблагоприятного воздействия. Правильное использование вакцины против COVID-19 с профилактической целью как причина любой неблагоприятной реакции.
Коды U08.9, U09.9, U11.9 и U12.9 в статистике смертности не используются и не подлежат использованию при кодировании основного заболевания, но могут учитываться в статистике заболеваемости в качестве дополнительных кодов при выборочных статистических исследованиях.
Рекомендации предназначены для руководителей медицинских организаций и врачей всех специальностей.
2. Оформление первичной медицинской документации в случаях,
связанных с COVID-19
Выбор основного заболевания в случаях, связанных с COVID-19, для оформления заключительного диагноза должен производиться в конце эпизода оказания медицинской помощи. При оказании медицинской помощи в стационарных условиях заключительный клинический диагноз может не совпадать с предварительным диагнозом и диагнозом при поступлении.
Диагноз устанавливается на основании жалоб, данных анамнеза, осмотра, проведения лабораторных, инструментальных и иных исследований.
При выборе диагноза основного заболевания, при наличии нескольких заболеваний («легкое или длительно сохраняющееся состояние, и более тяжелое состояние, по поводу которого больной получал помощь»), в соответствии с правилом МВ1 по МКБ-10, в качестве основного должно быть выбрано более тяжелое состояние.
Во всех случаях летальных исходов должен быть оформлен посмертный эпикриз.
Указание промежутка времени для всех состояний, записанных в свидетельстве о смерти, обязательно.
Оформление медицинского свидетельства о смерти в случаях, связанных с COVID-19, производится в соответствии с методическими рекомендациями Минздрава России. При этом заключительный клинический диагноз должен быть уточнен.
В части II свидетельства должны быть указаны прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с ней.
Врачами-патологоанатомами и врачами — судебно-медицинскими экспертами медицинские свидетельства о смерти выдаются на основании диагнозов, указанных в «Протоколах патолого-анатомических вскрытий» <4>, «Заключении эксперта (экспертиза трупа)» <5> и в «Акте судебно-медицинского исследования трупа» <6>.
———————————
<4> Учетная форма N 013/у, утвержденная приказом Минздрава России от 06.06.2013 N 354н «О порядке проведения патолого-анатомических вскрытий» (зарегистрирован в Минюсте России 16.12.2013, регистрационный N 30612).
<5> Учетная форма N 170/у, утвержденная приказом Минздрава СССР от 04.10.1980 N 1030 «Об утверждении форм первичной медицинской документации учреждений здравоохранения».
<6> Учетная форма N 171/у, утвержденная приказом Минздрава СССР от 04.10.1980 N 1030 «Об утверждении форм первичной медицинской документации учреждений здравоохранения».
Формулирование всех видов посмертных диагнозов в случаях, связанных с COVID-19, оформление свидетельства, кодирование и выбор первоначальной причины смерти производятся по единым правилам.
3. Случаи, связанные с COVID-19 в статистике заболеваемости
Диагноз «COVID-19» для статистического учета в статистике заболеваемости должен быть выставлен в конце каждого эпизода оказания медицинской помощи.
При обращении в медицинскую организацию заболевание, по поводу которого пациент обратился в данном эпизоде, выбирают в качестве основного.
Для целей статистического учета, в случаях, связанных с COVID-19, заключительный клинический диагноз и его код по МКБ-10 заносится в «Талон пациента, получающего медицинскую помощь в амбулаторных условиях» <7> или в «Статистическую карту выбывшего из стационара» <8>.
———————————
<7> Учетная форма N 025-1/у, утвержденная приказом Минздрава России от 15.12.2014 N 834н «Об утверждении унифицированных форм медицинской документации, используемых в медицинских организациях, оказывающих медицинскую помощь в амбулаторных условиях, и порядков по их заполнению» (зарегистрирован Минюстом Российской Федерации 20.02.2015, регистрационный номер 36160).
<8> Учетная форма N 066/у-02, утвержденная приказом Минздрава России от 30.12.2002 N 413 «Об утверждении учетной и отчетной медицинской документации».
Примерные формулировки диагноза, связанного с COVID-19:
U07.1 — Коронавирусная инфекция COVID-19, вирус идентифицирован
U07.1 — COVID-19, положительный результат теста на вирус
U07.1 — COVID-19
U07.2 — Коронавирусная инфекция COVID-19, вирус не идентифицирован
U07.2 — COVID-19, вирус не идентифицирован
U07.2 — Подозрение на COVID-19
U07.2 — Подозрение на COVID-19, тест не проведен
Z03.8 — Подозрение на COVID-19, исключенное отрицательным результатом теста на вирус
Z03.8 — Наблюдение при подозрении на COVID-19
Z22.8 — Носительство возбудителя COVID-19
Z20.8 — Контакт с больным COVID-19
Z11.5 — Скрининговое обследование с целью выявления COVID-19
Z29.0 — Изоляция
U08.9 — В личном анамнезе COVID-19
U09.9 — Состояние после COVID-19
U11.9 — Необходимость иммунизации против COVID-19
U12.9 — Вакцина против COVID-19, вызвавшая неблагоприятную реакцию.
В случае анормальной реакции на введение вакцины применяется двойное кодирование, например:
Основное заболевание: Анафилактический шок, связанный с введением вакцины против COVID-19 (код МКБ-10: T88.6)
Внешняя причина: Вакцина против COVID-19, вызвавшая неблагоприятную реакцию (код МКБ-10: U12.9).
Диагноз «COVID-19» без дополнительных уточнений означает, что диагноз заболевания установлен, обоснован и подтвержден лабораторным тестом.
Регистрации подлежат — основное заболевание и все записанные фоновые, конкурирующие, сочетанные и сопутствующие заболевания для включения в отчетную форму федерального статистического наблюдения N 12 «Сведения о числе заболеваний, зарегистрированных у пациентов, проживающих в районе обслуживания медицинской организации» <9>.
———————————
<9> Приказ Росстата от 18.12.2020 N 812 «Об утверждении формы федерального статистического наблюдения с указаниями по ее заполнению для организации Министерством здравоохранения Российской Федерации федерального статистического наблюдения в сфере охраны здоровья».
При необходимости получения информации о частоте осложнений COVID-19 для проведения анализа может быть проведено выборочное статистическое исследование, для которого используют дополнительные коды осложнений в соответствии с их формулировками, содержащимися в томе 3 МКБ-10.
Заключительный клинический диагноз, в случаях, связанных с COVID-19, должен быть по возможности уточнен. Нежелательно использовать формулировки, типа «подозрение на COVID-19». В исключительных случаях, при отказе пациента от обследования, такой диагноз может быть зарегистрирован.
В случае выявления вируса при отсутствии жалоб, объективных и дополнительных данных, данное состояние следует расценивать как носительство вируса и кодировать рубрикой Z22.8.
Коды XXI класса МКБ-10 (Z00 — Z99) заболеваниями не являются, не используются для кодирования основного заболевания, для расчета показателей заболеваемости не используются и не включаются в статистику смертности.
При осложнениях вакцинации против COVID-19 используют двойное кодирование: основное состояние и его код из XIX класса МКБ-10, а формулировка и код внешней причины — из XXII класса (МКБ-10: U12.9).
4. Случаи, связанные с COVID-19 в статистике смертности
При оформлении медицинского свидетельства о смерти важно следовать рекомендациям ВОЗ и положениям МКБ-10.
В медицинских свидетельствах о смерти рекомендуется указывать логическую последовательность патологических процессов, приведших к смерти от COVID-19.
При выявлении ошибок оформления первичной медицинской документации, кодирования и выбора первоначальной причины смерти, в случаях, связанных с COVID-19, выдается новое свидетельство «окончательное взамен окончательного», которое передается в территориальное подразделение Росстата.
Все случаи смерти, связанные с COVID-19, подразделяются на две группы:
1 — случаи, когда COVID-19 выбирают в качестве первоначальной причины смерти;
2 — случаи, когда COVID-19 выбирают в качестве прочего важного состояния, способствовавшего смерти.
5. Случаи, когда COVID-19 выбирают в качестве
первоначальной причины смерти
В соответствии с обновлениями ВОЗ 2016 года <10>, при выборе первоначальной причины смерти, отклоняется последовательность, при которой другие вновь возникающие болезни, заявленные ВОЗ (SARS, COVID-19) считаются следствием любого другого заболевания или состояния, даже болезни, вызванной ВИЧ, злокачественных новообразований и состояний, ослабляющих иммунную систему.
———————————
<10> https://icd.who.int/browsel0/Content/statichtml/ICD10Volume2_en_2016.pdf
Иными словами, любые другие заболевания, даже болезнь, вызванная ВИЧ, злокачественные новообразования и состояния, ослабляющие иммунную систему, не являются причиной возникновения COVID-19 и при их сочетании не должны выбираться в качестве первоначальной причины смерти, а должны быть указаны в части II медицинского свидетельства о смерти.
Примеры по кодированию и выбору первоначальной причины в статистике смертности, связанных с COVID-19, приведены в приложении.
Приложение
Пример 1
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: COVID-19 (U07.1)
Осложнения:
— вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2;
— острый респираторный дистресс синдром;
— дыхательная недостаточность.
Сопутствующие заболевания:
— постинфарктный кардиосклероз;
— застойная сердечная недостаточность.
Медицинское свидетельство о смерти:
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Острый респираторный дистресс синдром | 3 суток | J | 8 | 0 | . | X | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2 | 10 дней | J | 1 | 2 | . | 8 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | COVID-19 | 14 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Постинфарктный кардиосклероз с застойной сердечной недостаточностью | 3 года | I25.8 |
В данном примере записана правильная логическая последовательность: состояние, записанное на нижней строке части I свидетельства, явилось причиной возникновения всех состояний, записанных выше. В соответствии с правилом МКБ-10 («Общий принцип») первоначальная причина смерти располагается на нижней заполненной строке — в). В медицинском свидетельстве о смерти первоначальная причина смерти подчеркнута. В части II записаны хронические заболевания, которые способствовали смерти.
Пример 2
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: COVID-19 с положительным лабораторным тестом (U07.1).
Осложнения:
— двусторонняя пневмония;
— сепсис;
— дыхательная недостаточность.
Сопутствующие заболевания:
— болезнь, вызванная ВИЧ, с туберкулезом и саркомой Капоши.
Медицинское свидетельство о смерти:
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | ||||||||
I. | а) | Сепсис | 2 суток | A | 4 | 1 | . | 9 | ||
болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти | ||||||||||
б) | Двусторонняя пневмония | 24 дня | J | 1 | 8 | . | 9 | |||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | ||||||||||
в) | COVID-19, положительный результат теста на вирус | 30 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | |||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | ||||||||||
г) | ||||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | ||||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но нс связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Болезнь, вызванная ВИЧ, с туберкулезом и саркомой Капоши | 2 года | B22.7 |
В данном примере при сочетании COVID-19 с хроническим заболеванием (болезнь, вызванная ВИЧ) в качестве первоначальной причины смерти выбирают острое состояние — COVID-19 (U07.1). При этом в первичной медицинской документации должны быть указаны осложнения COVID-19.
Пример 3
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: коронавирусная инфекция COVID-19,
вирус идентифицирован
Осложнения:
— вирусный менингоэнцефалит;
— отек мозга;
— фибрилляция предсердий.
Сопутствующие заболевания:
— дилятационная кардиомиопатия.
Медицинское свидетельство о смерти:
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Отек мозга | 1 суток | G | 9 | 3 | . | 6 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Вирусный менингоэнцефалит | 7 дней | A | 8 | 6 | . | X | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | Коронавирусная инфекция COVID-19, вирус идентифицирован | 12 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Дилатационная кардиомиопатия | 2 года | I42.0 |
В данном примере в соответствии с правилами МКБ-10 вирусный менингит следует рассматривать как следствие COVID-19, поэтому первоначальной причиной смерти выбирают COVID-19, а дилатационную кардиомиопатию, как хроническое заболевание, записывают в части II свидетельства.
В практике могут встречаться случаи, когда у пациента с COVID-19, осложненного, например, пневмонией и отеком легкого, развивается острый инфаркт миокарда. В таких случаях, в соответствии с правилом МКБ-10, первоначальной причиной следует выбирать COVID-19.
Пример 4
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: коронавирусная инфекция COVID-19,
вирус идентифицирован
Фоновое заболевание:
— сахарный диабет 2 типа с почечными осложнениями.
Осложнения:
двусторонняя полисегментарная вирусная пневмония;
— дыхательная недостаточность;
— острый инфаркт миокарда задней стенки левого желудочка;
— отек легких.
Медицинское свидетельство о смерти:
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Острый инфаркт миокарда задней стенки левого желудочка | 2 суток | I | 2 | 1 | . | 2 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Двусторонняя полисегментарная вирусная пневмония | 8 дней | J | 1 | 2 | . | 8 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | COVID-19 | 10 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Сахарный диабет 2 типа с почечными осложнениями | 5 лет | E11.2 |
В данном примере в соответствии с правилами МКБ-10, проверенными по таблицам принятия решений (ACME), COVID-19, записанный на нижней строке явился причиной возникновения и инфаркта миокарда и двусторонней полисегментарной пневмонии, следовательно, выбирается первоначальной причиной смерти.
В случаях, когда острый инфаркт миокарда развился до возникновения COVID-19, и имеются осложнения COVID-19 (пневмония и др.), при летальном исходе, первоначальной причиной смерти выбирают COVID-19, а острый инфаркт миокарда записывают в части II свидетельства.
Пример 5
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: COVID-19 с положительным лабораторным тестом.
Сочетанное заболевание:
— внутримозговое кровоизлияние внутрижелудочковое.
Осложнения:
— двусторонняя вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2;
— дыхательная недостаточность;
— отек легкого.
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Отек легкого | 1 суток | J | 8 | 1 | . | X | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Двусторонняя вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2; | 8 суток | J | 1 | 2 | . | 8 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | COVID-19, положительный лабораторный тест | 13 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Внутримозговое кровоизлияние внутрижелудочковое | 2 недели | I61.5 |
В данном примере внутримозговое кровоизлияние, по правилу МКБ-10 не является следствием COVID-19. Оба состояния между собой не взаимосвязаны. Первоначальной причиной смерти выбирают более тяжелое состояние с осложнениями, т.е. COVID-19 с пневмонией, а другое острое заболевание записывают в части II медицинского свидетельства о смерти.
Пример 6
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: COVID-19 (U07.1).
Осложнения:
— двусторонняя вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2
— тромбоэмболия легочной артерии
— дыхательная недостаточность
Сопутствующие заболевания:
— злокачественное новообразование средней трети тела желудка, cT3N0M0 IIб стадия (тубулярная аденокарцинома G1)
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Тромбоэмболия легочной артерии из вен малого таза | 12 часов | I | 2 | 6 | . | 9 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Двусторонняя вирусная пневмония, вызванная SARS-CoV-2 | 7 дней | J | 1 | 2 | . | 8 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | COVID-19 | 10 дней | U — | 0 — | 7 — | . — | 1 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Рак тела желудка IIб стадия | 6 месяцев | C16.2 |
В данном примере по правилу МКБ-10 при сочетании COVID-19 и злокачественного новообразования, первоначальной причиной смерти выбирают COVID-19, а хроническое заболевание (рак) записывают в части II.
Таким образом, любые хронические заболевания при сочетании с COVID-19 с осложнениями, выбираются в качестве прочих важных состояний, способствовавших смерти, и записываются в части II медицинского свидетельства о смерти.
6. Случаи, когда COVID-19 выбирают в качестве прочего
важного состояния, способствовавшего смерти
При сочетании установленного диагноза COVID-19 с некоторыми острыми состояниями, в качестве первоначальной причины следует выбирать острые состояния:
1. Травмы и отравления. Следует обратить внимание, что при травмах и отравлениях в Российской Федерации используется двойное кодирование и учитываются обе причины смерти как первоначальные: например, травматическое субдуральное кровоизлияние (характер травмы) и дорожный несчастный случай (внешняя причина).
2. Острая хирургическая патология. COVID-19 может сочетаться с острой хирургической патологией, требующей экстренного оперативного вмешательства (язвенное кровотечение, прободная язва желудка, острый аппендицит и др.). Данные состояния должны выбираться в качестве первоначальной причины смерти, а COVID-19 записывают в части II свидетельства.
Следует обратить внимание на случаи COVID-19 легкой степени тяжести, без смертельных осложнений. Такие случаи, в соответствии с правилом МКБ-10, не должны включаться в часть II медицинских свидетельств о смерти, так как не являлись прочими важными состояниями (заболеваниями), способствующими смерти.
При оформлении заключительного клинического, патологоанатомического и судебно-медицинского диагнозов при летальных исходах в таких случаях в качестве основного заболевания и прочих важных состояний (коморбидных заболеваний), способствующих смерти, выбирают имеющиеся тяжелые заболевания, включая хронические, со смертельными осложнениями в соответствии с правилами МКБ-10, а COVID-19 вносят в рубрику сопутствующих заболеваний.
Пример 7
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: субдуральное травматическое кровоизлияние.
Осложнения:
— травматический отек головного мозга
Внешняя причина:
— столкновение пешехода с легковым автомобилем, травма пешехода,
— дорожный несчастный случай
Сопутствующие заболевания:
— перелом основания черепа
— COVID-19
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Отек головного мозга травматический | 2 часа | S | 0 | 6 | . | 1 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Кровоизлияние субдуральное травматическое | 1 сутки | S — | 0 — | 6 — | . — | 5 — | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | |||||||||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | Столкновение пешехода с легковым автомобилем травма пешехода, дорожный несчастный случай | 1 сутки | V — | 0 — | 3 — | . — | 1 — | ||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Перелом основания черепа COVID-19 | 1 сутки 8 дней | S02.1 U07.1 |
В данном случае в качестве основного заболевания в заключительном клиническом диагнозе выбрано субдуральное травматическое кровоизлияние в соответствии с ранговой таблицей ВОЗ <11>. Это соответствует правилу МКБ-10, о том, что в качестве основного состояния в статистике заболеваемости выбирается только одна нозологическая единица. Другие травмы должны быть записаны в качестве сопутствующих состояний, а в свидетельстве указывают только те травмы, которые повлияли на смерть.
———————————
<11> https://icd.who.int/browse10/Content/statichtml/ICD10Volume2_en_2016.pdf.
В данном примере смерть произошла от дорожного несчастного случая. Эта внешняя причина не связана с COVID-19, возникла позже и должна быть выбрана в качестве первоначальной причины смерти.
Пример 8
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: острая язва желудка с кровотечением.
Осложнения:
— желудочное кровотечение;
— острая постгеморрагическая анемия;
— сердечная недостаточность.
Сопутствующие заболевания:
— COVID-19
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Острая постгеморрагическая анемия | 2 часа | D | 6 | 2 | . | X | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Желудочное кровотечение | 3 часа | K | 9 | 2 | . | 2 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | Острая язва желудка с кровотечением | 1 сутки | K — | 2 — | 5 — | . — | 0 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) COVID-19 | 5 дней | U07.1 |
В данном примере в качестве первоначальной причины смерти выбирают острое состояние — острую язву желудка с кровотечением, а COVID-19 записывают в части II свидетельства как прочую причину смерти.
Пример 9
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: острый аппендицит с прободением.
Осложнения:
— острый перитонит;
— сепсис;
— сердечная недостаточность.
Сопутствующие заболевания:
— COVID-19
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Сепсис | 8 часов | A | 4 | 1 | . | 9 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | Острый перитонит | 1 суток | K | 6 | 5 | . | 0 | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | Острый аппендицит с прободением | 2 суток | K — | 3 — | 5 — | . — | 2 — | ||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Операция: аппендэктомия, дата 15.01.2021 COVID-19 | 7 дней | U07.1 |
В данном примере острое заболевание, потребовавшее оперативной хирургической помощи, выбрано в качестве первоначальной причины смерти, а COVID-19 записан в качестве прочей причины смерти.
7. Случаи COVID-19 при беременности
Все случаи заболеваний (кроме травм и отравлений), осложняющих беременность, роды и послеродовый период входят в показатель материнской смертности и кодируются только кодами XV класса МКБ-10.
Пример 10
Заключительный клинический диагноз:
Основное заболевание: COVID-19, осложнивший беременность 20 недель.
Осложнения:
— двусторонняя полисегментарная пневмония
Сопутствующие заболевания:
— нефропатия
Медицинское свидетельство о смерти
Причины смерти: | Приблизительный период времени между началом патологического процесса и смертью | Код МКБ-10 | |||||||
I. | а) | Двусторонняя полисегментарная пневмония | 8 дней | O | 9 | 9 | . | 5 | |
(болезнь или состояние, непосредственно приведшее к смерти) | |||||||||
б) | COVID-19, осложнивший беременность | 14 дней | O — | 9 — | 8 — | . — | 5 — | ||
(патологическое состояние, которое привело к возникновению вышеуказанной причины) | |||||||||
в) | |||||||||
(первоначальная причина смерти указывается последней) | |||||||||
г) | |||||||||
(внешняя причина при травмах и отравлениях) | |||||||||
II. | Прочие важные состояния, способствовавшие смерти, но не связанные с болезнью или патологическим состоянием, приведшим к ней, включая употребление алкоголя, наркотических средств, психотропных и других токсических веществ, содержание их в крови, а также операции (название, дата) Нефропатия | 3 недели | O26.8 |
Все случаи любых заболеваний (кроме травм и отравлений), осложняющих беременность, роды и послеродовый период входят в показатель материнской смертности и кодируются только кодами XV класса МКБ-10.
8. Заключение
Таким образом, статистический учет COVID-19 в статистике заболеваемости и смертности имеет свои особенности.
Важным для обеспечения достоверной статистики заболеваемости и смертности является строгое соблюдение правил МКБ-10, на что обращает внимание ВОЗ:
«Цель классификации (кодирования) смертности состоит в том, чтобы по возможности получать максимально полезные статистические данные о причинах смертности. Так, принятие и отклонение последовательностей может отвечать интересам, имеющим большое значение для общественного здравоохранения, и не совпадать с тем, что является приемлемым с чисто медицинской точки зрения. Поэтому всегда применяйте эти инструкции, независимо от того, считаются ли они правильным с медицинской точки зрения или нет. Отдельные страны не должны исправлять то, что посчитают ошибкой, поскольку изменения на национальном уровне приведут к получению данных, которые будут менее сопоставимы с данными из других стран и, следовательно, будут менее полезны для анализа» <12>.
———————————
<12> https://www.who.int/classifications/icd/Guidelines_Cause_of_Death_COVID-19.pdf?ua=1
В соответствии с рекомендациями ВОЗ руководителям медицинских организаций необходимо обеспечить проведение ручной проверки правильности выбора первоначальной причины смерти во всех случаях, связанных с COVID-19. Эта проверка должна быть поручена специалистам службы медицинской статистики, имеющим подготовку по МКБ-10 <13>. Специалисты службы медицинской статистики обязаны проверять правильность оформления первичной медицинской документации и свидетельства в соответствии с установленными правилами, а в случае неправильного выбора основного состояния или первоначальной причины смерти, должны возвратить первичный учетный документ врачу для исправления в соответствии с правилами МКБ-10.
———————————
<13> Письмо Минздрава России от 18.07.16 N 13-2/10/2-4396 «О совершенствовании работы службы медицинской статистики».
Микробиологическая испытательная лаборатория | Тестирование пищевых продуктов
Простота выполнения микробиологических проектов и испытаний на срок годностиДополнительный день хранения может сэкономить миллиарды долларов на потраченных впустую пищевых продуктах.
Исследование 2014 года показало, что можно сэкономить 2,64 миллиарда долларов в год, если сократить количество пищевых отходов, предоставив продуктам дополнительный день хранения.
Министерство сельского хозяйства США также обнаружило в исследовании 2010 года, что 31% продуктов питания, ежегодно производимых в Соединенных Штатах, не были доступны для потребления из-за низкого срока хранения.
Однако необходимое пространство, команда и ресурсы для проведения микробиологических проектов и тестирования срока годности часто ограничены.
Из статистики пищевых отравлений ясно видно, что безопасность пищевых продуктов выходит за рамки обычных проверок. По данным CDC, каждый шестой американец (то есть 48 миллионов американцев) ежегодно заболевает болезнями пищевого происхождения.
Это означает, что для соблюдения стандартов безопасности пищевых продуктов необходимы специализированные и технические услуги. Команда экспертов Food Safety Net Services (FSNS) располагает сертифицированными лабораториями и ресурсами для решения этой задачи, предлагая широкий выбор услуг, связанных с безопасностью пищевых продуктов, включая тестирование, анализ, исследования, идентификацию, контроль качества и отслеживание источников.
FSNS имеет самую большую сеть лабораторий пищевых продуктов и микротест в Соединенных Штатах. Он имеет сеть из девятнадцати лабораторий ISO 17025, разбросанных по всей территории Соединенных Штатов, одна из которых находится в Канаде, а другая в Мексике, что упрощает транспортировку образцов и эффективное проведение испытаний. Свяжитесь с нами, чтобы узнать больше.
Наиболее распространенные виды технических услуг при тестировании пищевых продуктовЕсли обычные проверки — это не все, что требуется, существует целый ряд тестов, анализов и исследований, которые должны быть включены в весь процесс тестирования пищевых продуктов.Два наиболее распространенных:
1. Микробиологические проекты
Среди вариантов тестирования, предлагаемых FSNS, — лабораторные исследования проблем. Сюда входят исследования ингибирования роста, исследования инактивации и исследования комбинации.
Еще один важный набор вариантов тестирования — это исследования проблем на предприятии. Здесь исследования инактивации проводятся с использованием непатогенных суррогатных микроорганизмов для проверки эффективности химического погружения и распыления, а также для проверки условий термической обработки.
FSNS также проводит тестирование на бактериальные токсины. Тесты проводятся на стафилококковые энтеротоксины и диарейный энтеротоксин Bacillus cereus.
Другие варианты включают программы проверки квалификации, такие как программы микробиологической проверки квалификации и программы проверки квалификации химиков.
FSNS также предлагает IR Biotyper® от Bruker — типирование микробных штаммов для контроля качества и отслеживания источников в реальном времени. Это позволяет отслеживать загрязнение, сравнивать штаммы и анализировать первопричины нежелательных элементов в пищевых продуктах.
Опытные команды руководителей лабораторий FSNS состоят из ученых, которые обучены отвечать на ваши технические вопросы и вопросы, связанные с обслуживанием.
2. Исследования срока годности
FSNS проводит исследования в холодильных камерах и розничных витринах, исследования при хранении при комнатной температуре, органолептическую и химическую оценку, а также исследования при хранении с ускоренным сроком годности (модель Q10).
Все они рассматривают факторы, которые сокращают срок хранения, и ищут способы сделать пищевые продукты более долговечными или иметь динамический срок хранения.
Этапы запуска микробиологических проектов и тестирования срока годности1. Проведите тщательное тестирование
Существуют пределы, до которых можно проводить плановые проверки пищевых продуктов. FDA легко расследует и предупреждает о пищевых продуктах, которые могут содержать вредные вещества. Это может быть очень вредным для бренда, поскольку может убить маркетинговые усилия и снизить доверие клиентов.
Несколько научных процессов, таких как тесты и исследования, необходимы для обеспечения безопасности пищевых продуктов.
FSNS провела более 6,6 миллиона тестов в 2020 году для 3500 довольных клиентов. Его команда ученых знает, какие тесты следует проводить, чтобы гарантировать безопасность каждого продукта.
2. Определите цели
В процессе тестирования необходимо определить четкие цели, будь то увеличение срока хранения продуктов или выяснение, почему они истекают раньше установленного срока. Другой важной целью может быть тестирование на токсины бактерий или мониторинг загрязнения.
Если заранее знать, что необходимо, это поможет процессу и даже может привести к дополнительным вопросам и открытиям о продукте.
3. Работа с командой экспертов
Для достижения этих целей важно, чтобы клиенты работали в тесном сотрудничестве с командой экспертов, назначенных для проекта. Им нужно будет предоставить команде достаточно места для выполнения своей работы, а также принять участие в процессе, чтобы они могли задавать вопросы, знать, что нужно улучшить, и получать из первых рук анализ образцов.
Получение необходимых технических услугНаши команды всегда готовы предоставить экспертный анализ, тестирование и исследования.В FSNS есть все необходимое для комплексных микробиологических проектов и тестирования срока годности, в лабораториях, сертифицированных по стандарту ISO 17025, по всей территории Соединенных Штатов, а также в Канаде и Мексике.
COVID-19 и посмертные микробиологические исследования
Введение в коронавирусы. SARS-CoV-2Коронавирус (CoV) — это общее название для представителей подсемейства Orthocoranavirinae. Таксономически они принадлежат к семейству Coronaviridae, отряду Nidovirales. Эти вирусы широко распространены и в 1960-х годах были признаны патогенами человека.Это зоонозные вирусы, которые могут передаваться от животных к человеку, поэтому они оказывают серьезное экономическое и социальное воздействие. Название коронавирус происходит из-за структуры вируса, наблюдаемого под электронным микроскопом, поскольку кажется, что он имеет на своей поверхности своего рода корону, похожую на внешний вид солнца.1
Существует четыре типа коронавируса, которые различаются по последовательность их белков: альфакоронавирус, бетакоронавирус, гаммакоронавирус и дельтакоронавирус. Первые два заражают млекопитающих и могут быть резервуаром у летучих мышей, в то время как род Gammacoronavirus включает все птичьи коронавирусы.Дельтакоронавирус поражает как млекопитающих, так и птиц.2
Человечество поражает семью типами коронавируса, и до вспышки SARS-CoV в 2003 году они считались причиной легких и самоограничивающихся респираторных инфекций. В настоящее время известны коронавирусы человека: коронавирус 229E (HCoV-229E), коронавирус OC43 (HCoV-OC43), SARS CoV, коронавирус NL63 (HCoV-NL63), коронавирус человека HKU1 (HCoV-HKU1), респираторный синдром Ближнего Востока (MSC). -CoV) и уханьский коронавирус или SARS-CoV-2.Четыре из этих семи вирусов (HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 и HCoV-HKU1) специфически влияют на человеческий вид и вызывают от 15% до 30% инфекций дыхательных путей каждый год с очень серьезными симптомами у новорожденных. , пожилые люди и люди с основными заболеваниями. В основном они поражают нижние дыхательные пути.3,4
Три других коронавируса (SARS-CoV, MERS-CoV и SARS-CoV-2 от 2019 г.) являются высокопатогенными и вызывают тяжелые инфекции нижних дыхательных путей, приводящие к острым заболеваниям. затруднение дыхания и проявления вне легких.Вспышка атипичной пневмонии в 2003 г. привела к переосмыслению этих вирусов и их роли в инфицировании людей.5,6 Через десять лет после этой первой вспышки на Аравийском полуострове (MERS) возникла еще одна, откуда она спорадически распространилась на остальную часть world.7–9 Новый коронавирус SARS-CoV-2 является причиной нынешней пандемии и вызвал беспрецедентный медицинский и экономический кризис в современную эпоху.
Полная последовательность генома SARS-CoV-2, определенная с помощью массового секвенирования, выявила значительные различия с предыдущими типами коронавируса, которые вызывали вспышки (SARS и MERS).Подробный анализ последовательности10 позволил установить 96,2% гомологии с коронавирусом летучих мышей (Bat-SARS RaTG13), так что он был включен вместе с указанным вирусом в другую линию подрода Sarbecovirus11. последовательность передачи между летучими мышами (основной резервуар) и другими млекопитающими не может быть установлена, ее зоонозное происхождение кажется бесспорным.
Как и в случае с SARS и MERS, SARS-CoV-2 представляет собой вирус с двухслойной липидной оболочкой приблизительно 100–160 нанометров в диаметре.Оболочка имеет выступающие наружу спикулы, состоящие из тримера гликопротеина S.
Вирусный геном представляет собой простую последовательность с положительной полярностью. 5′-конец того же самого содержит гены, которые кодируют регуляторные белки, которые, среди прочего, дадут начало протеазе, РНК-зависимой полимеразной РНК и геликазе. Гены, кодирующие структурные белки (S [спайковый белок], E [оболочка], M [мембрана] и N [нуклеокапсид]), расположены на 3′-конце. 12. Кроме того, вирус кодирует неструктурные белки1,13 (рис.1).
Белок S образует структуры, которые выступают из вирусной оболочки. Он содержит домен для связывания с рецептором инфицированных клеток (RBD), поэтому именно белок определяет тропизм вируса. Он состоит из двух разных доменов: домена S1, который отвечает за связывание с рецептором, и домена S2, который отвечает за слияние с клеточной мембраной.14
Последовательность и анализ белка S SARS-CoV-2 указывают на то, что, как и в случае с SARS-CoV-1, он использует ангиотензинпревращающий фермент 2 (известный под его инициалами ACE2) в качестве рецептора для входа в клетку-хозяина.15 ACE2 расположен на поверхности широкого спектра клеток слизистых оболочек, легких, артерий, кишечника и т. Д., Где он превращает ангиотензин I в ангиотензин II, усиливая его сосудосуживающее действие. Вирус использует эту молекулу для проникновения в клетку, где клеточные рибсосомы используют вирусную РНК в качестве информационной РНК для синтеза вирусных белков. Это вместе с вирусной репликазой позволяет создавать множественные копии вируса, способствующие его распространению.
N-белок содержится в вирионе, связанном с вирусной РНК, и он играет важную роль в репликации вируса и сборке новых вирусных частиц.М-белок является наиболее распространенным, и он отвечает за окончательную форму вириона. Белок Е имеет небольшой размер и в небольших количествах находится в поверхностном слое. Неструктурные белки играют важную специфическую роль в процессе репликации вируса.
Тот факт, что SARS-CoV-2 дошел до людей от животного происхождения, означает, что существует высокая вероятность вспышек подобных вирусов в будущем, поскольку этот тип вируса все еще циркулирует в популяции животных. Поэтому важно знать его характеристики (трансмиссивность, патогенность, скорость эволюции и т. Д.).), поскольку они будут обусловливать его распространение и определять распространение пандемии. Также особый интерес представляет выяснить, может ли SARS-CoV-2 быть сезонным, как и большинство коронавирусов, заражающих людей.
Болезнь COVID-19 Клинические проявленияСвязывание SARS-CoV-2 с рецептором ACE2, который находится среди других мест в альвеолярных клетках I и II типов, может вызывать поражения на уровне этих клеток, особенно в тех, которые имеют большое количество рецептора.Это повреждение может вызвать массовый выброс цитокинов, которые вместе со способностью вируса уклоняться от иммунного ответа играют важную роль в патогенезе и тяжести заболевания.16
Клинические проявления COVID-19 варьируются очень широко: от бессимптомных случаев до случаев септического шока, пневмонии и полиорганной недостаточности. Заболевание классифицируется по разным типам в зависимости от степени тяжести. Наиболее частыми симптомами являются жар, утомляемость, сухой кашель и диарея.После инкубационного периода от 5 до 14 дней в 80% случаев появляются легкие локализованные симптомы в верхних дыхательных путях и сопровождаются неспецифическими симптомами, такими как лихорадка, астения, аносмия, агевзия и миалгия. У некоторых пациентов может быстро ухудшаться состояние и развиться более серьезная клиническая картина с одышкой, такипноэ, падением сатурации и двусторонними альвеолярными инфильтратами, что может потребовать госпитализации. Различный процент от общего числа случаев может, в свою очередь, потребовать госпитализации в отделения интенсивной терапии (ОИТ) из-за тяжелой пневмонии, тяжелого респираторного дистресс-синдрома, септического шока или полиорганной недостаточности.17 Эти пациенты страдают тяжелой одышкой, такипноэ (> 30 / мин), SpO218
Общая смертность в Уханьской серии составила 5,8%, 16 хотя различные исследования ставят эту цифру под сомнение. В любом случае реальные цифры смертности трудно подсчитать из-за весьма неоднородного характера некоторых данных.
Патология легкихМакроскопически: увеличены в размерах, с непрозрачной плеврой. На поверхности среза видны уплотнения и / или отек. В случае вторичной бактериальной инфекции может появиться гнойный экссудат.19
Микроскопически: на ранних стадиях инфекции наблюдается интраавлеолярный отек вместе с гиперплазией пневмоцитов II типа, гигантскими клетками, очаговым воспалением и, как правило, отсутствием гиалиновых мембран; в более поздних фазах инфекции наблюдается диффузное повреждение альвеол с гиалиновыми мембранами, экссудатом фибрина, интерстициальным лимфоцитарным инфильтратом (пневмонит), наличием гигантских клеток и атипичных слущенных пневмоцитов в альвеолярном пространстве с выступающими ядрышками.Лимфоциты соответствуют типу T (в основном CD4 и реже CD8). Недавно вирусные частицы были обнаружены в легких пациентов, пораженных COVID-19,20, хотя другие авторы не обнаружили их.21–24 Некоторые авторы описывают присутствие микротромбов в альвеолярных капиллярах. Если есть бактериальная коинфекция, к гистологическим признакам могут быть добавлены абсцессы.20
СердцеМакроскопически: могут быть видны участки кровотечения и признаки инфаркта.
Микроскопически: может наблюдаться повреждение эндотелия с накоплением воспалительных клеток по отношению к эндотелиальным клеткам (лимфоцитарный эндотелит) и апоптоз в миокарде.Гистологические признаки также могут быть обнаружены при лимфоцитарном миокардите. Вирус обнаружен в цитоплазме пораженных эндотелиальных клеток.
Другие органыОписано развитие ишемии (макроскопически) и / или лимфоцитарного эндотелита (микроскопически) в толстой кишке, тонком кишечнике, брыжейке, почках и печени.25
Описаны случаи энцефалита у пациентов с COVID-19 совсем недавно, включая некротический геморрагический энцефалит26,27
Коинфекции при болезни COVID-19Пневмония является одной из основных причин госпитализации.Это состояние может быть вызвано бактериями, вирусами, грибками или паразитами. Симптомы обычно возникают из-за одного микроорганизма, хотя это не всегда так. Современные методы диагностики позволили обнаружить, что во многих случаях в этих патологиях присутствует более одного микроорганизма, и что, когда их несколько, это усугубляет симптомы, затрудняя выздоровление пациента. Это касается не только традиционной пневмонии, но и COVID-19.
Бактериальные и грибковые коинфекцииГоспитализированные пациенты, особенно в отделениях интенсивной терапии, имеют высокий риск развития внутрибольничных инфекций или пневмонии, связанных с ИВЛ, а также вторичных коинфекций, не связанных с респираторными проявлениями (например, инфекция мочевыводящих путей ).Бактериальные и грибковые инфекции — частые осложнения вирусной пневмонии, особенно у пациентов в критическом состоянии. Тем не менее, немного исследований инфекций этого типа было проведено у пациентов с COVID-19, и большинство опубликованных работ не включают прогностический анализ, даже если вторичная инфекция была обнаружена у 50% выживших пациентов с COVID- 19.28
Обзор существующей литературы показывает, что 8% всех пациентов, госпитализированных, страдали грибковой или бактериальной коинфекцией.Наиболее частой формой коинфекции является бактериемия, а обнаруженные микроорганизмы — это грамположительные бактерии (Staphylococcus aureus), а также грамотрицательные штаммы (Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae); в образцах респираторных органов были обнаружены атипичные бактерии (Legionella sp, Chlamydophila pneumoniae) .29
Коинфекция Aspergillus также была обнаружена у нескольких субъектов с респираторным дистресс-синдромом, и это показывает необходимость для врачей, лечащих пациентов с этой патологией, даже если она вызвана COVID-19, чтобы рассмотреть возможность инвазивного легочного аспергиллеза и, как следствие, обработать респираторные образцы с помощью специальных анализов, позволяющих выявить коинфекцию.30
Хотя может быть трудно отличить бактериальную или грибковую инфекцию от существующей вирусной пневмонии на основе симптомов и радиологии, микробиологическое обследование, особенно посев мокроты, может предоставить чрезвычайно ценную информацию при условии, что персонал лаборатории поддерживает надлежащие меры защиты. меры при работе с этими образцами с высоким инфекционным потенциалом.
Процент пациентов с COVID-19, у которых были обнаружены коинфекции этого типа, невелик по сравнению с другими коронавирусами.Однако это можно объяснить тем фактом, что во время этой пандемии применялись высокие уровни антибиотиков и часто применялись антибиотики широкого спектра действия; тем не менее, мультирезистентные микроорганизмы выявляются нечасто.
Большая часть бактериальных коинфекций, упомянутых в литературе по коронавирусу, связана с лечением, включая бактериемию и инфекции, связанные с искусственной вентиляцией легких. В этих условиях необходимо строго применять меры инфекционного контроля и назначать противомикробные препараты, учитывая, что антибиотики играют важную роль в лечении COVID-19.Комбинированная терапия с гидроксихлорохином и азитромицином использовалась эмпирически для лечения пациентов с пневмонией.
Вирусные коинфекцииВышеупомянутые симптомы, позволяющие классифицировать пациента как возможный COVID-19 (лихорадка, астения, сухой кашель, миалгия, головная боль, головокружение, боль в животе, диарея, тошнота и рвота), характерны для многих острых респираторных инфекций, в том числе вирусных. .31,32 Хотя радиологические изображения могут служить руководством, они не могут полностью исключить присутствие другого вируса у пациентов с подозрением на заражение SARS-CoV-2.
Поэтому было проведено несколько исследований для выявления вирусных коинфекций у пациентов с симптомами COVID. Так, Lin et al., 33 в работе, включающей 186 человек с симптомами, совместимыми с COVID-19, обнаружили коинфекцию с другими респираторными вирусами у 6 пациентов (3,2%), и они обнаружили, что 18 других пациентов имели один или несколько респираторных вирусов, кроме чем SARS-CoV-2 (риновирус, респираторно-синцитиальный вирус, аденовирус, грипп A и B, парагрипп 2 и 3, коронавирус HKU1 и метапневмовирус), которые были причинами наблюдаемых симптомов.
Подобные данные были найдены и в других сериях, проведенных в разных странах. В Соединенных Штатах исследование, в котором приняли участие более 5000 пациентов в районе Нью-Йорка, показало, что частота коинфекции респираторным вирусом составляет 2,1% .34
Были описаны коинфекции SARS-CoV-2 и других коронавирусов, 35 с метапневмовирусом36. и вирус гриппа.37,38 Все эти данные подчеркивают важность сохранения подозрений на возможную коинфекцию и не исключение какого-либо респираторного вируса (включая SARS-CoV-2) при обнаружении присутствия другого вируса.Этот факт особенно важен, учитывая, что возможная сезонная природа коронавируса, вызвавшего нынешнюю пандемию, неизвестна.
Роль, которую иммунологическое состояние хозяина может играть в развитии инфекции SARS-CoV-2, неясна, и, учитывая, что в мире более 37 миллионов человек инфицированы ВИЧ, важно знать, как это инфекция может повлиять на развитие COVID-19. Кроме того, было предложено использовать антиретровирусные препараты в качестве альтернативной терапии, а ремдесивир теперь представлен как многообещающий вариант лечения.Вместе с некоторыми данными из Китая 39,40 исследование, проведенное в нашей стране41, похоже, указывает на то, что эти пациенты развиваются таким же образом, как и население в целом, хотя верно то, что количество случаев недостаточно, чтобы считать эти выводы окончательными.
Сопутствующие заболевания ухудшают прогноз COVID-19. Пожилые пациенты, пациенты с диабетом, тяжелыми респираторными осложнениями, гипертонией, сердечно-сосудистыми заболеваниями, измененным количеством лейкоцитов / лимфоцитов в крови и т. Д., подвержены более высокому риску неблагоприятного клинического исхода. Вирусные, бактериальные или грибковые коинфекции — еще один фактор, который следует рассматривать как дополнительный риск.
Микробиологическая диагностика SARS-CoV-2Важно быстро идентифицировать COVID-19 с помощью лабораторных тестов, чтобы пациенты, инфицированные SARS-CoV-2, могли быть идентифицированы, изолированы и лечиться как можно скорее, чтобы ограничить передачу вируса. вирус, а также для освобождения места в отделении неотложной помощи или оценки состояния медицинского персонала, подвергшегося воздействию вируса.
Образцом выбора для этого диагноза является мазок из носоглотки (NPS), учитывая, что вирусная нагрузка в носовой ямке выше, чем в ротоглотке. Наиболее полезным методом является обнаружение нуклеиновых кислот SARS-CoV-2 в образце назофарингеального экссудата, поскольку вирус может быть обнаружен с первых фаз инфекции. Правильный отбор пробы имеет решающее значение для предотвращения ложноотрицательных результатов; для этого голова пациента должна отклониться назад, вводя мазок через носовую ямку в носоглотку, энергично вращать мазок и затем вытащить его.Также можно использовать образцы из глотки, эндотрахеальный аспират, бронхоаспират и бронхоальвеолярную промывку.42
ПЦР в реальном времени и другие методы молекулярного анализаМетоды амплификации нуклеиновых кислот и, в частности, ОТ-ПЦР (полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией, далее ПЦР) , считается методом выбора при острой фазе заболевания COVID-19. У пациентов с симптомами инфекции эти методы имеют высокую прогностическую ценность (PPV).
Хотя большинство используемых тестов являются коммерческими, некоторые справочные лаборатории используют их в домашних тестах.Области, обнаруживаемые этими анализами, включают ORF1ab и области, которые кодируют белки S и N. Выбор указанных областей направлен на максимальное повышение специфичности амплификации для предотвращения перекрестных реакций с другими родственными коронавирусами. Некоторые анализы включают в себя обнаружение гена, кодирующего белок E, в качестве скрининга, поскольку этот белок является общим для других коронавирусов группы SARS, поэтому он дал бы положительные результаты для других родственных коронавирусов, таких как SARS-CoV 2003 года и SARS-CoV летучих мышей.Ни один из этих двух вирусов не циркулирует, а второй не заражает людей. Некоторые из этих наборов анализируют две или более указанных областей в мультиплексном формате, то есть в одной и той же реакции, с использованием контроля, который добавляется перед экстракцией для проверки эффективности всего процесса — экстракции и амплификации — и отсутствия ингибиторов в Реакция.
К выдающимся коммерческим тестам ПЦР относятся тесты Altona, Thermofisher, Seegene, Genesig, Biomerieux, Bio-Speedy и Bioeksen Turkey, а также тесты, производимые в Испании, такие как Vircell, Genomica или Genetics PCR Solution.Существуют также другие форматы, такие как гибридизация ПЦР-микроматрицы, хотя ПЦР в реальном времени является наиболее широко используемым методом. Неопубликованные данные предполагают, что методы имеют разную чувствительность, хотя в целом предел обнаружения обычно составляет 10 копий вирусного генома на реакцию.
Метод ПЦР также позволил узнать, что в первые дни появления симптомов и, вероятно, в фазе пресиндрома инфицированные люди имеют высокую вирусную нагрузку (от 104 до 108 копий генома / мл на образец носоглотки или слюны).43 При легком течении инфекции пик вирусной нагрузки приходится на первые 5–6 дней после появления симптомов и исчезает примерно на десятый день. Хотя вирус может присутствовать в этих образцах после этого дня, вирусная нагрузка в 100-1000 раз меньше, что указывает на то, что вирус вряд ли передается в течение этого времени. Напротив, у людей с тяжелой инфекцией вирусная нагрузка до 60 раз выше, чем у пациентов с легкими симптомами44, и выведение вируса может длиться дольше.Одно исследование показало, что пациенты, умершие в результате тяжелой инфекции COVID-19, продолжали давать положительный результат ПЦР до самой смерти, и он никогда не становился отрицательным.45 Что касается передачи вируса, считается, что в более легких случаях это начинается с одного. или за два дня до появления симптомов, и это длится 5 или 6 дней. В более тяжелых случаях период передачи будет более длительным и интенсивным из-за большей вирусной нагрузки 43, а некоторые недавние исследования даже описывают возможность бессимптомного периода, в течение которого вирус передается до 6 дней.46
Интерпретация ПЦР всегда должна проводиться с учетом клинического контекста, особенно если он отрицательный. Ложноотрицательные результаты могут быть вызваны в основном неправильным отбором или транспортировкой образца или низкой вирусной нагрузкой во время отбора образца, так что она была ниже предела чувствительности метода.
Методы обнаружения антигенаИспользование методов иммунохроматографии для обнаружения антигена SARS-CoV-2 в респираторных образцах (в основном в назофарингеальном экссудате) может быть первым шагом в обнаружении патогена у симптомных и даже бессимптомных пациентов в первые моменты инфекции. учитывая, что вирусная нагрузка в это время высока.Более того, простота техники, а также тот факт, что не используется какое-либо конкретное оборудование, делают ее идеальным кандидатом.43
Однако на мировом рынке практически не существует набора с такими характеристиками. Существует только диагностический набор BIOEASY ™ для диагностики нового коронавируса (COVID-19) Ag Test Kit, который был приобретен Министерством здравоохранения и потребления и оценен перед использованием медицинскими властями для проверки. Первый изученный набор — обычный иммунохроматограф с простым визуальным считыванием с использованием коллоидного золота — а также вторая присланная версия, в которой использовалась быстрая иммунофлуоресценция, показали очень низкие уровни чувствительности (42
Методы обнаружения антителРазличные тесты с различными характеристиками чувствительность и специфичность существуют для изучения антител, и в некоторых случаях их валидация была ограничена неотложным характером пандемии.Некоторые из них в настоящее время прошли независимую оценку для унификации критериев, а также для клинической проверки этих тестов42. В Испании, в частности, SEIMC и CNM собирают информацию, чтобы сделать доступными на национальном уровне надежные данные о чувствительности и специфичности этих тестов. наборы, и эти данные будут доступны в ближайшем будущем.47
Для серологических исследований используются методы определения гуморального ответа на S-белок и N-белок, поскольку оба они обладают сильной иммуногенностью.Белок S связывается с клеточным рецептором, ангиотензинпревращающим ферментом ACE2, как в случае SARS-CoV-1, так и в случае SARS-CoV-2. Некоторые анти-S-антитела, в том числе против RBD, обладают нейтрализующей активностью, также еще предстоит определить ее реальную относительную долю по сравнению с общим количеством антител против SARS-CoV-2 во время заражения вирусом.48
После заражения и после появления симптомов примерно через 5 дней появляются IgM и IgA; впоследствии на 14-й день появляется IgG (10-18 дней).45,50 Сероконверсия для общих антител происходит на 11-й день. 47,49
Некоторые тесты, сочетающие IgM и IgG, могут дать результаты, которые вряд ли будут окончательными, поскольку может иметь место потенциальная перекрестная реактивность с другими антителами против других коронавирусов, а также частый низкий уровень уровень специфичности IgM 50
Учитывая, что в течение болезни был обнаружен вариабельный ответ на оба иммуноглобулина, отрицательный результат для IgM и IgG не исключает заражения пациента SARS-CoV-2, особенно если у них иммунодепрессия.Таким образом, хотя исследование антител является полезным инструментом для оценки доли людей, подвергшихся воздействию SARS-CoV-2, оно менее полезно для диагностики и клинической оценки пациента, за исключением очень специфических обстоятельств. Одним из примеров этого может быть обнаружение пациентов, инфицированных ПЦР-отрицательными результатами, особенно тех, у которых вирусная нагрузка ниже предела обнаружения метода ПЦР, или когда невозможно взять образцы из нижних дыхательных путей.51
Иммунохроматография. Пункт обслуживания (POC)Во многих случаях они известны как быстрые тесты, поскольку результаты можно прочитать за 10-15 минут. Они действительно полезны для определения ответа антител IgM и IgG, так что после заражения должно пройти достаточно времени для выработки указанных антител.47 В настоящее время в Испании существует более 60 наборов с маркировкой CE для обнаружение антител. Одним из их преимуществ является то, что они могут использоваться с периферической кровью (даже путем капиллярной пункции), а не только с сывороткой или плазмой.Однако другие методы ELISA или хемолюминесценции более чувствительны и специфичны.
Некоторые из имеющихся на рынке наборов определяют наличие общих антител IgG и IgM против различных антигенов вируса, в то время как другие определяют наличие антител IgM и IgG по отдельности.
Набор, приобретенный вначале Министерством здравоохранения и потребления для скрининга, обнаружил вместе IgM и IgG против белка S (кассета для быстрого тестирования COVID-19 IgG / IgM, Zhejiang Orient Gene Biotech Co Ltd, Хучжоу, Чжэцзян, Китай) 52 с использованием образцов сыворотки или плазмы.
Автоматические методыНедавно было внедрено несколько методов быстрого обнаружения SARS-CoV-2 путем автоматического обнаружения антител менее чем за час. Некоторые из этих тестов уже одобрены FDA, и в ближайшем будущем им будет присвоен знак CE.
SARS-CoV-2 IgG Эбботт. Хемолюминесцентный иммуноанализ микрочастиц (CMIA) выявляет антитела IgG против белка N нуклеокапсида в сыворотке и плазме крови. Это двухступенчатая автоматизированная система. На первом этапе парамагнитные микрочастицы, покрытые антигеном SARS-CoV-2, связываются с антителами IgG, содержащимися в образце, промываются, а затем добавляется конъюгат человеческих антител против IgG, помеченный акридином, и инкубируется.Затем после добавления раствора для предварительной активации и активации считывается полученная хемолюминесцентная реакция.
LIAISON SARS CoV-2 IgG. Это качественный анализ с использованием хемолюминесцентной технологии (CLIA), который выявляет антитела IgG к доменам S1 и S2 белка SARS-CoV-2 S.
Другие фармацевтические компании разрабатывают новые автоматизированные тесты для исследования антител IgG к SARS-CoV-2.
MAGLUMI 2019-nCoV IgG и IgM. Это количественный анализ с использованием хемолюминесцентной технологии (CLIA), который выявляет антитела IgG и IgM против белка S и белка N вируса.53
На рынке доступны другие анализы с презентацией монотеста, которая включает все необходимые реагенты, такие как COVID-19 VIRCLIA® IgM + IgA MONOTEST, который также определяет присутствие IgA.
Полуавтоматические методыНемногочисленные наборы коммерциализируются для исследования IgM и IgG против SARS-CoV-2, и большинство из них представляют собой ELISA (иммуноферментный анализ), который проводится в микропланшетах с 96 лунками, выстланными белком S. вируса с последующим колориметрическим проявлением (набор для анализа COVID-19 Human IgM IgG Assay Kit Abnova, COVID-19 ELISA IgG e IgM + IgA Vircell).
Эпидемиологические исследования для получения информации о вирусе Изучение его биологических свойств: культура клетокSARS-CoV-2 был выделен в культурах клеток с самого начала вспышки в Китае, и это представляет огромный интерес, поскольку позволяет определить, есть ли вирус. определенное значение порогового цикла или Ct, полученное методами ПЦР-амплификации генома, коррелирует с вирусом, способным передаваться от человека к человеку. Положительный результат ПЦР в образце из носоглотки может длиться до 22 дней или дольше после появления симптомов.54,55 Тем не менее, инфекционный вирус (определяемый путем выделения в культуре) обнаруживается только в течение 8 дней после появления симптомов в легких случаях.55 Было доказано, что минимальная вирусная нагрузка, необходимая для выделения вируса с использованием слюны, составляет 106 копий РНК / мл. По оценкам, заражение происходит за 2-8 дней до появления симптомов и через 7 дней после этого.54
Основные области применения изоляции SARS-CoV-2 в клеточных культурах включают: a) исследования противовирусных препаратов с использованием экспериментальной способности новые вещества для подавления роста вируса; б) исследование вирусного патогенеза путем изучения цепей передачи у людей, тяжести инфекции, вирусной нагрузки, связанной с указанными инфекциями, и способности вируса инфицировать различные органы, и в) исследования стабильности вируса, демонстрируя свою способность оставаться заразным на поверхностях или при определенных условиях окружающей среды, температуре и освещении (https: // www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/php/grows-virus-cell-culture.html).
Изучение его геномных характеристик: массовое секвенированиеГенетическое секвенирование — метод, используемый практически во всех биологических и биомедицинских исследовательских лабораториях. Эталонным методом является секвенирование по Сэнгеру, которое с помощью флуоресцентных методов и капиллярного электрофореза позволяет автоматизировать процесс секвенирования, оно применяется к знанию генома вируса, а точнее к респираторным вирусам. За прошедшие годы появились новые методы, которые позволяют одновременно и очень быстро получать миллионы реакций секвенирования с использованием технологий Illumina и IonTorrent, и они считаются частью секвенирования генома второго поколения.Третье поколение методов состоит из методов, которые могут секвенировать молекулы ДНК без предварительной амплификации, и они были разработаны Pacific BioSciences и Oxford Nanopore.56,57
Секвенирование генома SARS-CoV-2 — огромная задача. узнать его геном и его изменчивость. Беспрецедентная работа по секвенированию была проведена с самого начала пандемии для очень быстрого получения последовательностей, чтобы их можно было проанализировать очень скоро после обнаружения и постановки диагноза у пациентов.Целью анализа генома является получение знаний для исследования лекарств для лечения и вакцин для профилактики. Данные секвенирования также дают результаты, которые позволяют оценивать диагностические наборы, отслеживать происхождение вируса, изучать пути передачи и определять варианты стратегического вмешательства. Протокол для массового секвенирования SARS-CoV-2 с использованием технологии Oxford Nanopore был опубликован в протоколе платформы protocol.io (https://www.protocols.io/), и он обновляется различными пользователями (labworm .com / tool / protocolio) .58 В других подходах используются технологии Illumina и IonTorrent.
В настоящее время в базе данных GISAID хранится в общей сложности 16000 геномных последовательностей.59 При анализе последовательностей в разных странах используется базовый штамм, который считается эталоном, Wuhan-Hu-1/2019. Он был секвенирован 19 января 2020 года и депонирован под номером доступа MN908947 в базе данных последовательностей GenBank, а EPI-ISL-402,119 — в базе данных последовательностей GISAID. Этот штамм вместе с другими современными штаммами используется в качестве основы для филогенетических анализов.Они также используются в качестве основы для структурных исследований белков, связанных с новыми последовательностями. Испанские последовательности были использованы для расчета, что эволюция SARS-CoV-2 имеет диапазон от 1,08 × 10-3 до 1,87 × 10-3 замен на сайт в год60.
Работа национальной сети эпидемиологического мониторинга в связи с COVID -19Эпидемиологический мониторинг трансмиссивных заболеваний — одно из направлений деятельности, традиционно связанных с общественным здравоохранением. Такие заболевания изучаются в отделе, задачей которого является улучшение наших знаний о них и о вспышках любого типа посредством мониторинга, эпидемиологических исследований и исследований в области общественного здравоохранения.Конечная цель — предоставить качественную информацию для руководства контролем и профилактикой инфекционных заболеваний, а также для разработки, реализации и оценки медицинской политики.
Структура мониторинга основана на работе Национальной сети эпидемиологического мониторинга (Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica) (RENAVE), которой руководит Национальный эпидемиологический центр Института Салуд Карлос III (ISCIII). Эта децентрализованная структура отражает региональную организацию нашей страны.Он состоит из технических специалистов общественного здравоохранения из местных, региональных и государственных департаментов здравоохранения. Сеть отвечает на потребности в информации, которые возникают у органов здравоохранения и всех специалистов, которые в различных областях и с разными обязанностями должны знать симптомы, модели риска и распространение инфекционных заболеваний среди населения. RENAVE объединяет процесс мониторинга, включая: а) уведомление о случаях и б) эпидемиологическое исследование указанных случаев инфекционных заболеваний.
В условиях текущей пандемии Министерство здравоохранения через Центр предупреждений и координации в области здравоохранения (CCAES) поддерживает постоянный контакт с автономными сообществами (AC) через систему предупреждения и планы подготовки и реагирования. Национальный центр эпидемиологии (CNE) также принимает участие, как и Национальный микробиологический центр (CNM), в ISCIII. Координация с международными организациями (ВОЗ, Европейский центр по контролю за заболеваниями [ECDC] и Европейская комиссия [EUC]) является основным для оценки рисков в ситуациях и координации мер реагирования.
С самого начала кризиса был внедрен протокол действий после появления случаев заболевания в Испании, который был обновлен в течение 2020 года. Этот протокол включает в себя новый документ с уведомлением о случаях коронавируса, информация в котором отправляется из AC в CNE и CCAES, а также указания для отправки образцов в CNM.
27 отчетов о ситуации были подготовлены до 30 апреля, собирая данные AC и ежедневно уведомляя Министерство здравоохранения о количестве подтвержденных накопленных случаев COVID-19: общее количество случаев, случаев в медицинских профессиях, госпитализации, госпитализации в отделение интенсивной терапии, смертельные случаи и выздоровевшие случаи.AC провел индивидуальное обследование для каждого из упомянутых случаев, которое включает эпидемиологическую и клиническую информацию, согласованную и одобренную Системой предупреждения и планами подготовки и реагирования и RENAVE, вместе с уведомлением с использованием компьютеризированной платформы SiViEs (Система мониторинга в Испании), которым управляет CNE. С самого начала пандемии COVID-19 в Испании случаи заболевания отслеживались на основе универсальной отчетности обо всех подтвержденных случаях COVID-19, выявленных в каждом AC.С совокупными данными, относящимися к COVID-19 (рис. 2), можно ознакомиться по адресу https://covid19.isciii.es/
. Важно отметить, что мониторинг избыточной смертности от всех причин осуществляется с помощью мониторинга. система, известная как MoMo. Это регистрирует избыточную смертность от всех причин, оценивая влияние на смертность населения всех событий, которые могут представлять угрозу для здоровья населения. Его результаты могут поддержать оценки риска, соответствующие указанным событиям, и помочь в выработке подходящих ответных мер общественного здравоохранения и разработке политики контроля таких событий.С ними можно ознакомиться в Informes MoMo 2020, по адресу https://cnecovid.isciii.es/
Посмертные микробиологические исследования со ссылкой на SARS-CoV-2: применимость Интерес и цели в вскрытии SARS-CoV-2Основными медицинскими и правовыми обстоятельствами, при которых представляет интерес обнаружение COVID-19 в качестве диагностического метода в образцах судебно-медицинской аутопсии, являются: a) предполагаемые (неподтвержденные) случаи COVID-19 в результате естественной смерти b) внезапные или неожиданные для взрослых или детей в какой COVID-19 следует исключить как возможную причину смерти; c) сообщения о плохой практике, при которой инфекция может быть причиной смерти; г) насильственные смерти, при которых обстоятельства делают целесообразным определение этого фактора (e.g., самоубийство, возможность тайного преступления) и e) любая другая ситуация, в которой судебно-медицинский эксперт считает это необходимым.
Судмедэксперт занимается не только вопросами медицинского и юридического значения, но и новым инфекционным заболеванием. Таким образом, он находится в оптимальном положении для:
- нет —
Определить физиопатологию и механизм действия этого нового инфекционного агента.
- нет —
Выявить характер инфекции в различных группах риска и возрастных группах.
- нет —
Участвовать в эпидемиологическом исследовании пандемии.
- нет —
Оптимизация методов посмертной диагностики.
На сегодняшний день практический опыт вскрытия инфекции COVID-19 ограничен небольшим количеством аутопсий, проведенных у этих пациентов в пострадавших Страны.24 Несколько опубликованных статей о результатах вскрытий в случаях COVID-19 ограничены определенными органами и / или тканями, или в них используются малоинвазивные методы, а полные вскрытия описаны лишь в нескольких случаях.20,24,25,61,62 За некоторыми исключениями, большинство этих публикаций не содержат подробных сведений о проведенных микробиологических исследованиях. В большинстве этих исследований обнаружение патогена проводилось до смерти с использованием обычных образцов, взятых в клинической практике (НПВ или мазок из глотки), либо образцы, использованные для диагностики, или время их отбора не указывается. В публикациях, в которых утверждается, что микробиологическая диагностика проводилась посмертно, использовалась методика ПЦР.21,63,64 В этих случаях анализируемый образец представлял собой мазок из глотки64, и только в нескольких случаях использовались образцы, взятые из нижних дыхательных путей, такие как мазки паренхимы легких62 или вскрытия легких, зафиксированные в парафине.21 Только в исключительных случаях использовалась электронная микроскопия. для проверки наличия вирусных включений в легких20 или почках.61
В использованной библиографии не было найдено исследований, в которых для микробиологического анализа параллельно использовались бы более одного типа образцов, поэтому невозможно дать какие-либо рекомендации относительно это основание в отношении того, какой образец можно наиболее рекомендовать для использования в трупах.
Рекомендации по определению COVID-19 в трупах Молекулярные методыПротоколы судебно-медицинской экспертизы в Испании для исследования COVID-1965 указывают на то, что образцы должны быть взяты до вскрытия, а точнее НПВ и мазка из глотки. Это будут наиболее подходящие образцы для скрининга на COVID-19, чтобы решить, проводить ли вскрытие, в зависимости от того, будет ли результат отрицательным или положительным, соответственно. Эти образцы должны быть собраны в среде для переноса вирусов или в среде инактивации; последний, а также гарантирует стабильность вируса, позволяет инактивировать для повышения биобезопасности во время транспортировки и начала анализа.Эти образцы будут использоваться для молекулярного анализа.
В любом случае, если будет принято решение о проведении полного, направленного или малоинвазивного вскрытия, другие дополнительные образцы могут быть взяты из нижних дыхательных путей для микробиологической диагностики. Этими образцами могут быть мазки из бронхов или мазки из паренхимы легких и даже небольшая биопсия свежего легкого. Эти образцы могут быть очень полезны, когда вирус не обнаруживается в носоглотке, что может встречаться на определенных этапах заболевания, но обнаруживается в нижних дыхательных путях, как иногда бывает с вирусом гриппа или другими респираторными вирусами.Кроме того, неопубликованные данные патологоанатомических исследований COVID-19 (личное сообщение Нихана Зияде и Невала Эльгормуса) показывают, что мазки из трахеи могут быть положительными, когда NPS отрицательный. Все это необходимо учитывать, особенно при подозрении на COVID-19 и отрицательном результате NPS или мазков из глотки.
Другой образец, который может представлять интерес, — это мазок из прямой кишки, так как экскреция вируса со стулом более продолжительна (до 30 дней), хотя при интерпретации этих результатов следует принимать во внимание, что результаты не обнаруживаются. обязательно указывает на то, что умерший человек находился в острой фазе заболевания, а не является признаком инфекции в прошлом.
Как указывалось выше, к интерпретации ПЦР в трупах нужно подходить осторожно. Если результат NPS явно положителен в образце глотки или нижних дыхательных путей, предполагается, что у мертвого человека была инфекция COVID-19. Тем не менее, это не всегда означает, что пациент находится в острой фазе заболевания, учитывая, что были опубликованы серии пациентов, в которых вирусная РНК этого патогена сохраняется в клинических образцах, но вирус не является жизнеспособным.
Напротив, если результат отрицательный, этот отрицательный результат может быть связан не с отсутствием инфекции, а скорее с другими причинами, основными из которых являются:
- нет-
Проба была взята неправильно.
- нет —
Вирус больше не обнаруживается в глотке или носоглотке, но он может находиться в нижних дыхательных путях из-за развития болезни.
- нет-
Инфекция переходит в ремиссию, а вирусная нагрузка, поскольку она очень низкая, ниже предела обнаружения этого метода.
В настоящее время нет обоснованных данных, на которых можно было бы основывать использование так называемых быстрых серологических тестов для скрининга и рекомендовать их рутинное использование на трупах, учитывая, что это может привести к ошибкам, в соответствии с приведенными выше соображениями.
Принимая во внимание использование автоматических или полуавтоматических классических серологических тестов, имело бы смысл использовать их в следующих случаях:
- нет —
Смертельные случаи с отрицательным результатом ПЦР и подозрением на инфекцию COVID-19, т. Е. для подтверждения инфекции при отсутствии положительного результата ПЦР. В этих случаях развитие инфекции должно длиться более 7 дней.
- нет —
Когда «перенесенная инфекция» должна быть подтверждена определением IgG, в связи или нет с отрицательным результатом предубойной ПЦР.
По этим причинам протоколы судебно-медицинской экспертизы на национальном уровне включают забор сыворотки с целью проведения серологических исследований. Более того, эти протоколы также включают взятие образцов периферической крови с ЭДТА для выявления возможной виремии. Однако диагностическая полезность этого будет очень ограничена, поскольку нет исследований, подтверждающих присутствие вируса в крови или моче.66
В любом случае окончательная интерпретация полученных результатов всегда должна учитывать клиническую ситуацию. умершего человека во внимание, так что было бы желательно иметь данные из его истории болезни, если она доступна, а также интервью с теми, с кем они жили, все с целью проследить начало симптомов, если таковые были.Мы не должны забывать, что, прежде всего, у пожилых пациентов некоторые симптомы можно спутать с проявлениями их возраста (хронический кашель, сопутствующие заболевания или ухудшение когнитивных функций и т. Д.).
Другие микробиологические исследования, представляющие интерес для тех, кто умер от COVID-19Хотя с судебно-медицинской точки зрения смерти от COVID-19 имеют легко различимые характеристики, доказанный факт, что эти пациенты могли страдать от различных типов коинфекции в настоящий момент смерти требует проведения дополнительных микробиологических тестов, чтобы прояснить эту возможность.Если труп не вскрыть, то логически вероятность обнаружения этих коинфекций будет уменьшена. Всегда можно взять дополнительные НПВ и мазки из глотки для бактериального посева и молекулярного анализа на респираторные вирусы. Тем не менее, если эти тесты отрицательны, это не означает, что нет инфекции нижних дыхательных путей. Поэтому рекомендуется также взять мазок из бронхов и биопсию легкого, в случае традиционного вскрытия 67, или аспират легкого из шприца, если выполняется малоинвазивное вскрытие, в соответствии с рекомендациями ESGFOR (Европейская группа судебно-медицинских и пост-медицинских исследований). mortem Microbiology ESCMID, Европейского общества клинической микробиологии и инфекционных заболеваний).68
Как и в любом другом патологоанатомическом исследовании, наиболее частыми анализами являются методы культивирования бактерий и грибов, методы обнаружения антигенов и молекулярные методы. 69
Для обнаружения бактерий, которые могут появляться при коинфекциях COVID-19, бактериальные культуры образцов могут быть изготовлены в обычных твердых и жидких средах, в условиях инкубации и времени, аналогичных тем, которые использовались для исследований живых пациентов. Атипичные бактерии (Legionella sp. И C. pneumoniae) можно анализировать с использованием антигенных методов (иммуноферментный анализ или иммунохроматография) или молекулярных методов.При подозрении на грибковую инфекцию образцы необходимо инокулировать в агаре Сабуро с антибиотиком, хотя верно то, что Aspergillus хорошо растет почти во всех питательных средах как для бактерий, так и для грибов. Грибковые антигены, такие как галактоманнан, полезны для обнаружения присутствия этого грибка, особенно для поиска его ДНК. Обнаружение нуклеиновых кислот с использованием молекулярных методов полезно для обнаружения любых микроорганизмов, которые могут сопровождать SARS-CoV-2, хотя вирусологические исследования здесь особенно актуальны.
Все молекулярные исследования начинаются с выделения нуклеиновых кислот из образца. Обычно это делается с использованием автоматических платформ, которые гарантируют, что полученный материал будет надлежащего качества. Этот материал подвергается различным типам ПЦР, которые можно комбинировать с другими методами, такими как микроматрицы. Для обнаружения присутствия респираторных вирусов, отличных от SARS-CoV-2, очень полезно использовать коммерческие микроматрицы, которые позволяют анализировать 17 наиболее распространенных респираторных вирусов у людей (Clart Pneumovir.Genómica S.A.U.). Другие методы, такие как Luminex NxTAG или Biomerieux Filmarray (несколько ПЦР), позволяют легко и одновременно обнаруживать основные респираторные вирусы, а также бактерии, вызывающие атипичные пневмонии, и даже в некоторых случаях их количественно определять.
Конфликт интересовАвторы не заявляют о конфликте интересов.
Наша история — это битва с микробами: мы ужасно проиграли, прежде чем наука, здравоохранение и вакцины позволили нам защитить себя
История человечества — это непрерывная битва между нами и микробами. 1 Большую часть нашей истории мы были на проигравшей стороне.
Даже близко не было. Мы очень решительно проигрывали. Миллиарды детей умерли от инфекционных заболеваний. Они были основной причиной столь высокой детской смертности: независимо от того, где и когда они родились, около половины из них умерли в детстве. Здесь мы рассмотрели доказательства детской смертности до современности.
Повторяющиеся эпидемии гриппа, кори, холеры, дифтерии, бубонной чумы и оспы также убили большую часть взрослого населения.Всего за несколько лет Черная смерть убила половину населения Европы. 2 Эпидемии — особенно оспы, но также кори, тифа и других болезней, — которые колонизаторы привезли с собой из Европы в Америку, часто убивали еще большую часть населения. 3
Совершенно очевидно, что сегодняшний мир сильно отличается. Инфекционные заболевания являются причиной менее 1 из 6 смертей, и по мере того, как мир добился прогресса в борьбе с микробами, наша жизнь стала намного длиннее.Средняя продолжительность жизни в мире составляет 73 года после удвоения ожидаемой продолжительности жизни во всех регионах мира.
До недавнего времени никто не знал, откуда взялись болезни
Как могло случиться, что на протяжении тысячелетий мы так ужасно проигрывали битву с микробами, а затем изменили ситуацию всего за несколько поколений?
Наука — основа нашего успеха. 150 лет назад никто не знал, откуда взялись болезни. Точнее, люди думали, что знают, но ошибались.В то время широко распространенной идеей была теория болезни «миазмы». Теория утверждала, что миазма — это форма «плохого воздуха», вызывающая болезни. Слово малярия свидетельствует о том, что «mal aria» — «плохой воздух» на средневековом итальянском языке — является причиной болезни.
Благодаря работе ряда врачей и химиков во второй половине 19 века человечество узнало, что не ядовитый воздух, а определенные микробы вызывают инфекционные заболевания. Микробная теория болезни стала прорывом в борьбе с микробом.Ученые определили патогены, вызывающие различные заболевания, и тем самым заложили основу для, возможно, самого важного технического новшества в нашей борьбе с ними: вакцин.
Вакцины готовят вашу иммунную систему к битве
Вакцины защищают нас от инфекционных заболеваний, предлагая нашему организму тренировку по борьбе с микробами, вызывающими болезнь. «Фундаментальная идея вакцины — это преднамеренное воздействие на относительно безвредную или мертвую версию микроба.Затем иммунная система распознает и быстро уничтожит этот микроб, если он снова встретится », — говорит разработчик вакцины Ричард Моксон. 4
Хитрость заключается в том, что неэффективная форма патогена не вызывает болезнь, но настолько похожа на эффективный патоген, что запускает естественную иммунную систему нашего организма для выработки антител, которые уничтожают этот патоген. Тренировка, которую он предоставляет организму, означает, что наша иммунная система распознает захватчика, как только мы в более позднем возрасте заразимся настоящим патогеном.Наша иммунная система может быстро собрать все, что она извлекла из реакции на вакцину, и немедленно начать борьбу с патогеном.
Общественное здравоохранение: вы в безопасности, только если все остальные в безопасности
Вакцины защищают не только здоровье иммунизированного человека, но и здоровье общества. Если уровень вакцинации достаточно высок, передача инфекционных заболеваний в сообществе прекращается, а это означает, что даже невакцинированные люди получают защиту.
Как это часто бывает в разработке, вы не можете добиться прогресса самостоятельно.Ваш прогресс на пути к более здоровому образу жизни зависит от прогресса всех остальных на пути к более здоровому образу жизни; вы в большей безопасности, если сделаете прививку и другим. Улучшение здоровья, которого вы не можете добиться в одиночку, является сферой общественного здравоохранения, и поэтому многие из наиболее важных мероприятий в борьбе с инфекционными заболеваниями финансировались за счет социальных средств. За счет государственных расходов были профинансированы важные улучшения в области санитарии, а также многие крупные программы вакцинации.
Программы вакцинации — одна из многих стратегий, благодаря которым мы добились прогресса в борьбе с инфекционными заболеваниями.Первым патогеном, успешно уничтоженным людьми в Европе еще в 17 веке, была чума. По словам Шоу-Тейлора (2020), это было достигнуто за счет комбинации карантинных мер, санитарных кордонов и отслеживания контактов (которое было впервые разработано в эпоху Возрождения). 5
С тех пор мы нашли много дополнительных стратегий против различных микробов. Антибиотики, безопасная питьевая вода, улучшение жилищных условий, лучшее образование, сокращение бедности, сокращение недоедания, пастеризация, гигиена, улучшение санитарии и другие достижения в области общественного здравоохранения были и остаются решающими.Джейсон Кроуфорд дает отличный обзор решающей роли улучшения санитарии, гигиены и других мер общественного здравоохранения для прогресса с 19 века.
И сегодня вакцины — лишь одна из многих стратегий, которые мы нашли в борьбе с микробами. Сейчас мы видим — во время пандемии COVID-19 — что несколько стран успешно реагируют на вирус без помощи вакцины (здесь мы изучали, как они это делают).
9.6 Температура и рост микробов — Микробиология: канадское издание
- Проиллюстрируйте и кратко опишите минимальные, оптимальные и максимальные температурные требования для роста растений
- Определите и опишите различные категории микробов, которым необходима температура для роста: психрофилы, психротрофы, мезофилы, термофилы, гипертермофилы
- Приведите примеры микроорганизмов в каждой категории температурной устойчивости
Когда в Антарктиде началось исследование озера Уилланс, исследователи не ожидали найти много жизни.Постоянные отрицательные температуры и отсутствие очевидных источников питательных веществ не казались условиями, которые могли бы поддерживать процветающую экосистему. К их удивлению, образцы, взятые из озера, показали обильную микробную жизнь. В другой, но столь же суровой обстановке бактерии и археи растут на дне океана вокруг глубоководных жерл (, рис. 9.38), , где температура может достигать 340 ° C (700 ° F). Фактически, некоторые из этих бактерий и архей являются основными продуцентами жерловой экосистемы, обеспечивая фиксированный углерод для других организмов.
Рисунок 9.38. Фотография гидротермального источника. В этом большом здании процветают колонии трубчатых червей с красными жабрами. Внутри этих жабр обитают симбиотические H 2 S-окисляющие литотрофные бактерии. Черви получают свое органическое вещество от этих симбионтов.В отличие от других условий окружающей среды, таких как pH или осмолярность, микробы не могут регулировать свою температуру: их внутренняя температура соответствует температуре окружающей среды. Изменения температуры оказывают наибольшее влияние на ферменты и их активность, при этом оптимальная температура приводит к быстрому метаболизму и, как следствие, скорости роста.Температура ниже оптимальной приведет к снижению активности ферментов и замедлению метаболизма, в то время как более высокие температуры могут фактически денатурировать белки, такие как ферменты и белки-носители, что приводит к гибели клеток. В результате у микробов есть кривая роста в зависимости от температуры с оптимальной температурой, при которой скорость роста достигает пика, а также минимальной и максимальной температурами, при которых рост продолжается, но не столь устойчив. Для бактерии диапазон роста обычно составляет около 30 градусов (Рисунок 9.39 ) .
Рисунок 9.39. График скорости роста бактерий как функции температуры. Обратите внимание, что кривые смещены в сторону оптимальной температуры. Считается, что перекос кривой роста отражает быструю денатурацию белков при повышении температуры выше оптимума для роста микроорганизма.Тенденция к увеличению темпов роста психрофилов и гипертермофилов объясняется взаимосвязью между тепловой энергией и скоростью химических реакций и получила название «эффекта Аррениуса».Это ссылка на уравнение Аррениуса, которое описывает взаимосвязь между температурой и скоростью химической реакции.
Организмы, отнесенные к категории мезофилов («среднелюбивые»), приспособлены к умеренным температурам, с оптимальными температурами роста в диапазоне от комнатной температуры (около 20 ° C) до около 45 ° C. Как и следовало ожидать, исходя из внутренней температуры человеческого тела, 37 ° C (98,6 ° F), нормальной микробиоты человека и патогенов (например, E. coli , Salmonella spp ., и Lactobacillus spp .) являются мезофилами. Мезофилы обитают в той же среде, что и люди, с точки зрения пищи, которую мы едим, поверхностей, к которым мы прикасаемся, и воды, в которой мы плаваем и пьем.
Психрофилы — любители холода, с оптимумом 15 o C или ниже и диапазоном роста от -20 o C до 20 o C. Большинство этих микробов обитает в океанах, где температура часто составляет 5 o C или ниже. Их также можно найти в Арктике и Антарктике, они живут во льдах везде, где могут найти карманы с жидкой водой.Организмы, извлеченные из арктических озер, таких как озеро Уилланс, считаются крайними психрофилами. Адаптация к холоду требовала выработки определенных белков, особенно ферментов, которые все еще могут функционировать при низких температурах. Эти ферменты более гибкие, чем их мезофильные и термофильные гомологи, и у них есть более доступные каталитические центры, чтобы приспособиться к более медленным скоростям диффузии. За это увеличение гибкости пришлось заплатить, так как психрофильные белки быстро денатурируют выше своих оптимальных температур.Адаптация к росту при более низких температурах также потребовала модификации плазматической мембраны, чтобы она оставалась полужидкой. Психрофилы имеют повышенное количество ненасыщенных жирных кислот и жирных кислот с более короткой цепью. Наконец, психрофилы производят криопротекторы: специальные белки или сахара, которые предотвращают образование разрушительных кристаллов льда. Психротофы или холодоустойчивые микробы имеют диапазон 0-35 ° ° C с оптимальным значением 16 ° ° C или выше. Они встречаются во многих природных средах в умеренном климате и несут ответственность за порчу охлажденных продуктов.Примером может служить патоген человека Listeria monocytogenes . Он растет в кишечнике крупного рогатого скота, может заражать говядину, молоко и зерновые культуры, но в отличие от типичных мезофильных патогенов человека, он растет при пониженных температурах. Инфекции пищевого происхождения возникают в результате употребления готовых к употреблению продуктов, включая салат, непастеризованные сыры и мясное ассорти. Поскольку они активны при низкой температуре, психрофилы и психротрофы являются важными разложителями в холодном климате. и их ферменты представляют интерес для биотехнологии.
Присутствие Listeria в крови Джени предполагает, что ее симптомы вызваны листериозом, инфекцией, вызываемой L. monocytogenes . Листериоз — серьезная инфекция, смертность от которой составляет 20%, и она представляет особую опасность для плода Джени. Образец околоплодных вод, культивированный на присутствие Listeria , дал отрицательный результат. Поскольку отсутствие организмов не исключает возможности инфицирования, был проведен молекулярный тест, основанный на амплификации нуклеиновой кислоты 16S рибосомной РНК Listeria , чтобы подтвердить, что никакие бактерии не проникали через плаценту.К счастью, результаты молекулярного теста также были отрицательными.
Джени поступила в больницу для лечения и выздоровления. Она получала внутривенно две антибиотики в высокой дозе в течение 2 недель. Предпочтительными препаратами для лечения листериоза являются ампициллин или пенициллин G с аминогликозидным антибиотиком. Устойчивость к обычным антибиотикам у Listeria все еще встречается редко, и лечение антибиотиками обычно бывает успешным. Через неделю ее выписали на лечение на дому, и она полностью выздоровела.
L. monocytogenes — это грамположительная короткая палочка, обнаруженная в почве, воде и пище. Он классифицируется как психротроф, а также галотолерантен. Его способность размножаться при температурах охлаждения (4–10 ° C) и устойчивость к высоким концентрациям соли (до 10% хлорида натрия [NaCl]) делают его частым источником пищевых отравлений. Поскольку Listeria может инфицировать животных, она часто заражает такие продукты питания, как мясо, рыба или молочные продукты. Загрязнение коммерческих пищевых продуктов часто можно связать с устойчивыми биопленками, которые образуются на производственном оборудовании, которое недостаточно очищено.
Инфекция листерией относительно распространена среди беременных женщин, поскольку повышенный уровень прогестерона подавляет иммунную систему, делая их более уязвимыми для инфекции. Возбудитель может проникать через плаценту и инфицировать плод, часто приводя к выкидышу, мертворождению или смертельной неонатальной инфекции. Беременным женщинам рекомендуется избегать употребления мягких сыров, охлажденного мясного ассорти, копченых морепродуктов и непастеризованных молочных продуктов. Поскольку бактерии Listeria можно легко спутать с дифтероидами, другой распространенной группой грамположительных палочек, важно предупредить лабораторию о подозрении на листериоз.
Вернитесь к предыдущему окну Clinical Focus.
Организмы, которые растут при оптимальных температурах от 50 ° C до максимум 80 ° C, называются термофилами («теплолюбивыми»). Они не размножаются при комнатной температуре. Термофилы широко распространены в горячих источниках, геотермальных почвах и искусственных средах, таких как компостные кучи в саду, где микробы расщепляют органические отходы. Примеры термофилов включают Thermus aquaticus и Geobacillus spp.Выше по шкале экстремальных температур мы находим гипертермофилы, которые характеризуются диапазоном роста от 80 ° C до максимум 110 ° C, с некоторыми экстремальными примерами, которые выдерживают температуры выше 121 ° C, средней температуры автоклава. Гидротермальные источники на дне океана являются ярким примером экстремальных условий окружающей среды, температура которых, по оценкам, достигает 340 ° C (рис. 9.38). Микробы, изолированные из вентиляционных отверстий, достигают оптимального роста при температурах выше 100 ° C.Примечательными примерами являются Pyrobolus и Pyrodictium , археи, которые растут при 105 ° C и выдерживают автоклавирование. И термофилы, и гипертермофилы требуют специализированных термостабильных ферментов, устойчивых к денатурации и разворачиванию. В отличие от своих психрофильных гомологов, они более плотно сложены, что делает их менее гибкими с менее доступным каталитическим сайтом. Кроме того, эти организмы экспрессируют защитные белки-шапероны, которые помогают сворачиванию белков и помогают поддерживать их естественную структуру.Ферменты этих организмов представляют интерес и для биотехнологии. Именно открытие Thermus aquaticus побудило биохимика Кэри Муллис изобрести революционный метод ПЦР (олимераза P , C hain R eaction) с использованием термоактивной ДНК-полимеразы организма (полимераза Taq ). ). Этот метод используется во всех областях биологии и в сочетании с достижениями в области секвенирования и развитием метагеномики произвел революцию в области микробиологии.Доктор Муллис был удостоен Нобелевской премии по химии в 1993 году.
Адаптация к более высоким температурам роста также требовала адаптации для поддержания полужидкой консистенции плазматической мембраны. Мембранные липиды этих организмов содержат большое количество насыщенных жирных кислот. Благодаря своей линейной структуре насыщенные липиды упаковываются более плотно, образуя более организованную мембрану и повышая ее температуру плавления. Кроме того, эфирная связь термофильных и гипертермофильных архей более термостабильна, чем сложноэфирная связь фосфолипидов.Высокая термическая стабильность гипертермофильных мембран архей также обусловлена их тетраэфирной монослойной структурой, поскольку внутренний и внешний слои двухслойной мембраны разделяются при очень высоких температурах.
Способность приспосабливаться к колебаниям температуры позволяет организмам выживать, если не расти, при температурах, равных или близких к минимумам и максимумам. Большинство организмов могут изменять типы липидов, которые они синтезируют, в ответ на такие колебания. Кроме того, индукция теплового шока или белков холодного шока представляет собой глобальную реакцию на стресс, которая включает экспрессию белков-шаперонов, которые могут способствовать свертыванию развернутых белков или могут образовывать защитные оболочки вокруг белков для предотвращения их денатурации.Однако важно помнить, что эта способность не изменяет оптимальную температуру роста организма: поэтому тот факт, что E. coli может выжить в недоваренном гамбургере, не делает его термофилом или гипертермофилом!
Некоторые из практических применений разрушительного воздействия тепла на микробы — стерилизация паром, пастеризация и сжигание инокуляционных петель. В то время как охлаждение и замораживание используются для консервирования пищевых продуктов, замораживание при температуре −80 ° C или даже ниже с использованием жидкого азота используется для длительного хранения культур бактерий и архей.Повреждающего воздействия образования кристаллов льда можно избежать, смешивая жидкие суспензии клеток со стерильными растворами криопротекторного глицерина. Культуры могут выдерживать сублимационную сушку (лиофилизацию), а затем храниться в виде порошков в запечатанных ампулах для восстановления в бульоне при необходимости.
Жизнь в экстремальных условиях поднимает захватывающие вопросы об адаптации макромолекул и метаболических процессах. Астробиология — относительно новая дисциплина, которая включает междисциплинарные исследования происхождения, эволюции и распределения жизни во Вселенной.Исследования психрофилов и (гипер) термофилов могут дать нам информацию об эволюции жизни на Земле (и, возможно, где-либо еще) в более теплые дни молодой планеты и о возможном существовании жизни в более холодных космических средах, и в частности, на Марсе.
Посетите веб-сайт астробиологии НАСА, чтобы узнать больше об этой дисциплине и узнать, как исследования экстремофильных цианобактерий могут предоставить информацию о возможности микробной жизни на Марсе
- Какие температурные требования предъявляются к большинству бактериальных патогенов человека?
- Какую адаптацию ДНК проявляют термофилы?
- Микроорганизмы процветают в широком диапазоне температур; они колонизировали различные природные среды и адаптировались к экстремальным температурам.Как экстремально низкие, так и высокие температуры требуют эволюционной корректировки макромолекул и биологических процессов.
- Психрофилы лучше всего растут в диапазоне температур 0–15 ° C, тогда как психротрофы процветают при температуре от 4 ° C до 25 ° C.
- Мезофилы лучше всего растут при умеренных температурах в диапазоне от 20 ° C до примерно 45 ° C. Возбудителями обычно являются мезофилы.
- Термофилы и гипертемофилы адаптированы к жизни при температурах выше 50 ° C.
- Адаптация к холоду и жаре требует изменения состава мембранных липидов и белков.
- Как белки гипертермофилов адаптируются к высоким температурам окружающей их среды?
- Почему НАСА будет финансировать микробиологические исследования в Антарктиде?
- Бактерия, вызывающая болезнь Хансена (проказа), Mycobacterium leprae , поражает в основном конечности тела: руки, ступни и нос. Можете ли вы сделать обоснованное предположение об оптимальной температуре его роста?
- См. Рисунок 9.39 . Некоторые гипертермофилы могут выдерживать температуру автоклавирования. Беспокоят ли они здравоохранение?
% PDF-1.4 % 57 0 объект > эндобдж xref 57 104 0000000016 00000 н. 0000002790 00000 н. 0000002934 00000 н. 0000003129 00000 п. 0000003301 00000 п. 0000003411 00000 н. 0000003520 00000 н. 0000003630 00000 н. 0000003740 00000 н. 0000003850 00000 н. 0000003960 00000 н. 0000004070 00000 н. 0000004180 00000 н. 0000004290 00000 н. 0000004401 00000 п. 0000004511 00000 н. 0000004621 00000 н. 0000004732 00000 н. 0000004843 00000 н. 0000004952 00000 н. 0000005062 00000 н. 0000005173 00000 п. 0000005284 00000 п. 0000005395 00000 п. 0000005506 00000 н. 0000005616 00000 п. 0000005727 00000 н. 0000006790 00000 н. 0000008311 00000 н. 0000009370 00000 п. 0000010439 00000 п. 0000010679 00000 п. 0000010929 00000 п. 0000010971 00000 п. 0000011214 00000 п. 0000011260 00000 п. 0000011306 00000 п. 0000011353 00000 п. 0000011400 00000 п. 0000011447 00000 п. 0000011494 00000 п. 0000011541 00000 п. 0000011587 00000 п. 0000011633 00000 п. 0000011680 00000 п. 0000011727 00000 п. 0000011774 00000 п. 0000011821 00000 п. 0000011869 00000 п. 0000011917 00000 п. 0000011965 00000 п. 0000012013 00000 н. 0000012061 00000 п. 0000012109 00000 п. 0000012157 00000 п. 0000012205 00000 п. 0000012253 00000 п. 0000012325 00000 п. 0000012406 00000 п. 0000012515 00000 п. 0000012563 00000 п. 0000012655 00000 п. 0000012703 00000 п. 0000012887 00000 п. 0000013016 00000 п. 0000013064 00000 п. 0000013192 00000 п. 0000013352 00000 п. 0000013479 00000 п. 0000013526 00000 п. 0000013613 00000 п. 0000013712 00000 п. 0000013759 00000 п. 0000013807 00000 п. 0000013907 00000 п. 0000013954 00000 п. 0000014063 00000 п. 0000014110 00000 п. 0000014249 00000 п. 0000014296 00000 п. 0000014419 00000 п. 0000014466 00000 п. 0000014555 00000 п. 0000014602 00000 п. 0000014649 00000 п. 0000014746 00000 п. 0000014794 00000 п. 0000014877 00000 п. 0000014925 00000 п. 0000015025 00000 п. 0000015073 00000 п. 0000015184 00000 п. 0000015232 00000 п. 0000015351 00000 п. 0000015399 00000 п. 0000015447 00000 п. 0000015530 00000 п. 0000015578 00000 п. 0000015658 00000 п. 0000015706 00000 п. 0000015817 00000 п. 0000015865 00000 п. 0000015913 00000 п. 0000002376 00000 н. трейлер ] >> startxref 0 %% EOF 160 0 объект > поток xb«b`qA, \ (} d
% PDF-1.6 % 57 0 объект > / Метаданные 68 0 R / Страницы 33 0 R / StructTreeRoot 69 0 R / Тип / Каталог >> эндобдж 67 0 объект > / Шрифт >>> / Поля [] >> эндобдж 68 0 объект > поток 1996-05-23T09: 41: 342012-07-03T08: 38: 58-04: 002012-07-03T08: 38: 58-04: 00 Acrobat Distiller 2.1 для Macintoshapplication / pdfuuid: aac8b4bd-11e0-4365-aa6c-30a92942aff7uuid: 51edbb55-00c0-4877-88d6-901e9681ea7a конечный поток эндобдж 33 0 объект > эндобдж 69 0 объект > эндобдж 73 0 объект > / CM10> / CM11> / CM12> / CM13> / CM14> / CM15> / CM16> / CM17> / CM18> / CM19> / CM2> / CM20> / CM21> / CM3> / CM4> / CM5> / CM6> / CM7> / CM9 >>> эндобдж 74 0 объект > эндобдж 75 0 объект > эндобдж 76 0 объект > эндобдж 79 0 объект [null null null null null null null null null null 89 0 R 90 0 R 91 0 R 92 0 R 93 0 R null null null null null null null null 94 0 R 95 0 R 96 0 R 97 0 R 98 0 R 99 0 R 100 0 R null null null] эндобдж 80 0 объект [101 0 R 102 0 R 103 0 R 104 0 R 105 0 R 106 0 R 107 0 R 108 0 R 109 0 R 110 0 R 111 0 R 112 0 R 113 0 R 114 0 R null null null null null null null null null 115 0 R] эндобдж 81 0 объект [null 116 0 R 117 0 R 118 0 R 119 0 R 120 0 R 121 0 R null null null null 122 0 R 123 0 R 124 0 R 125 0 R 126 0 R 127 0 R 128 0 R 129 0 R 130 0 R 131 0 R 132 0 R 133 0 R 134 0 R 135 0 R 136 0 R 137 0 R 138 0 R 139 0 R 140 0 R 141 0 R 142 0 R ноль 143 0 R 144 0 R 145 0 R 146 0 R null 147 0 R 148 0 R 149 0 R 150 0 R 151 0 R 152 0 R 153 0 R 154 0 R 155 0 R 156 0 R 157 0 R 158 0 R 159 0 R 160 0 R 161 0 R 162 0 R 163 0 164 рэнд 0 165 рэнд 0 р] эндобдж 82 0 объект [null null null 166 0 R 167 0 R 168 0 R 169 0 R 170 0 R 171 0 R 172 0 R 173 0 R 174 0 R 175 0 R 176 0 R 177 0 R 178 0 R 179 0 R 180 0 R 181 0 R 182 0 R 183 0 R 184 0 R 185 0 R 186 0 R 185 0 R 187 0 R 185 0 R null null null 188 0 R 189 0 R 190 0 R 191 0 R 192 0 R 193 0 R 194 0 R 195 0 R 196 0 R 197 0 R 198 0 R 199 0 R 200 0 R 201 0 R 202 0 R null 203 0 R 204 0 R 205 0 R 206 0 R 207 0 R 208 0 R 209 0 R null 210 0 R ] эндобдж 83 0 объект [211 0 R 212 0 R 213 0 R 214 0 R 215 0 R 216 0 R 217 0 R 218 0 R 219 0 R 220 0 R 221 0 R 222 0 R 223 0 R 224 0 R 225 0 R 226 0 R 227 0 R 228 0 R 229 0 R 230 0 R 231 0 R 232 0 R 233 0 R 234 0 R null] эндобдж 84 0 объект [235 0 R 236 0 R 237 0 R 238 0 R 239 0 R 240 0 R 241 0 R 242 0 R 243 0 R 244 0 R 245 0 R 246 0 R 247 0 R 248 0 R 248 0 R 249 0 R 250 0 R 251 0 R 252 0 R 253 0 R 254 0 R 255 0 R 256 0 R 257 0 R 258 0 R 259 0 R 260 0 R 261 0 R 262 0 R 263 0 R 264 0 R null] эндобдж 85 0 объект [265 0 R 266 0 R 267 0 R 268 0 R 269 0 R 270 0 R 271 0 R 272 0 R 273 0 R 274 0 R 275 0 R 276 0 R 277 0 R 278 0 R 279 0 R 280 0 R 281 0 R 282 0 R 283 0 R 284 0 R 285 0 R 286 0 R 287 0 R 288 0 R 289 0 R 290 0 R 291 0 R 292 0 R 293 0 R 294 0 R 295 0 R 296 0 R 297 0 R нулевой] эндобдж 86 0 объект [298 0 R 299 0 R 300 0 R 301 0 R 302 0 R 303 0 R 304 0 R 305 0 R 306 0 R 307 0 R 308 0 R 309 0 R 310 0 R 311 0 R 312 0 R null 313 0 R 314 0 R 315 0 R 316 0 R 317 0 R 318 0 R 319 0 R 320 0 R 321 0 R 322 0 R 323 0 R 324 0 R 325 0 R 326 0 R null 327 0 R 328 0 R] эндобдж 87 0 объект [329 0 R 330 0 R 331 0 R 332 0 R 333 0 R 334 0 R 333 0 R 335 0 R 336 0 R 337 0 R 338 0 R 339 0 R 340 0 R null 341 0 R 342 0 R 343 0 R 344 0 R 345 0 R 346 0 R 347 0 R 347 0 R null null 348 0 R 349 0 R 350 0 R 351 0 R 352 0 R 353 0 R] эндобдж 88 0 объект [null 354 0 R null null null 355 0 R 356 0 R 357 0 R 358 0 R 359 0 R 360 0 R 361 0 R 362 0 R 363 0 R 364 0 R 365 0 R 366 0 R 367 0 R 368 0 R 369 0 R null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null 370 0 R null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null null NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL NULL 371 0 R] эндобдж 354 0 объект > эндобдж 355 0 объект > эндобдж 356 0 объект > эндобдж 357 0 объект > эндобдж 358 0 объект > эндобдж 359 0 объект > эндобдж 360 0 объект > эндобдж 361 0 объект > эндобдж 362 0 объект > эндобдж 363 0 объект > эндобдж 364 0 объект > эндобдж 365 0 объект > эндобдж 366 0 объект > эндобдж 367 0 объект > эндобдж 368 0 объект > эндобдж 369 0 объект > эндобдж 370 0 объект > эндобдж 371 0 объект > эндобдж 404 0 объект > эндобдж 22 0 объект > / ProcSet [/ PDF / Text] >> / StructParents 12 / Tabs / S / Type / Page >> эндобдж 411 0 объект > поток ‘# a1 «i @ 8 «PAa
Морские микробы | Смитсоновский океан
Микробы живут сообществами и полагаются друг на друга в жизни.Внутри сообщества отдельные типы микробов могут выполнять роли, которые поддерживают общее благополучие группы. Например, разложение — это процесс, при котором микробы разрушают мертвые организмы, чтобы добраться до запертого углерода (см. Раздел «Микробы как двигатели метаболизма»). Это требует нескольких этапов, поэтому иногда микробы будут жить вместе и специализироваться — каждый отдельный вид будет выполнять один этап процесса разложения. В другом примере микробы могут изменить окружающую среду, чтобы сделать ее лучше для жизни.Одна бактерия способна выделять кислоту, чтобы окружающая среда имела правильную кислотность (pH), чтобы другие могли присоединиться к ней. Когда дело доходит до понимания того, как микробы взаимодействуют друг с другом, ученые только поверхностно пытаются понять, как микробы взаимодействуют друг с другом, и эта область исследований обязательно откроет некоторые интересные взаимосвязи в ближайшем будущем.
Хотя большинство симбиотических отношений устанавливаются между микробами, в некоторых случаях микробы объединяются в пары с более крупными организмами. Эти микробные взаимоотношения составляют микробиом.
Черви-зомби ( Osedax roseus ) разъедают кости мертвого кита, упавшего на морское дно. (Йошихиро Фудзивара / JAMSTEC)Микробиом — это термин для микробного сообщества, которое поселяется в теле другого организма. Многие из микробов, которые живут на поверхности или внутри тела другого вида, играют решающую роль в выживании своего хозяина, а взамен получают безопасное место для роста с большим количеством пищи.Хотя для большинства микробных взаимоотношений точные преимущества каждого симбионта остаются неясными, часто микроб обеспечивает пищу, защитный механизм или повышает иммунитет к болезням. Червь, поедающий кости, без кишечника Osedax frankpressi не существовал бы без микробов, которые живут в их клетках и расщепляют коллаген, холестерин и липиды из скелетов китов, которые умирают и падают на дно океана. Червь Помпеи, перистый червь, обитающий возле гидротермальных источников, может выдерживать температуру до 176 градусов по Фаренгейту (80 градусов по Цельсию), защищая свой хвост термостойкими бактериями.Микробы также могут действовать как симбионты для других микробов. В приливной зоне водоросли и грибы живут вместе и образуют лишайники. Грибы создают прочные структуры, которые помогают лишайнику прилипать к камням, несмотря на удары волн, а водоросли поставляют пищу посредством фотосинтеза.
Для иглобрюха, известного деликатеса в азиатской кухне, бактериальные симбионты обеспечивают важную защиту от хищников — они вырабатывают нейротоксин, называемый тетродотоксином. Для многих хищников, включая людей, это смертельный токсин.Воздействие токсина может остановить мышечные сокращения, критические для бьющегося сердца, что делает токсин мощной защитой от голодных хищников. Многие другие животные, помимо иглобрюхов, также полагаются на токсин, чтобы отбиваться от нежелательных нападавших — осьминоги с синими кольцами, морские звезды, подковообразные крабы, краб с цветочным яйцом и некоторые наземные существа используют токсин, что заставило ученых задуматься, почему так многие отдаленные виды используют один и тот же токсин. Текущие исследования показывают, что источником смертельного токсина являются симбиотические бактерии.Иглобрюх и другие виды получают бактерии из окружающей среды и секвестрируют токсин в своих органах. Токсичные виды могут переносить концентрации нейротоксина, которые в 500–1000 раз больше, чем нормальные виды, благодаря специализированным белкам в их нейронах, которые эволюционировали, чтобы противостоять токсину.
Бочковая губка — отличный дом для микробов. Губки образуют симбиотические отношения со сложными сообществами микроорганизмов, включая архей, бактерии и одноклеточные эукариоты.Микробы выполняют важную работу, которую губка не может выполнять сама по себе, например, поглощают питательные вещества и производят защитные химические вещества. В некоторых губках микробы могут составлять до 40 процентов от их общего веса. (NOAA, Национальный морской заповедник Цветочного сада)Будь то защитный механизм, позволяющий избежать хищников, соблазнительная приманка для привлечения добычи или средство для привлечения партнера, для многих организмов свет играет решающую роль в повседневной жизни. В то время как некоторые способны излучать свет сами по себе, другие приобретают способность светиться с помощью микробного партнера.Удильщик использует крошечные светящиеся бактерии, называемые фотобактериями, которые поселяются в эске рыбы («приманка»), структуре на конце ее «удочки». Каждый вид удильщика сочетается с уникальным видом люминесцентных бактерий.
Кальмар бобтейл , также использует люминесцентную бактерию, называемую Vibrio fischeri , и избирательно позволяет этой бактерии расти в ее светообразующих органах, называемых фотофорами.При рождении молодой кальмар бобтейл лишен биолюминесцентных бактерий и должен находить светообразующие микробы в толще воды. На этом этапе жизни световой орган кальмара еще не полностью развит, но маленькие волоски вдоль фотофора сближают бактерии, а молекулярный сдерживающий фактор запрещает проникновение всем бактериям, кроме Vibrio fischeri . Как только одна бактерия успешно попадает в фотофор, она размножается сотнями тысяч, колонизация, которая стимулирует полное развитие фотофора.